（1）营养与代谢调控：

在分子、细胞与整体水平上研究膳食营养素与益生菌预防代谢综合症的机理，为与营养相关的慢性疾病的早期预防和营养干预提供理论与技术支持；

（2）食品功能因子、益生菌挖掘优化与产业化：

新型食品功能因子的发掘及结构解析；食品功能因子的富集及生物活性系统评价；利用微生物生产植物源功能因子的合成生物学研究；改造益生菌帮助人体对抗致病菌、免疫调节和预防代谢综合症；研发具有应用价值的预防代谢综合征的功能性食品；

（3）食品质量与安全（微生物）：

研发食品级微生物源抗菌物质；开发食品营养与代谢生物标识物检测及食品安全危害因子的超灵敏、高通量、快速检测分析技术；