张一婧 - 复旦大学 - 生命科学学院

个人简介

2003年获中国海洋大学学士；2008年获中国科学院遗传与发育生物学研究所博士；2008-2013先后在中国农业大学、波士顿大学和哈佛医学院，从事博士后研究；2013-2021年在中科院上海植物生理生态研究所任研究员及课题组长；2021年任复旦大学生命科学学院研究员。作为通讯作者在Nature Communications, Genome Research（期刊封面），Plant Cell（亮点专评），Genome Biology和Nucleic Acids Research等国际学术期刊发表论文20余篇。获奖情况 2021 国家自然科学基金委/优秀青年基金项目资助 2015 上海市科技人才计划项目/浦江人才计划 2014 中国科学院上海生命科学院特殊（S类）人才计划

研究领域

植物生物信息与合成生物学我们是生物信息学与遗传学实验相结合的研究团队，课题组设有干湿结合的长期和短期项目，欢迎对逻辑思考和科学研究有热情的同学联系实习或攻读研究生，也希望这一阶段的学习能够为同学未来的科研与职业生涯奠定良好的基础。 1. 以小麦为模式，研究转座子在多倍体进化中的作用。小麦起源于东亚新月沃地，其进化过程中经历多次基因组杂交加倍与转座子扩张事件，具备高度的环境适应性，成为全球分布最广的主粮作物。 McClintock在诺贝尔奖获奖致辞中推测，小麦族物种杂交后转座子爆发可能迅速推动新性状的获得。当转座子扩张遇到多倍化事件，会给基因组带来怎样的变化？不同时期不同类型的扩张，在选择压力下选取了怎样的进化路径？我们结合表观组、染色质高级结构刻画及调控组技术，在揭示转座子维持染色质稳定性、调控网络进化与分化等方面取得一系列有趣的进展。 2. 开发生物学技术挖掘和利用基因资源库。自然界存在大量基因资源，可以应用于作物改良和合成生物学。我们通过结合生物信息学策略，设计新的基因挖掘方案，充分利用天然存在的基因资源库。 3.以衣藻为底盘开展人类营养健康相关的合成生物学。莱茵衣藻是单细胞模式生物，在诱变、育种、高通量筛选方面操作方便，与传统微生物合成底盘相比，其蛋白修饰、代谢与动物更加接近。利用课题组的多学科优势，我们正在搭建体系，高效合成人类营养与健康相关的蛋白与化合物，也希望与志同道合的同学老师及创业团队有深入的交流合作。

近期论文

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Zhao, Hong,Zhang, Yue,Zhang, Hui,Song, Yanzhai,Zhao, Fei,Zhang, Yu'e. Origin, loss, and regain of self-incompatibility in angiosperms .Plant Cell .2022 ,34 (1) :579–596 Zhang Y#, Li Z#, Liu J#, Zhang Y#, Ye L#, Peng Y, Wang H, Diao H, Ma Y, Wang M, Xie Y, Tang T, Zhuang Y, Teng W, Tong Y, Zhang W, Lang Z*, Xue Y*, Zhang Y*: Transposable elements orchestrate subgenome convergent and -divergent transcription in common wheat, Nature Communications, 2022, 13(1):6940 Tang T#, Tian S#, Wang H#, Lv X#, Xie Y, Liu J, Wang M, Zhao F, Zhang W*, Li H*, Zhang Y*: Wheat-RegNet: An encyclopedia of common wheat hierarchical regulatory networks, Molecular Plant 2022, S1674-2052(22)00453-1. Zhang Y#, Li Z#, Zhang Y#, Lin K#, Peng Y, Ye L,Zhuang Y, Wang M, Xie Y, Guo J, Teng W, Tong Y, Zhang W*, Xue Y*, Lang Z*, Zhang Y*: Evolutionary rewiring of the wheat transcriptional regulatory network by lineage-specific transposable elements. Genome Research 2021, 31(12):2276-2289. Wang M#, Li Z#, Zhang Y#, Zhang Y#, Xie Y, Ye L, Zhuang Y, Lin K, Zhao F, Guo J, Teng W, Zhang W, Tong Y, Xue Y*, Zhang Y*: An atlas of wheat epigenetic regulatory elements reveals subgenome-divergence in the regulation of development and stress responses. The Plant Cell 2021, 33(4):865-881. Jia J#, Xie Y#, Cheng J#, Kong C#, Wang M, Gao L, Zhao F, Guo J, Wang K, Li G, Cui D, Hu T, Zhao G*, Wang D*, Ru Z*, Zhang Y*: Homology-mediated Inter-chromosomal Interactions in Hexaploid Wheat Lead to Specific Subgenome Territories Following Polyploidization and Introgression. Genome Biology 2021, 22(1):26. Ran X#, Zhao F#, Wang Y#, Liu J, Zhuang Y, Ye L, Qi M, Cheng J, Zhang Y*: Plant Regulomics: a data-driven interface for retrieving upstream regulators from plant multi-omics data. Plant Journal 2020. 101(1):237-248. Li Z#, Wang M#, Lin K#, Xie Y#, Guo J, Ye L, Zhuang Y, Teng W, Ran X, Tong Y, Xue Y, Zhang W*, Zhang Y*: The bread wheat epigenomic map reveals distinct chromatin architectural and evolutionary features of functional genetic elements. Genome Biology 2019, 20(1):139. Liu C#, Cheng J#, Zhuang Y, Ye L, Li Z, Wang Y, Qi M, Xu L, Zhang Y*: Polycomb repressive complex 2 attenuates ABA-induced senescence in Arabidopsis. Plant Journal 2019, 97(2):368-377. Yue Zhou, Yuejun Wang, Kristin Krause, Tingting Yang, Joram A. Dongus, Yijing Zhang and Franziska Turck*. Telobox motifs recruit CLF/SWN-PRC2 for H3K27me3 deposition via TRB factors in Arabidopsis. Nature Genetics, 50(5):638-644 Qi M#, Li Z#, Liu C#, Hu W, Ye L, Xie Y, Zhuang Y, Zhao F, Teng W, Zheng Q, Fan Z, Xu L, Lang Z, Tong Y*, Zhang Y*: CGT-seq: epigenome-guided de novo assembly of the core genome for divergent populations with large genome. Nucleic Acids Research 2018, 46(18):e107. Wang H#, Liu C#, Cheng J#, Liu J, Zhang L, He C, Shen W, Jin H*, Xu L*, Zhang Y*: Arabidopsis Flower and Embryo Developmental Genes are Repressed in Seedlings by Different Combinations of Polycomb Group Proteins in Association with Distinct Sets of Cis-regulatory Elements. PLoS Genetics 2016, 12(1):e1005771. Wang J#, Qi M#, Liu J#, Zhang Y*: CARMO: a comprehensive annotation platform for functional exploration of rice multi-omics data. Plant Journal 2015, 83(2):359-374. Shao Z,#Zhang Y#, Yuan G, Orkin S*, Waxman D*: MAnorm: a robust model for quantitative comparison of ChIP-Seq data sets. Genome Biology 2012, 13(3):R16.