林岩 - 天津大学

个人简介

个人经历或学术经历： 2000－2010，天津大学，理学院物理系，生物物理学，理学/工学学士 | 理学硕士 | 理学博士（导师：张春霆） 2010－至今，天津大学，理学院物理系，生物信息中心（TUBIC），讲师 | 硕士生导师 | 副教授 2015－2016，德国亥姆霍兹国家研究中心联合会－感染研究中心（HZI），Microbial Communication，Bioinformatician（Host: Irene Wagner-Döbler; BIFO-Training: Alice Carolyn McHardy） 2017－至今，AWS Educate & AWS Academy，CPOC & Accredited Instructor for TJU 2020－2022，天津市科技局，企业科技特派员科研项目： 1. 国家自然科学基金，泛病原菌必需基因分布规律与必需型抗菌药靶的基础研究[31200991]，负责人 2. 国家自然科学基金，支原体的必需基因识别与核心基因组分析[11147182]，负责人 3. 高等学校博士学科点专项科研基金，支原体核心必需基因与底盘基因组研究[20110032120072]，负责人 4. 国家自然科学基金，酿酒酵母全基因组复制起始点的系统化分析及识别[31571358]，第1参与人 5. 国家自然科学基金，基于必需基因数据库的人类必需基因特征分析及预测研究[31801104]，第1参与人 6. 国家自然科学基金，细胞膜表面小分子抑制淀粉样β多肽构象转换和聚集的多尺度研究[21576199]，第2参与人 7. 大学生创新创业训练计划，计算物理与计算生物学教学培训平台及在线“炼级”系统设计[201710056394]，指导教师 8. 教育部产学合作协同育人项目，基于云计算的计算物理课程建设探索与实践[201702010034]，负责人 9. 企业资助项目，亚马逊云科技创新研究资助计划[AWS Cloud Credits for Research]，负责人主讲课程：计算物理与科学计算；计算物理（跨学科PSIP类）；数据分析思维；物理实验与误差理论；大学物理；云计算基础；生物信息学专题讨论（科研训练）

研究领域

生物信息学微生物组学病原基因组学与进化生物医学数据挖掘人工生命与复杂系统

近期论文

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Y.T. Liang, H. Luo, Y. Lin, F. Gao (2023). Recent Advances in Characterization of Essential Genes and Development of the Database of Essential Genes. iMeta, - H. Luo, Y. Lin, T. Liu, F.L. Lai, C.T. Zhang, F. Gao, R. Zhang (2021). DEG 15, an update of the Database of Essential Genes that includes built-in analysis tools. Nucleic Acids Research, 49(D1), D677-D686. Clustered core- and pan-genome content on Rhodobacteraceae chromosomes. Genome biology and evolution 2019-07-03 | Journal article DOI: 10.1093/gbe/evz138 PMID: 31273387 Y. Lin, F.Z. Zhang, K. Xue, Y.Z. Gao, F.B. Guo (2017). Identifying bacterial essential genes based on a feature-integrated method. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform, 16(4), 1274-1279. C. Peng, Y. Lin, H. Luo, F. Gao (2017). A Comprehensive Overview of Online Resources to Identify and Predict Bacterial Essential Genes. Front Microbiol, 8:2331. Z.G. Hua, Y. Lin, Y.Z. Yuan, D.C. Yang, W. Wei, F.B. Guo (2015). ZCURVE 3.0: identify prokaryotic genes with higher accuracy as well as automatically and accurately select essential genes. Nucleic Acids Res, 43(W1):W85-90. H. Luo, F. Fao, Y. Lin (2015). Evolutionary conservation analysis between the essential and nonessential genes in bacterial genomes. Sc. Rep, 5, 13210. H. Luo, Y. Lin, F. Gao, C.T. Zhang, R. Zhang (2014). DEG 10, an update of the Database of Essential Genes that includes both protein-coding genes and non-coding genomic elements. Nucleic Acids Res, 42(Database issue):D574-80. F.B. Guo, Y. Lin, L.L. Chen (2014). Recognition of Protein-coding Genes Based on Z-curve Algorithms. Curr Genomics, 15(2):95-103. F. Gao#, Y. Lin#, R.R. Zhang (2012). RNA-DNA differences are rarer in proto-oncogenes than in tumor suppressor genes. Sci Rep, 2:245.

学术兼职

Bioinformatics, Genomics, GPB, Scientific Reports, 生物化学与分子生物学报等学术期刊审稿人中国生物信息学学会（筹）生物医学数据挖掘与计算专业组委员高等学校计算物理教学研究会会员生物信息中心网络平台管理（tubic.org）