个人简介
工作经历
2021.6 – 至今 中国农业大学 副教授
2019.3 – 2019.5 中国农业大学 博士后
2010.3 – 2015.9 华大生命科学研究院 生物信息高级研究员
教育经历
2015.9 – 2018.9 University of Copenhagen, Denmark 博士
2007.9 – 2010.6 湖南师范大学 硕士
2003.9 – 2010.7 湖南师范大学 学士
期刊编委
Ecological Entomology: 副主编(Associate Editor)
Mitochondrial DNA part B: 编委(Editorial Board)
科研项目
2020-2021，博士后面上项目一等资助，高通量测序技术获得16S核糖体RNA全长序列的方法学研究 （2019M660051），12万元，主持
2017-2019，深圳市自由探索研究项目，基于千种昆虫数据的真菌多样性数据挖掘和分析（JCYJ20170817150755701），30万元，主持
2012-2015，国家高技术研究发展计划（863计划），基于DNA条形码的快速检测与分类关键技术项目（2012AA021600），400万元，参与
2012-2016，十二五”国家科技支撑计划，疑难检疫有害生物全基因组测序及条形码基因筛选（2012BAK11B06），130万元，参与
奖励情况
2021年 中国农业大学优秀人才
2019年 深圳市海外高层次人才“孔雀计划”
2016年 深圳市盐田区生物产业高级人才
研究领域
1.蜜蜂属比较基因组研究：蜜蜂是对人类有益的昆虫类群之一。它为农作物、果树、蔬菜、牧草、油茶作物和中药植物传粉，产量可增加几倍至20倍。同时，蜂产品也是我国畜牧产业的重要组成部分。本研究计划对蜜蜂属进行全基因组测序，通过比较基因组学研究蜜蜂属的包括体型大小、社会性行为、传粉生物学等的基因组机制，从进化角度揭示蜜蜂属的关键功能基因在其进化适应中的作用及对生态功能的影响。
2.农田昆虫群落多样性和功能网络的研究: 生物多样性与农业害虫综合治理的关系密切。在现代农田生态系统中，自然界的植物群落变为大面积单种特定作物的种植，人为地排除其他植物种类的竞争以提高作物的产量。因此群落原有的相互作用受到干扰，群落将失去自我协调的功能，导致农田生态系统的不稳定、易爆发害虫问题。通过DNA条形码技术，可以快速有效的开展生物多样性评估和物种鉴定研究工作，通过多维度的记录昆虫群落、植被群落的物种组成和变化，能够帮助我们构建群落的动态数据，研究群落组成对农田生态系统稳定性的影响。
3.生物信息学：大数据在分子分类学和分子生态学方向的应用开发
近期论文
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分子分类和进化方向
Shanlin Liu*, Michael V. Westbury, Nicolas Dussex, Kieren J. Mitche, Mikkel-Holger S. Sinding, Peter D. Heintzman, David A. Duchene, et al., 2021, “Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family”, Cell, 184, 1-12
Valk, Tom van der, Patrícia Pe?nerová, David Díez-del-Molino, Anders Bergstr?m, Jonas Oppenheimer, Stefanie Hartmann, Georgios Xenikoudakis, et al., 2021. “Million-Year-Old DNA Sheds Light on the Genomic History of Mammoths.” Nature 591 (7849): 265–69.
Chentao Yang, Yuxuan Zheng, Shangjin Tan, Guanliang Meng, Wei Rao, Caiqing Yang, David G Bourne, ……, and Shanlin Liu*. 2020. “Efficient COI Barcoding Using High Throughput Single-End 400 Bp Sequencing.” BMC Genomics 21 (1): 862.
Shanlin Liu#, Chentao Yang#, Chengran Zhou#, and Xin Zhou*. 2017. “Filling reference gaps via assembling DNA barcodes using high-throughput sequencing – moving toward barcoding the world”. GigaScience 6(12): 1-8.
Bernhard Misof*, Shanlin Liu, Karen Meusemann, Ralph Peters, Alexander Donath, Christoph Mayer, Paul. B. Frandsen, et al. 2014. “Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution”. Science 346 (6210):
生物信息方向
Dandan Lang#, Shilai Zhang#, Pingping Ren, Fan Liang, Zongyi Sun, Guanliang Meng, Yuntao Tan, ……. and Shanlin Liu*. 2020. “Comparison of the Two Up-to-Date Sequencing Technologies for Genome Assembly: HiFi Reads of Pacific Biosciences Sequel II System and Ultralong Reads of Oxford Nanopore.” GigaScience 9 (12): 1–7.
Jiang Hu, Junpeng Fan, Zongyi Sun, and Shanlin Liu*. 2019. “NextPolish: a fast and efficient genome polishing tool for long read assembly”. Bioinformatics 36(7): 2253-2255.
Guanliang Meng, Yiyuan Li, Chentao Yang and Shanlin Liu*. 2019. “MitoZ: A toolkit for animal mitochondrial genome assembly, annotation and visualization”. Nucleic Acids Research 47(11): e63
Yinlong Xie#, Gengxiong Wu#, Jingbo Tang#, Ruibang Luo, Jordan Patterson, Shanlin Liu, Weihua Huang, et al. 2014. “SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads”. Bioinformatics 30(12): 1660-1666.
Shanlin Liu, Yiyuan Li, Jianliang Lu, Xu Su, Min Tang, Rui Zhang, Lili Zhou, et al. 2013. “SOAPBarcode: revealing arthropod biodiversity through assembly of Illumina shotgun sequences of PCR amplicons”. Methods in Ecology and Evolution 4: 1142-1150.
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