李虹 - 中国科学院上海营养与健康研究所 -

个人简介

2020-至今：中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所，研究员 2014-2019年：中国科学院上海生命科学研究院，副研究员 2013-2014年：中国科学院上海生命科学研究院，助理研究员 2010-2013年：美国系统生物学研究所，博士后 2005-2010年：中国科学院上海生命科学研究院，生物信息学博士 2001-2005年：中南大学，信息与计算科学学士

研究领域

系统生物学（1）整合多组学数据和生物医学知识的个性化治疗方案研究：利用大规模的肿瘤模型，研究具有不同遗传背景的肿瘤对抗癌药物的反应，筛选与药物敏感性或耐药机制相关的分子标志物，并建立预测模型，为肿瘤的精准用药提供依据。（2）癌症基因组图谱和进化：通过研究癌症发生发展过程中基因组图谱的变化，重构癌症的进化路径，并寻找关键基因。（3）生物网络和组学大数据挖掘：基于组学大数据和整合网络分析，挖掘生物分子之间相互作用的规律；利用复杂生物网络建模和机器学习算法，筛选疾病标志物并进行分子分型。

近期论文

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Hu B#, Li H#, Guo W, Sun YF, Zhang X, Tang WG, Yang LX, Xu Y, Tang XY, Ding GH, Qiu SJ, Zhou J, Li YX, Fan J, Yang XR. Establishment of a hepatocellular carcinoma patient-derived xenograft platform and its application in biomarker identification. Int J Cancer 2020 Mar 15;146(6):1606-1617. Qiu Z#, Li H#, Zhang Z#, Zhu Z, He S, Wang X, Wang P, Qin J, Zhuang L, Wang W, Xie F, Gu Y, Zou K, Li C, Li C, Wang C, Cen J, Chen X, Shu Y, Zhang Z, Sun L, Min L, Fu Y, Huang X, Lv H, Zhou H, Ji Y, Zhang Z, Meng Z, Shi X, Zhang H*, Li Y*, Hui L*. A Pharmacogenomic Landscape in Human Liver Cancers. Cancer Cell 2019;36(2):179. Li W#, Yang L#, He Q, Hu C, Zhu L, Ma X, Ma X, Bao S, Li L, Chen Y, Deng X, Zhang X, Cen J, Zhang L, Wang Z, Xie WF, Li H*, Li Y*, Hui L*. A Homeostatic Arid1a-Dependent Permissive Chromatin State Licenses Hepatocyte Responsiveness to Liver-Injury-Associated YAP Signaling. Cell stem cell 2019;25(1):54-68.e55. Cheng J#, Wei D, Ji Y, Chen L, Yang L, Li G, Wu L, Hou T, Xie L, Ding G, Li H*, Li Y*. Integrative analysis of DNA methylation and gene expression reveals hepatocellular carcinoma-specific diagnostic biomarkers. Genome medicine 2018;10(1):42. Li J, Yao Q, Feng F, He S, Lin P, Yang L, Yang C, Li H*, Li Y*. Systematic identification of rabbit LncRNAs reveals functional roles in atherosclerosis. Biochimica et biophysica acta 2018;1864(6 Pt B):2266-2273. Hu H#, Li H#, Jiao F, Han T, Zhuo M, Cui J, Li Y*, Wang L*. Association of a novel point mutation in MSH2 gene with familial multiple primary cancers. Journal of hematology & oncology 2017;10(1):158. Xiao Q, Sun Y, Dobi A, Srivastava S, Wang W, Srivastava S, Ji Y, Hou J, Zhao GP, Li Y*, Li H*. Systematic analysis reveals molecular characteristics of ERG-negative prostate cancer. Scientific reports 2018;8(1):12868. Li H#, Glusman G, Hu H, Caballero J, Hubley R, Witherspoon D, Guthery SL, Mauldin DE, Jorde LB, Hood L, Roach JC*, Huff CD*. Relationship Estimation from Whole-Genome Sequence Data. PLoS genetics 2014;10:e1004144. Li H#, He Y#, Ding G, Wang C, Xie L*, Li Y*. dbDEPC: a database of differentially expressed proteins in human cancers. Nucleic acids research 2010;38:D658-D664. Li H#, Xing X#, Ding G, Li Q, Wang C, Xie L, Zeng R*, Li Y*. SysPTM: a systematic resource for proteomic research on post-translational modifications. Mol Cell Proteomics 2009 Aug;8(8):1839-1849.