个人简介

二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。构建了收录非编码RNA及其基因的数据库NONCODE，以及收录非编码RNA与其它生物大分子相互作用的数据库NPInter，这两个数据库也已成为了国际在非编码RNA领域非常有影响力的数据库。共发表SCI学术论文200余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告三十余次。由于其在基因组信息学领域的早期工作，1996年9月29日至10月3日在日本筑波召开的第十五届国际科学技术数据委员会(CODATA)大会上应邀作"Kotani Memorial Lecture"，同时获得“小谷正雄”奖 ("Kotani Prize"，生物领域)。2008年获何梁何利基金科学与技术进步奖。2012年获谈家桢生命科学成就奖。2013年获得国家科学技术进步奖二等奖（第一完成人）。由于在研究生物信息学的过程中，对基因组的研究作出了一定的贡献；在非编码序列的研究中取得了一系列原始发现。2007年当选中国科学院院士。2014年当选欧亚科学院院士。 招生专业 071021-生物信息学 100102-免疫学 招生方向 理论生物学，生物信息学，非编码RNA 教育背景 1978-01--1980-01 吉林大学 理论化学进修学习 1959-09--1964-07 中国科技大学 学士 工作简历 2004-09~2004-10,澳大利亚昆士兰大学, 访问学者 2002-07~2002-09,台湾中研院理论科学中心, 访问学者 2001-01~2001-05,日本大阪大学蛋白质研究所, 访问学者 2000-06~2000-12,美国哈佛大学生物统计系, 访问学者 1997-08~1998-03,美国加利福尼亚大学洛杉矶分校, 访问学者 1996-12~1997-02,香港中文大学, 访问学者 1996-09~1996-10,日本东京大学和筑波大学, 访问学者 1996-06~1996-08,德国纽伦堡大学, 访问学者 1995-09~1995-12,香港中文大学, 访问学者 1985-06~1987-08,德国纽伦堡大学理论化学系, 访问学者 1984-08~1984-11,香港浸会大学生物系, 访问学者 1964-05~现在, 中国科学院生物物理研究所, 研究员 教授课程 生物信息学 奖励信息 （1） 基因的故事-解读生命的密码, 二等奖, 国家级, 2014 （2） 欧亚科学院院士, 国家级, 2014 （3） 谈家桢生命科学, 其他, 2012 （4） 何梁何利科学进步奖, 二等奖, 国家级, 2008 （5） 中国人群高血压和冠心病遗传资源的收集和利用及易感基因研究, 二等奖, 国家级, 2008 专利成果 （ 1 ） BioCircos.js多层次生物数据交互式可视化, 外观设计, 2016, 第 1 作者, 专利号: 2016SR030193 发表著作 （1） 基因的故事-解读生命的密码, 北京理工大学出版社, 2012-03, 第 1 作者 科研项目 （ 1 ） 干细胞功能相关的新非编码RNA的发现与功能研究, 主持, 部委级, 2010-06--2015-06 （ 2 ） 非编码RNA及其基因的系统发现和双色网络构建, 主持, 国家级, 2009-01--2013-08 （ 3 ） 非编码RNA调控机制、生物大分子间相互作用与功能相关的生物信息学技术研究, 参与, 国家级, 2012-01--2015-06 （ 4 ） 紫外诱导的DNA损伤应答中长非编码RNA的作用研究, 主持, 国家级, 2016-01--2020-12 参与会议 （1）基因组，大数据与精准医学 2017第二届全球精准医疗（中国）峰会 2017-12-01 （2）基因组、大数据与精准医学 第十届中国生物产业大会 2017-07-03

研究领域

（1）利用生物信息学手段并结合实验室多年积累的RNA组学技术，深入开展在肿瘤发生与发展、胚胎早期发育以及干细胞重编程过程中长非编码RNA以及编码小肽的系统发现和功能机制研究； （2）非编码RNA数据库（NONCODE）以及非编码RNA与各种生物大分子（DNA、RNA及蛋白质等）相互作用数据库（NPInter）以及其它专家数据库的维护、更新与升级； （3）构建由RNA和蛋白质共同实现的典型pathway或生物网络（RNA与蛋白质的双色调控网络等）； （4）肿瘤分子标志物识别算法的开发与分子标志物筛选高通量平台的设计与应用； （5）非编码调控区域变异与疾病的关联研究；以及多组学数据的整合分析; （6）非编码RNA 翻译复杂性的理论与功能机制研究

从事理论生物学和生物信息学研究

近期论文

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（1） NONCODEV5: a comprehensive annotation database for long non-coding RNAs, Nucleic Acids Res, 2018, 通讯作者 （2） Long noncoding RNA LncHand2 promotes liver repopulation via c-Met signaling., J Hepatol, 2018, 通讯作者 （3） LncKdm2b controls self-renewal of embryonic stem cells via activating expression of transcription factor Zbtb3., EMBO J, 2018, 通讯作者 （4） The long noncoding RNA SNHG1 promotes tumor growth through regulating transcription of both local and distal genes, Oncogene, 2017, 通讯作者 （5） Dynamic-BM: multispecies Dynamic BodyMap database from temporal RNA-seq data, Brief Bioinform, 2017, 通讯作者 （6） LncVar: a database of genetic variation associated with long non-coding genes, Bioinformatics, 2017, 通讯作者 （7） Identification and analysis of intermediate-size noncoding RNAs in the rhesus macaque fetal brain, J Genet Genomics, 2017, 通讯作者 （8） Mesenchymal stem cells promote hepatocarcinogenesis via lncRNA-MUF interaction with ANXA2 and miR-34a, Cancer Res, 2017, 通讯作者 （9） Long non-coding RNA lncKdm2b is required for ILC3 maintenance by initiating Zfp292 expression., Nature Immunology, 2017, 通讯作者 （10） SmProt: a database of small proteins encoded by annotated coding and non-coding RNA loci., Briefings in Bioinformatics, 2017, 通讯作者 （11） LncRNA MT1JP functions as a tumor suppressor by interacting with TIAR to modulate the p53 pathway, Oncotarget, 2016, 通讯作者 （12） LncVar: a database of genetic variation associated with long noncoding genes, Bioinformatics, 2016, 通讯作者 （13） BioCircos.js: an interactive Circos JavaScript library for biological data visualization on web applications, Bioinformatics, 2016, 通讯作者 （14） The long noncoding RNA ASNR regulates degradation of Bcl-2 mRNA through its interaction with AUF1, Scientific Reports, 2016, 通讯作者 （15） NONCODE 2016: an informative and valuable data source of long non-coding RNAs., Nucleic Acids Research, 2016, 通讯作者 （16） MIWI and piRNA-mediated cleavage of messenger RNAs in mouse testes., Cell Research, 2015, 通讯作者 （17） Long Noncoding RNA ADINR Regulates Adipogenesis by Transcriptionally Activating C/EBPalpha, Stem Cell Reports, 2015, 通讯作者 （18） The Long Noncoding RNA lncTCF7 Promotes Self-Renewal of Human Liver Cancer Stem Cells through Activation of Wnt Signaling., Cell Stem Cell, 2015, 通讯作者 （19） NPInter v2.0: an updated database of ncRNA interactions., Nucleic Acids Research, 2014, 通讯作者 （20） LncRNA profile study reveals a three-lncRNA signature associated with the survival of patients with oesophageal squamous cell carcinoma., Gut, 2014, 通讯作者 （21） A differential sequencing-based analysis of the C. elegans, RNA, 2012, 通讯作者 （22） MicroRNA regulation of messenger-like noncoding RNAs: a network of mutual microRNA control., Trends in Genetics, 2008, 通讯作者 （23） Mapping the C-elegans noncoding transcriptome with a whole-genome tiling microarray., Genome Research, 2007, 通讯作者 （24） Dynamic changes in subgraph preference profiles of crucial transcription factors., Plos Computational Biology, 2006, 通讯作者 （25） Organization of the Caenorhabditiselegans small non-coding transcriptome: Genomic features, biogenesis, and expression., Genome Research, 2006, 通讯作者

学术兼职

1990-01-01-2016-06-22,生物化学与生物物理学进展, 常务主编 现为国际人类基因组组织（HUGO）会员；国际数据库组织（CODATA）生物大分子专业组委员。国际纯粹及应用物理学会（IUPAP）生物信息学专业委员会委员；国际学术期刊《Journal of Theoretical Biology》的编委。