1. 环境微生物基础研究。宿主（植物、土壤动物、鱼类等）与微生物之间的互相作用，包括 ①宿主对微生物群落结构的改造、微生物对宿主生长、免疫、生殖等多方面的影响；②微生物群落内部的互相作用；③微生物造成的环境健康风险等； 2. 环境因素对微生物群落、鱼类、植物、土壤动物及其互相作用的影响，环境因素可包括污染物、营养元素、气候变化等。 3. 主要研究的对象是土壤微生态和水生微生态，虽然对象不同，但两种体系所对应的研究思路和测试分析方法有许多相同或相似之处。因此，每位同学虽然分工不同，但会同时接触到这两类的研究，大家平时会互相交流，开拓实验思路。 4. 研究意义。生态学和毒理学研究属于基础研究，可以 ①解析生物间物质循环和信息传递的分子机制；②研究微生物对植物、土壤动物、鱼类生长过程的影响，为农业生产提供指导；③研究微生态系统对污染物（农药、抗生素、重金属等）或气候变化的响应和耐受阈值，找到相应的环境评价指标，利于制定环境保护政策；④对潜在生态风险（即将上市的新材料、新药品等对环境微生态是否有危害）进行预测。