个人简介
招生专业
081203-计算机应用技术
085400-电子信息
招生方向
计算生物学
医学统计学
人工智能
教育背景
2009-10--2014-02 英国纽卡斯尔大学 博士
2005-09--2009-07 中国科学技术大学 本科
工作简历
2017-02~现在, 中国科学院深圳先进技术研究院, 副研究员
2014-02~2017-02,英国利物浦大学, 博士后
奖励信息
（1） 英国利物浦大学ITM学院优秀项目和奖金, , 研究所（学校）, 2016
（2） 美国人类遗传学会会议（ASHG）2015 Reviewers’ Choice Abstract, , 其他, 2015
（3） 英国利物浦大学NWCR travel award, 其他, 2015
（4） 英国 Wellcome Trust 资助, 研究所（学校）, 2010
（5） 英国纽卡斯尔大学全额奖学金, 研究所（学校）, 2009
专利成果
（ 1 ） 心电图检测方法, 发明, 2017, 第 5 作者, 专利号: 201711177535.6
（ 2 ） (PCT专利) 骨密度性状遗传力分析方法及装置, 发明, 2018, 第 2 作者, 专利号: PCT/CN2018/121861
（ 3 ） (PCT专利) 数据特征提取方法、装置及电子设备, 发明, 2018, 第 3 作者, 专利号: PCT/CN2018/121838
（ 4 ） (PCT专利)一种基于多组学集成的癌症亚型分类方法, 发明, 2018, 第 2 作者, 专利号: PCT/CN2018/121838
（ 5 ） 骨密度性状遗传力分析方法及装置, 发明, 2020, 第 2 作者, 专利号: ZL201811551760.6
（ 6 ） 一种小分子抑制剂在抑制病毒沉默抑制蛋白中的应用, 发明, 2018, 第 5 作者, 专利号: 201811554666.6
（ 7 ） 数据特征提取方法、装置及电子设备, 发明, 2018, 第 3 作者, 专利号: 201811540504.7
（ 8 ） 差异表达基因筛选方法及装置, 发明, 2018, 第 2 作者, 专利号: 201811551609.2
（ 9 ） 病历数据预测方法、装置及电子设备, 发明, 2018, 第 2 作者, 专利号: 201811514204.1
（ 10 ） 一种基于多组学集成的癌症亚型分类方法, 发明, 2018, 第 2 作者, 专利号: 201811496363.3
（ 11 ） 集合间相似度的确定方法和装置, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: ZL201711317249.5
合作情况
长期与生物医学专家合作，IT与BT交叉融合。与蛋白质组学生物学家开展组学研究；与卫健委慢病防控，慢病科心血管医生等开展长期合作，进行疾病队列构建与数据挖掘，利用基因组等组学数据对疾病机制进行研究。
研究领域
课题组以生物医学大数据作为主要研究方向，利用统计模型和机器学习方法，对医学大数据进行数据分析、数据挖掘，以发现疾病风险因子（环境因素）、生物标志物（遗传因素）、药物靶标（病因发现）为主要研究目标。充分利用多维度、多模态的健康医疗数据，对疾病表型进行关联分析。
（1）基于UK biobank 等人群队列的机器学习方法研究与应用（Machine Learning for Association/Interaction）：整合临床信息、全基因组信息、血检信息、代谢组数据以及影像信息，对心脑血管、精神疾病等复杂疾病进行关联分析，对疾病表型进行预测。使用统计模型和机器学习分析不同模态数据间的交互作用。
（2）整合GWAS，QTL，组织特异性网络等数据的因果分析（Graph model for Causal gene）：GWAS刻画表型 （Phenotype）--基因突变关联关系，QTL刻画基因突变 -- 基因表达关联关系，组织特异性网络刻画不同基因表达间作用关系，使用图模型进行因果分析，推演致病的关键核心基因（Omnigenic）。
（3）人工智能辅助药物靶标发现（AI for Drug Target）：融合蛋白序列，结构，功能信息的数据表征学习，对蛋白--药物，蛋白--疾病，蛋白--蛋白等关联预测；利用生成模型，强化学习等算法 ab initio 设计化合物。
近期论文
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（1） Multi‑PLI: interpretable multi‐task deep learning model for unifying protein–ligand interaction datasets, Journal of Cheminform, 2021, 通讯作者
（2） A Genome-wide Association Study of Circulating Levels of Atorvastatin and Its Major Metabolites, Clinical Pharmacology & Therapeutics, 2020, 第 5 作者
（3） Structure Enhanced Protein-Drug Interaction Prediction using Transformer and Graph Embedding, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 2020, 通讯作者
（4） Generating Novel Compounds Targeting SARS-CoV-2 Main Protease Based on Imbalanced Dataset, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 2020, 通讯作者
（5） Prediction of potential commercially inhibitors against SARS-CoV-2 by multi-task deep model, arXiv, 2020, 通讯作者
（6） DeepBindRG: a deep learning based method for estimating effective protein–ligand affinity, PeerJ, 2019, 通讯作者
（7） Multivariate Time Series Missing Data Imputation Using Recurrent Denoising Autoencoder., BIBM, 2019, 通讯作者
（8） Interpretable Prediction of Protein-Ligand Interaction by Convolutional Neural Network, BIBM, 2019, 通讯作者
（9） Simulation-based sensitivity analysis for non-ignorably missing data, Statistical Methods in Medical Research, 2019, 第 1 作者
（10） Susceptibility to corticosteroid-induced adrenal suppression: a genome-wide association study, The Lancet Respiratory Medicine, 2018, 第 5 作者
（11） Skeletal Maturity Recognition Using a Fully Automated System With Convolutional Neural Networks, IEEE Access, 2018, 第 4 作者
（12） Clinical predictors of active LN development in children - evidence from the UK JSLE Cohort Study, LUPUS, 2018, 第 2 作者
（13） Clinical predictors of proteinuric remission following an LN flare - evidence from the UK JSLE cohort study, Pediatric Rheumatology, 2018, 第 2 作者
（14） Investigating the prevalence, predictors and prognosis of suboptimal statin therapy early after a non-ST elevation acute coronary syndrome, Journal of Clinical Lipidology, 2017, 第 2 作者
（15） TPMT, COMT and ACYP2 genetic variants in paediatric cancer patients with cisplatin-induced ototoxicity, Pharmacogenetics and Genomics, 2017, 第 2 作者
（16） SNP-Treatment Interactions of Cardiovascular Medications and Risk of Acute Coronary Syndrome Recurrence, GENETIC EPIDEMIOLOGY, 2016, 第 1 作者
（17） Pharmacogenetics on the time to acute coronary syndrome recurrence (PhACS): a UK cohort study, Hum Hered, 2016, 第 1 作者
（18） A Genome-Wide two-Component Mixture Model Expectation-Maximization Algorithm for Time to Event Data, GENETIC EPIDEMIOLOGY, 2016, 第 2 作者
（19） Study on the Optimal Mode of Foreign Investment Based on Simulated Annealing Algorithm, Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, 2016, 第 2 作者
（20） Pharmacogenetics of Acute Coronary Syndrome, GENETIC EPIDEMIOLOGY, 2015, 第 1 作者
（21） Robust confidence intervals for trend estimation in meta-analysis with publication bias, Journal of Applied Statistics, 2015, 第 2 作者
学术兼职
2019-05-18-今,中国医促会健康大数据和数字化医疗分会, 青年学术部委员
2019-04-11-今,深圳市人工智能协会, 会员
2018-01-01-今,国家发改委健康大数据智能分析技术国家地方联合工程研究中心, 副主任
2017-10-31-今,CCF中国计算机协会, 会员
2015-06-01-今,国际遗传流行病学会, 会员
2015-02-01-今,英国皇家统计协会, 会员
京公网安备 11010802027423号