于淼 - 复旦大学 - 生命科学学院

个人简介

2006 – 2010 北京大学，化学与分子工程学院，学士 2010 – 2015 美国芝加哥大学（University of Chicago），化学系，博士，Dr. Chuan He（何川）实验室 2015 – 2020 路德维希癌症研究所圣迭戈分所（Ludwig Institute for Cancer Research, San Diego Branch），博士后，Dr. Bing Ren（任兵）实验室获奖情况 (Awards) 2013 – 2015，霍华德休斯医学研究院（HHMI）国际留学生奖学金 2014，国家优秀自费留学生奖学金 2019，入选上海海外高层次人才项目

研究领域

通过全基因组关联研究（GWAS），数万个与复杂疾病相关的遗传变异位点已被成功鉴定。然而将近90%的遗传变异位点富集在非编码功能调控元件上（例如增强子等区域），说明这些变异位点可能通过改变非编码功能调控元件的活性从而影响其靶基因的表达水平，从而导致疾病的发生。因此，利用表观遗传组学手段系统性的识别不同组织细胞中非编码功能调控元件及其靶基因有助于理解与疾病相关的非编码区突变是如何导致疾病的产生。然而由于DNA在细胞核内形成复杂的高级结构，非编码功能调控元件与其调控的靶基因虽然在三维空间上存在相互作用，但它们在一维序列上可能并不接近：初步估计90%以上的非编码调控序列的靶基因都不是距离其最近的基因。因此为了深入解读非编码DNA区域变异位点对基因表达调控的影响，不仅需要在一维序列上对非编码功能调控元件进行检测，也需要了解DNA在细胞核内的三维结构从而预测这些功能元件所调控的靶基因。课题组拟从以下方面开展工作： 1. 开发新型的高通量测序技术描述染色质在细胞核中的三维结构并利用此信息解读非编码基因调控元件是如何参与其靶基因的表达调控 2. 将前沿单细胞表观遗传组以及多组学测序技术应用于类器官模型，从基因组学、表观遗传组学和转录组学水平分析器官发育过程中的转录调控机制以及个体化肿瘤模型的遗传特征，并进一步研究与疾病相关的非编码区突变的潜在致病机理

近期论文

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Juric, I. *, Yu, M. *, Abnousi, A., Raviram, R., Fang, R., Zhao, Y., Zhang, Y., Qiu, Y., Yang, Y., Li, Y., Ren, B., Hu, M. MAPS: Model-based analysis of long-range chromatin interactions from PLAC-seq and HiChIP experiments. PLoS Comput Biol. 2019, 15: e1006982. Yu, M., Ren, B. The three-dimensional organization of mammalian genomes. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2017, 33: 265-289. Fang, R.*, Yu, M.*, Li, G., Chee, S., Liu, T., Schmitt, A.D., Ren, B. Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq. Cell Res. 2016, 26: 1345-1348. Yu, M.*, Ji, L.*, Neumann, D.A., Groom, J., Chung, D., Westpheling, J., He, C., and Schmitz, R.J. Base-resolution detection of N4-methylcytosine in genomic DNA using 4mC-TAB-seq. Nucleic Acids Res. 2015, 43: e148. Yu, M., Song, C.X., and He, C. Detection of mismatched 5-hydroxymethyluracil in DNA by selective chemical labeling. Methods 2015, 72: 16-20. Yu, M., Hon, G.C., Szulwach, K.E., Song, C.X., Jin, P., Ren, B., and He, C. Tet-assisted bisulfite sequencing of 5-hydroxymethylcytosine. Nat. Protoc. 2012, 7: 2159-2170. Yu, M.*, Hon, G.C.*, Szulwach, K.E.*, Song, C.X., Zhang, L., Kim, A., Li, X., Dai, Q., Shen, Y., Park, B., Min, J.H., Jin, P., Ren, B., and He, C. Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in the mammalian genome. Cell 2012, 149: 1368-1380. （衍生产品5hmC TAB-Seq Kit sold by Wisegene） *共同第一作者