个人简介
招生专业
081202-计算机软件与理论
招生方向
生物信息学
人工智能
计算机算法
教育背景
2002-09--2007-08 中国科学院计算技术研究所 博士
1998-10--2001-08 南开大学物理化学专业 硕士
1994-08--1998-08 南开大学物理化学专业 学士
工作经历
2001.7~ 中国科学院计算技术研究所
工作简历
2011-09~现在, 中国科学院计算技术研究所, 副研究员
2007-07~2011-08,中国科学院计算技术研究所, 助理研究员
教授课程
生物信息学中的算法设计
专利与奖励
2010年，中国科学院计算技术研究所 学术百星
专利成果
（ 1 ） 多级质谱生物大分子结构鉴定方法, 发明, 2016, 第 1 作者, 专利号: 2015102903017
科研项目
（ 1 ） 磷酸化肽质谱鉴定中的算法问题研究, 主持, 国家级, 2009-01--2011-12
（ 2 ） 基于质谱词典思想的谱库设计及理论谱预测研究, 主持, 国家级, 2013-01--2016-12
（ 3 ） 基于高性能计算及重核技术的蛋白质质谱比对服务器建设, 主持, 省级, 2010-01--2012-12
（ 4 ） 基于质谱技术高通量的完整信息糖蛋白/糖肽的鉴定新方法研究, 主持, 国家级, 2017-01--2020-12
（ 5 ） 基于多级质谱的高通量鉴定糖 链精细结构方法的建立及其应用研究, 主持, 国家级, 2017-01--2019-12
（ 6 ） 高分辨质谱肝素化合物结构解析, 主持, 省级, 2019-07--2020-06
（ 7 ） 基于多级质谱技术的糖结构鉴定算法研究和软件开发, 参与, 市地级, 2019-01--2019-12
参与会议
（1）De Novo glycan structural identification from mass spectra using tree merging strategy 2019-02-14
（2）Condensing Raman Spectrum for Single-cell Phenotype Analysis Shiwei Sun, Xuetao Wang, Xin Gao4, Lihui Ren, Xiaoquan Su, Dongbo Bu and Kang Ning 2015-09-09
（3）IPS: 一种基于多级质谱进行寡糖预测的新算法 2015年中国酶工程与糖生物工程学术研讨会 Shiwei Sun, Yaojun Wang, Chuncui Huang, Runsheng, Chen, Yan Li and Dongbo Bu. 2015-08-20
（4）Predicting y ion intensities for peptides with two charges based on the intensity ratio of neighboring ions. Shiwei Sun, Yaojun Wang, Bin Ma and Dongbo Bu. 2012-03-10
近期论文
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（1） Multistage Mass Spectrometry with Intelligent Precursor Selection for N -Glycan Branching Pattern Analysis, Carbohydrate Polymers, 2020-02, 通讯作者
（2） Identification of glycan branching patterns using multistage mass spectrometry with spectra tree analysis, Journal of Proteomics, 2020-01, 通讯作者
（3） NIST Interlaboratory Study on Glycosylation Analysis of Monoclonal Antibodies: Comparison of Results from Diverse Analytical Methods, Mol Cell Proteomics, 2020-01, 其他（合作组作者）
（4） Identification of carbohydrate peripheral epitopes important for recognition by positive-ion MALDI multistage mass spectrometry, Carbohydrate Polymers, 2020-01, 第 2 作者
（5） Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling, BMC bioinformatics, 2019-10, 第 5 作者
（6） Seq-SetNet: Exploring Sequence Sets for Inferring Structures, arXiv preprint arXiv:1906.11196, 2019-10, 第 5 作者
（7） Best-first search guided multistage mass spectrometry-based glycan identification, Bioinformatics, 2019, 通讯作者
（8） De Novo glycan structural identification from mass spectra using tree merging strategy, Computational Biology and Chemistry, 2019, 通讯作者
（9） Toward automated identification of glycan branching patterns using multistage mass spectrometry with intelligent precursor selection, Analytical Chemistry, 2018, 第 1 作者
（10） TagDict: Prediction of Theoretical Spectra of Peptides Based on A Tag Dictionary, Current Bioinformatic, 2018, 通讯作者
（11） Resilience of Human Gut Microbial Communities for the Long Stay with Multiple Dietary Shifts, Gut, 2018, 第 5 作者
（12） Improving protein fold recognition by extracting fold-specific features from predicted residue– residue contacts, Bioinformatics, 2017, 第 6 作者
（13） Insights into the transmission of respiratory infectious diseases through empirical human contact networks, Scientific Reports, 2016, 第 3 作者
（14） FALCON@home: a high-throughput protein structure prediction server based on remote homologue recognition, Bioinformatics, 2016, 第 4 作者
（15） OpenMS-Simulator: an open-source software for theoretical tandem mass spectrum prediction, BMC Bioinformatics , 2015, 通讯作者
（16） Condensing Raman spectrum for single-cell phenotype analysis, BMC Bioinformatics, 2015, 第 1 作者
（17） Preprocess and condensation of Raman spectrum for single-cell phenotype analysis, GIW2015, 2015, 第 2 作者
（18） MS-Simulator: Predicting y ion intensities for peptides with two charges based on the intensity ratio of neighboring ions, Journal of Proteome Research, 2012, 第 1 作者
（19） A new model for peak selection based on quantifying the dependence of the existence of derivative peaks on primary ion intensity, BMC Bioinformatics, 2011, 通讯作者
（20） PI: An open-source software package for validation of the SEQUEST result and visualization of mass spectrum., BMC Bioinformatics, 2011, 通讯作者
（21） Deriving the probabilities of water loss and ammonia loss for amino acids from tandem mass spectra., Journal of Proteome Research, 2008, 第 1 作者
（22） Faster and more accurate global protein function assignment from protein interaction networks using the MFGO algorithm, FEBS Letter, 2006, 第 1 作者
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