邵振 - 中国科学院上海营养与健康研究所 -

个人简介

2013 - 至今中国科学院－马普学会计算生物学伙伴研究所研究员 2009–2013年美国达纳法伯癌症研究所/波士顿儿童医院与哈佛医学院生物信息博士后 2003–2008年中国科学院理论物理研究所理论生物物理博士 1999–2003年中国科技大学少年班系物理学士其中已完成的包括：1）用于双样本ChIP-Seq数据定量比较和差异结合分析的计算模型MAnorm（Genome Biology 2012），以及它的后续版本MAnorm2用于多样本ChIP-Seq数据定量比较；2）转录因子结合motif分析包Motif-Scan，以及它与MAnorm结合用于寻找细胞类型特异性调控因子的分析工具MAmotif；3）用于统计比较分析基于同位素标记技术生成的定量蛋白组数据的MAP模型。同时，通过应用所开发的新计算工具，我们希望能够更深入地发掘：1）生物分子之间相互作用的机制，如PRC2在长非编码RNA上结合的序列依赖性（Scientific Reports 2017）；2）基因组元件的未知功能和结构特征，如一些特殊增强子元件的功能和结构特征。

研究领域

1.开发用于高通量组学数据比较和整合分析的统计模型和计算工具 2.结合实验研究手段（包括与实验生物学家合作），研究干细胞干性维持、分化以及肿瘤等生物过程和系统中的基因表达调控，发掘其中关键的调控因子和调控元件。 3. 个体基因组研究

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1. Liu X#, Zhang YN#, Chen Y#, Li MS#, Zhou F#, Li KL, Cao H, Ni M, Liu YX, Gu ZM, Dickerson KE, Xie SQ, Hon GC, Xuan ZY, Zhang MQ, Shao Z, Xu J*. In Situ Capture of Chromatin Interactions by Biotinylated dCas9. Cell, 2017, 170(5), 1028–1043. 2. Tu SQ and Shao Z*. An introduction to computational tools for differential binding analysis with ChIP-seq data. Quantitative Biology, 2017, 5(3), 226-235. 3. Liu X#, Zhang YN#, Ni M#, Cao H, Signer RAJ, Li D, Li MS, Gu ZM, Hu ZP, Dickerson KE, Weinberg SE, Chandel NS, DeBerardinis RJ, Zhou F*, Shao Z*, Xu J*. Regulation of Mitochondrial Biogenesis in Erythropoiesis by mTORC1-Mediated Protein Translation. Nature Cell Biology, 2017, 19, 626–638. 4. Tu SQ, Yuan GC, Shao Z*. The PRC2-binding long non-coding RNAs in human and mouse genomes are associated with predictive sequence features. Scientific Reports, 2017, 7, 41669. 5. Huang J#, Liu X#, Li D#, Shao Z#, Cao H, Zhang YN, Trompouki E, Bowman TV, Zon LI, Yuan GC, Stuart H. Orkin SH*, Xu J*. Dynamic Control of Enhancer Repertoires Drives Lineage and Stage-Specific Transcription during Hematopoiesis. Developmental Cell, 2016, 36, 9-23. 6. Xu J#, Shao Z#, Li D, Xie H, Kim W, Huang J, Taylor JE, Pinello L, Glass K, Jaffe JD, Yuan GC, Orkin SH*. Developmental control of Polycomb subunit composition by GATA factors mediates a switch to non-canonical functions. Molecular Cell, 2015, 57 (2), 304–316. 7. Das PP#, Shao Z#, Beyaz S, Apostolou E, O’Brien K, Atsma JM, Ljuboja D, Guo G, Kerenyi M, Woo A, Yuan GC, Onder T, Hochedlinger K, Kim J, Orkin SH*. Distinct and combinatorial functions of Jmjd2b/Kdm4b and cells identity. Molecular Cell, 2014, 53 (1), 32-48. 8. Baena E, Shao Z#, Linn D#, Glass K, Hamblen M, Fujiwara Y, Kim J, Nguyen M, Zhang X, Godinho F, Bronson RT, Mucci L, Loda M, Yuan GC, Orkin SH* and Li Z*. ETV1 directs androgen metabolism and confers aggressive prostate cancer in targeted mice and patients. Gene & Development, 2013, 27 (6), 683-698. 9. Xu J#, Shao Z#, Bauer DE, Glass K, Pinello L, Handel B, Hou S, Stamatoyannopoulos J, Mikkola H, Yuan GC* and Orkin SH*. Combinatorial assembly of developmental stage-specific enhancers controls gene expression programs during human erythropoiesis. Developmental Cell, 2012, 23 (4):796-811. 10. Shao Z#, Zhang Y#, Yuan GC, Orkin SH* and Waxman DJ*. MAnorm: a robust model for quantitative comparison of ChIP-Seq data sets. Genome Biology, 2012, 13 R16. 11. Liu Y#, Shao Z#, and Yuan GC*. Prediction of Polycomb target genes in mouse embryonic stem cells. Genomics, 2010, 96: 17-26.