沈栩 - 仲恺农业工程学院

个人简介

沈栩名族：汉出生日期：1982.11 教育和工作经历 2001年~2005年：华南农业大学动物科学学院动物科学专业获农学学士学位 2005年~2008年：华南农业大学动物科学学院动物遗传育种专业获农学硕士学位 2008年~2011年：华南农业大学动物科学学院动物遗传育种专业获农学博士学位 2011年~2014年：中国科学院北京基因组研究所进化基因组学生物学博士后 2014年~至今：中山大学生命科学学院生态与进化系实验工程系列科研经历沈栩博士的研究兴趣是动物遗传育种和进化基因组学，从硕士研究生阶段开始一直系统地研究家鸡生殖轴重要基因的结构、变异、表达和遗传效应，以及其调控家鸡繁殖性状的遗传机制，保持了良好的工作连惯性。近年来研究的家养动物繁殖性状遗传机制及进化模式做过一系列的工作，利用比较基因组学方法，研究家鸡就巢性状的遗传机制以及人工选择下产蛋模式发生适应性进化的模式和分子机制。目前主要以调控元件（转录因子）为研究对象，从全基因组水平探讨转录因子介导的多基因互作对繁殖性状的调控机制。研究内容包括：从基因互作的角度研究家鸡就巢性状，研究HPG轴重要转录因子对家鸡就巢性状的分子调控机制；以及利用进化基因组学研究家养化条件下动物基因组适应性改变的遗传进化机制。发表SCI收录论文21篇，获发明专利授权2项。先后主持国家自然科学基金青年基金、博士后科学基金，并作为研究骨干参与国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目等课题的研究。科研成果（A）科研项目： 1. 国家自然科学基金青年项目：转录因子NR5A1介导的多基因调控网络影响鸡就巢性状的遗传和进化机制，资助号：31301010，23万元，2013/01-2016/12，主持； 2. 中国博士后科学基金面上项目：转录因子NR5A1和Egr1参与家鸡繁殖性状调控的分子机制，资助号：2012M520359，5万元，2012/09-2013/10，主持。 3．国家自然科学基金面上项目：极端环境下红树植物小RNA表观遗传调控转座子的进化基因组学研究，资助号，31770246, 60万元，2018.1~2021.12，排名2（唐恬、沈栩、赵怿昕、王玉帅、戴爱梅、黄玉梅、梁伟琪、尚瑞）； 4. 国家自然科学基金青年项目：miRNA介导基因调控网络的进化及其对种间表型差异的影响，批准号：31801081，27万元，2019.01-2021.12，排名2（人员：刘付中其、沈栩、杨明、林沛、戴爱梅、兰文琦、张智霖、林曼）； 5．国家自然科学基金重点项目：从多基因互作及miRNA调控网络水平研究生殖隔离的遗传机制，资助号：31730046, 303万元，2018.1~2022.12，排名5（吴仲义、文海军、刘付中其、赵怿昕、陈雨新、沈栩、罗志达、陈青建、黄玉梅、兰文琦）；

研究领域

主要研究方向：动物遗传育种与繁殖；进化基因组学

近期论文

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第一作者或通讯作者论文（#并列第一作者 *共同通讯） 1) Yuezheng Zhang#, Yawei Li#, Tao Li#, Xu Shen#（#共同第一作者）, Tianqi Zhu, Yong Tao, Xueying Li, Di Wang, Qin Ma, Zheng Hu, Jialin Liu, Jue Ruan, Jun Cai, Hurng-Yi Wang, Xuemei Lu. Genetic load and potential mutational meltdown in cancer cell populations. Molecular Biology and Evolution, Molecular Biology and Evolution, 2019, 1;36(3):541-552. doi: 10.1093/molbev/msy231 (IF= 10.217) 2）Guangan Lu, Yixin Zhao, Hao Yang, Ao Lan, Suhua Shi, Zhongqi Liufu, Yao Huang, Tian Tang, Jin Xu, Xu Shen*（*共同通讯）, Chung-I Wu*. Death of new microRNA genes in Drosophila via gradual loss of fitness advantages. Genome Research. 2018, 28(9):1309-1318. （IF=13.796） 3）Shen Xu，Bai Xue，Xu Jin，Zhou Min，Xu Haipin，Nie Qinghua，Lu Xuemei ，Zhang Xiquan . Transcriptome sequencing reveals genetic mechanisms underlying the transition between the laying and brooding phases and gene expression changes associated with divergent reproductive phenotypes in chickens. Mol Biol Rep，2016.07.07，43(9)：977~989. ( IF= 1.889) 4）Shen X , Zeng H, Xie L, He J, Li J, Xie X, Luo C, Xu H, Zhou M, Nie Q, Zhang X, The GTPase activating Rap/RanGAP domain-like 1 gene is associated with chicken reproductive traits. PLoS One. 2012,7(4):e33851. ( IF= 2.766) 5）Xu H # , Shen X # (Contributed), Zhou M, Fang M, Zeng H, Nie Q, Zhang X. The genetic effects of the dopamine D1 receptor gene on chicken egg production and broodiness traits. BMC Genet. 2010, 11:17. (IF= 1.931) 非第一作者论文 6) Chen Qingjian, He Ziwen, Lan Ao, Shen Xu, Wen Haijun, Wu Chung-I. Molecular Evolution in Large Steps—Codon Substitutions under Positive Selection. Mol Biol Evol.2019.msz108. doi: 10.1093/molbev/msz108 7) Chen Bingjie, Shi Zongkun, Chen Qingjian, Shen Xu, Shibata Darryl, Wen Haijun, Wu Chung-I. Tumorigenesis as the Paradigm of Quasi-neutral Molecular Evolution. Mol Biol Evol.2019, 36(7):1430-1441 8）Zhao Yixin, Shen Xu, Tang Tian, Wu Chung-I. Weak regulation of many targets is cumulatively powerful- a reply to Seitz on microRNA functionality.Mol Biol Evol. 2019. msz055. doi: 10.1093/molbev/msz055 9）Chen Bingjie, Shi Zongkun, Chen Qingjian, Shen Xu, Shibata Darryl, Wen Haijun, Wu Chung-I. Tumorigenesis as the paradigm of quasi-neutral molecular evolution. Mol Biol Evol. 2019 Mar 26. pii: msz075. doi: 10.1093/molbev/msz075 10）Zhao Y, Lin P, Liufu Z, Yang H, Lyu Y, Shen X, Wu CI, Tang T. Regulation of Large Number of Weak Targets-New Insights from Twin-microRNAs. Genome Biol Evol. 2018. 10(5):1255-1264 11) Yang Y, Guo W, Shen X, Li J, Yang S, Chen S, He Z, Zhou R, Shi S. Identification and characterization of evolutionarily conserved alternative splicing events in a mangrove genus Sonneratia. Sci Rep. 2018, 8(1):4425 12）Zhao Yixin, Shen Xu, Tang Tian, Wu Chung-I. Weak Regulation of Many Targets Is Cumulatively Powerful-An Evolutionary Perspective on microRNA Functionality, Mol. Biol .Evol. 2017, 34(12):3041-3046 13）Jianhua Huang, Yushuai Wang, Wenwen Liu, Xu Shen, Qiang Fan, Shuguang Jian, Tian Tang. EARE-1, a Transcriptionally Active Ty1/Copia-Like Retrotransposon Has Colonized the Genome of Excoecaria agallocha through Horizontal Transfer, Front Plant Sci . 2017,8:45 14) Liu W, Wang Y, Shen X, Tang T. Isolation, characterization and marker utility of KCRE1, a transcriptionally active Ty1/copia retrotransposon from Kandelia candel. Mol Genet Genomics . 2016, 291(6):2031-2042. 15) Wen M, Lin X, Xie M, Wang Y, Shen X, Liufu Z, Wu CI, Shi S, Tang T. Small RNA transcriptomes of mangroves evolve adaptively in extreme environments. Sci Rep. 2016, 6:27551 16) Luo C, Shen X, Rao Y, Xu H, Tang J, Sun L, Nie Q, Zhang X. Differences of Z chromosome and genomic expression between early- and late-feathering chickens. Mol Biol Rep, 2012, 39(5):6283-8 17) Xu HP, Shen X, Zhou M, Luo CL, Kang L, Liang Y, Zeng H, Nie QH, Zhang DX, Zhang XQ. The dopamine D2 receptor gene polymorphisms associated with chicken broodiness. Poult Sci, 2010, 89(3):428-38 18) Rao Y, Shen X, Xia M, Luo C, Nie Q, Zhang D, Zhang X. SNP mapping of QTL affecting growth and fatness on chicken GGA1. Genet Sel Evol, 2007, 39(5):569-82 19) Rao YS, Liang Y, Xia MN, Shen X, Du YJ, Luo CG, Nie QH, Zeng H, Zhang XQ. Extent of linkage disequilibrium in wild and domestic chicken populations. Hereditas, 2008, 145(5):251-77 20) Nie Q, Hu Y, Xie L, Zhang C, Shen X, Zhang X. Identification and characterization of adipose triglyceride lipase (ATGL) gene in birds. Mol Biol Rep, 2010, 37(7):3487-938 21) Nie QH, Fang MX, Xie L, Shen X, Liu J, Luo ZP, Shi JJ, Zhang XQ. Associations of ATGL gene polymorphisms with chicken growth and fat traits. J Appl Genet. 2010, 51(2): 185-91