陆钰明 - 上海交通大学 - 农业与生物学院

个人简介

课题组简介随着人工智能的迅猛发展，以ChatGPT为代表的大模型已成为许多应用场景的重要工具。将其应用于蛋白进化、蛋白设计和下游基因组设计育种领域，有望获得突破性进展。课题组致力于人工智能驱动的蛋白进化与设计研究，交叉应用计算机技术、机器人技术和分子生物学技术，构建自动化、自驱性蛋白进化和蛋白设计的设施和智能系统，大规模进化获得各类具有卓越性能的关键蛋白；开发和发展基因编辑底层技术，将优异的蛋白位点通过基因编辑引入玉米和微藻，开展饲用蛋白种质创新。课题组热忱欢迎分子生物、计算生物方向本科生、研究生、博士后和科研助理加入！陆钰明博士，本科和博士分别毕业于浙江大学和武汉大学，现任上海交通大学教授、博导，中组部青年拔尖人才。长期从事蛋白定向进化、基因组编辑研究，致力于饲用蛋白种质创新。主持国家重点研发计划(青年)、国家自然科学基金等项目，牵头建立了水稻全基因组靶向敲除突变体库，在基因组长片段敲入等基因编辑领域获得系列进展，在《Nature Biotechnology》、《Trends in Plant Science》、《Molecular Plant》等国际专业期刊发表SCI论文20余篇。教育和科研经历 2022.03-至今上海交通大学，农业与生物学院，教授 2020.11-2022.02 中国科学院分子植物科学卓越创新中心，研究员 2020.05-2020.10 中国科学院分子植物科学卓越创新中心，副研究员 2018.12-2020.04 中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心，副研究员 2016.11-2018.11 中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心，助理研究员 2013.10-2016.10 中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心，博士后 2007.09-2013.07 武汉大学, 发育生物学，博士 2003.09-2007.07 浙江大学, 应用生物科学，学士主持科研项目中组部青年拔尖人才，SQ2022QB08348，2023-2025，200万元，主持国家重点研发计划(青年)，2021YFD1201300，水稻和玉米氮高效新种质精准创制与应用，2022-2026，400万元，主持横向科研项目，22H010104285，新型基因编辑工具的挖掘与进化，2022-2024，100万元，主持国家自然科学基金面上项目，32070396，基于翻译调控的水稻分子设计育种及其机制研究，2021-2024，58万元，主持江苏省高层次“双创人才”计划，开放型基因编辑平台的建设，2018，50万元，主持浙江大学常州工业技术研究院合作基金，2016-2021，300万元，主持江苏省常州市“龙城人才”计划，水稻全基因组敲除突变体库的创制，2017，200万元，主持江苏省常州市应用基础研究计划，CJ20190025，水稻新型精准育种技术的开发和应用，2019-2021，60万元，主持发明专利一种重复片段介导的定点重组方法，中国专利号：CN110396523A；国际PCT专利号：PCT/CN2019/082095 一种用于植物基因组定点碱基替换的载体，中国专利号：CN106609282A；国际PCT专利号：PCT/CN2017/077133 植物基因组定点敲入方法，中国专利号：CN108070610A；国际PCT专利号：PCT/CN2017/109741 基于Cpf1的基因组定点编辑方法，中国专利号：CN108130342A 细胞内表达外源基因的核酸构建物及其应用，中国专利号：CN108018306A

研究领域

蛋白定向进化与基因编辑设计育种

近期论文

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Liu, T., Zhang, X., Li, K., Yao, Q., Zhong, D., Deng, Q., Lu, Y. (2023) Large-scale genome editing in plants: approaches, applications, and future perspectives, Current Opinion in Biotechnology, 79:102875 Shen, R., Yao, Q., Zhong, D., Zhang, X., Li, X., Cao, X., Dong, C., Tian, Y., Zhu, J-K and Lu, Y.* (2023) Targeted insertion of regulatory elements enables translational enhancement in rice. Frontiers in Plant Science, 14:1134209 Tian, Y., Zhong, D., Li, X., Shen, R., Han, H., Dai, Y., Yao, Q., Zhang, X., Deng, Q., Cao, X., Zhu, J. K., and Lu, Y.* (2022). High-throughput genome editing in rice with a virus-based surrogate system. Journal of integrative plant biology, 10.1111/jipb.13381 Tian, Y., Shen, R., Li, Z., Yao, Q., Zhang, X., Zhong, D., Tan, X., Song, M., Han, H., Zhu, J. K., and Lu, Y.* (2022). Efficient C-to-G editing in rice using an optimized base editor. Plant biotechnology journal, 20(7):1238–1240. Lu, Y.*, Ronald, P.C., Han, B., Li, J. and Zhu, J.K. (2020). Rice Protein Tagging Project: A Call for International Collaborations on Genome-wide In-Locus Tagging of Rice Proteins. Molecular Plant 13(12):1663-1665. Lu, Y.#, Tian, Y.#, Shen, R., Yao, Q., Wang, M., Chen, M., Dong, J., Zhang, T., Li, F., Lei, M. and Zhu, J.K.* (2020). Targeted, efficient sequence insertion and replacement in rice. Nature Biotechnology 38(12):1402-1407. Lu, Y.*#, Tian, Y.#, Shen, R., Yao, Q., Zhong, D., Zhang, X., and Zhu, J.K.* (2021). Precise genome modification in tomato using an improved prime editing system. Plant biotechnology journal 19(3):415-417. Lu, Y., Ye, X., Guo, R., Huang, J., Wang, W., Tang, J., Tan, L., Zhu, J.K., Chu, C., and Qian, Y.* (2017). Genome-wide Targeted Mutagenesis in Rice Using the CRISPR/Cas9 System. Molecular Plant 10:1242-1245. Lu, Y., and Zhu, J.K.* (2017). Precise Editing of a Target Base in the Rice Genome Using a Modified CRISPR/Cas9 System. Molecular Plant 10:523-525. Wang, M.#, Lu, Y.#, Botella, J.R., Mao, Y., Hua, K., and Zhu, J.K.* (2017). Gene Targeting by Homology-Directed Repair in Rice Using a Geminivirus-Based CRISPR/Cas9 System. Molecular Plant 10:1007-1010. Xiong, J.#, Lu, Y.#, Feng, J., Yuan, D., Tian, M., Chang, Y., Fu, C., Wang, G., Zeng, H., and Miao, W.* (2013). Tetrahymena functional genomics database (TetraFGD): an integrated resource for Tetrahymena functional genomics. Database (Oxford), bat008. Lu, Y., Chen, X., Wu, Y., Wang, Y., He, Y., and Wu, Y.* (2013). Directly transforming PCR-amplified DNA fragments into plant cells is a versatile system that facilitates the transient expression assay. PLoS One 8, e57171. Xiong, J.#, Lu, X.#, Lu, Y.#, Zeng, H., Yuan, D., Feng, L., Chang, Y., Bowen, J., Gorovsky, M., Fu, C., et al. (2011). Tetrahymena Gene Expression Database (TGED): a resource of microarray data and co-expression analyses for Tetrahymena. Science China Life Sciences 54, 65-67. Srivastava, AK., Lu, Y., Zinta, G., Lang, Z., and Zhu, J.K.* (2018). UTR-Dependent Control of Gene Expression in Plants. Trends in Plant Science 23:248-259. Zhan, X., Lu, Y., Zhu, J.K., and Botella, J.R. (2021). Genome editing for plant research and crop improvement. Journal of integrative plant biology 63, 3-33. Wang, M., Mao, Y., Lu, Y., Tao, X., and Zhu, J.K.* (2017). Multiplex Gene Editing in Rice Using the CRISPR-Cpf1 System. Molecular Plant 10:1011-1013. Wang M, Wang Z, Mao Y, Lu Y, Yang R, Tao X, Zhu JK*. (2019). Optimizing base editors for improved efficiency and expanded editing scope in rice. Plant biotechnology journal 17(9):1697-1699. Liu, H.J., Jian, L., Xu, J., Zhang, Q., Zhang, M., Jin, M., Peng, Y., Yan, J., Han, B., Liu, J., Lu, Y. et al. (2020). High-Throughput CRISPR/Cas9 Mutagenesis Streamlines Trait Gene Identification in Maize. The Plant Cell 32:1397-1413. Wang, M., Mao, Y., Lu, Y., Wang, Z., Tao, X., and Zhu, J.K.* (2018). Multiplex gene editing in rice with simplified CRISPR-Cpf1 and CRISPR-Cas9 systems. Journal of Integrative Plant Biology 60:626-631. Wang, Y., Li, L., Ye, T., Lu, Y., Chen, X., and Wu, Y.* (2013). The inhibitory effect of ABA on floral transition is mediated by ABI5 in Arabidopsis. Journal of Experimental Botany 64, 675-684.