马剑鹏 - 复旦大学 - 复杂体系多尺度研究院

个人简介

马剑鹏教授，博士生导师，国际著名计算生物学家。现任复旦大学复杂体系多尺度研究院首任院长、上海人工智能实验室领军科学家。复旦大学化学系学士，美国波士顿大学博士，哈佛大学博士后，师从 Martin Karplus 教授（2013年诺贝尔化学奖得主）和 William Lipscomb 教授（1976年诺贝尔化学奖得主）。曾任美国贝勒医学院（Baylor College of Medicine）和莱斯大学（Rice University）终身教授，贝勒医学院冠顶教授，清华大学生命科学学院教授。美国医学生物工程学会会士，美国科学促进会会士及美国物理学会会士。2018年，马教授作为上海市高峰人才引进团队核心成员全职归国，与 Michael Levitt（2013年诺贝尔化学奖得主）教授联合创建复旦大学复杂体系多尺度研究院。研究方向为生物物理、计算生物学及结构生物学，致力于发展针对生物体系研究的人工智能计算方法，与实验手段相结合，解决复杂生物体系中的重要问题。近年来，在 AI for Science 领域尤为关键的蛋白质结构预测研究中，马教授团队自主研发的 OPUS-系列国产软件性能领跑全球，成功搭建全链条AI-赋能新药研发的先进技术平台。此外，马教授屡获国际学术大奖，如2004年 Norman Hackerman 化学研究奖等，带领团队发表多项研究成果于 Nature、Science 及 PNAS 等顶尖学术期刊。2021年、2022年，马教授连续入选由 Elsevier 发布的“中国高被引学者”榜单（生物学），以及由斯坦福大学发布的“全球前2%顶尖科学家终身成就”榜单。

研究领域

计算生物学、结构生物学

近期论文

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Gang Xu, Qinghua Wang, Jianpeng Ma*. OPUS-Refine: A Fast Sampling-Based Framework for Refining Protein Backbone Torsion Angles and Global Conformation, Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, 16 (2), 1359-1366. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b010542. Gang Xu, Qinghua Wang, Jianpeng Ma*. OPUS-Fold: An Open-Source Protein Folding Framework Based on Torsion-Angle Sampling,Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, 16 (6), 3970-3976. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00186 Gang Xu, Qinghua Wang, Jianpeng Ma*, OPUS-TASS: A Protein Backbone Torsion Angles and Secondary Structure Predictor Based on Ensemble Neural Networks,Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa629 Gang Xu, Tianqi Ma, Tianwu Zang, Weitao Sun, Qinghua Wang and Jianpeng Ma*, OPUS-DOSP: A distance- and orientation-dependent all-atom potential derived from side-chain packing.J. Mol. Biol.,2017429:3113-20. Gang Xu, Tianqi Ma, Junqing Du, Qinghua Wang, and Jianpeng Ma，OPUS-Rota2: An Improved Fast and Accurate Side-Chain Modeling Method.Journal of Chemical Theory and Computation, 2019 15：5154-5160，DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00309. Cheng Zhang, Justin A. Drake, Jianpeng Ma* and B. Montgomery Pettitt*, Optimal updating magnitude in adaptive flat-distribution sampling.J. Chem. Phys., 2017 147: 174105. Gang Xu, Tianqi Ma, Tianwu Zang, Weitao Sun, Qinghua Wang* and Jianpeng Ma*, OPUS-CSF: A C-atom-based scoring function for ranking protein structural models.Protein Sci.2018 27:286-292. Xingcheng Lin, Jeffrey K. Noel, Qinghua Wang, Jianpeng Ma* and José N. Onuchic*. Atomistic simulations indicate the functional loop-to-coiled-coil transition in Influenza Hemagglutinin is not downhill.Proc Natl Acad Sci U S A.2018 115: E7905-7913. Junqing Du, Brian Kirk, Jia Zeng, Jianpeng Ma* and Qinghua Wang*. Three classes of response elements for human PRC2 and MLL1/2-Trithorax complexes.Nucleic Acids Res.2018 46: 8848-8864. Tianwu Zang, Tianqi Ma, Qinghua Wang* and Jianpeng Ma*. Improving low-accuracy protein structures using enhanced sampling techniques.J. Chem. Phys.2018 149: 072319. Tianqi Ma, Tianwu Zang, Qinghua Wang* and Jianpeng Ma*. Refining protein structures using enhanced sampling techniques with restraints derived from an ensemble-based model.Protein Sci. 2018 27: 1842-1849.