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1. Shi Yunli, Zhu Haohao (2016). “Calculating the Fate of Chinese Dynasties with the Islamic Method: Chinese Study and Application of Arabic Astrology in the 17th Century.”Micrologues. Natura, scienze e società medievali / Nature, Sciences and Medieval Societies, XXIV (2016), 1-25.
2.Shi Yunli (2015). "Ancient Chinese Astronomy:An Overview" and "Beijing Ancient Observatory", in Clive Ruggles (ed.). Handbook of Archaeoastronomy and Ethnoastronomy. Springer Reference, 2031-2042,2141-2146.
3.Shi Yunli (2014). “Islamic Astronomy in the Service of Yuan and Ming Monarchs.” Suhayl. International Journal for the History of the Exact and Natural Sciences in Islamic Civilisation, vol.13, 41-61. An earlier version of the paper has been included in Kim Sang-Hyuk and Yang Hong-Jin (eds.). Proceedings of 2012 International Symposium on Historical Astronomy. Seoul, Korean Institute for Advanced Studies.
4. Shi Yunli (1012). “The New Thermometer and a Slice of Experimental Philosophy in the Early Qing Court.” In Saraiva, Luís Manuel Roberto (ed.), Europe and China: Science and Arts in the 17th and 18th Centuries(History of Mathematical Sciences: Portugal and East Asia, IV). Singapore, World Scientific Publishing Co Pte Ltd, 2012, pp.203-224.
5. Shi Yunli and Clive Ruggles (2010). “Ancient and Medieval Far East.” In Clive Ruggles and Michel Cotte (Authors/Editors). Heritage Sites of Astronomy and Archaeoastronomy in the Context of the UNESCO World Heritage Convention, A Thematic Study. Paris, International Council of Monument and sites, 2010, 81-87.
6. Shi Yunli (2008). “Reforming Astronomy and Compiling Imperial Science: the Social Dimension of the Yuzhi Lixiang kaocheng houbian.” East Asian Science, Technology and Medicine, vol.28, pp.47-73.
7. Shi Yunli (2008). “The Yuzhi lixiang kaocheng houbian in Korea.” In Luís Saraiva & Catherine Jami (eds.).HISTORY OF MATHEMATICAL SCIENCES Portugal and East Asia III: The Jesuits, the Padroado and East Asian Science (1552-1773). Singapore, World Scientific, pp. 205-229.
8. Shi Yunli (2007). “Nikolaus Smogulecki and Xue Fengzuo’s Tianbu Zhenyuan: Its Production, Publication, and Reception. East Asian Science, Technology and Medicine, 27, pp.62-124.
9. Shi Yunli and Xing Gang (2006): “The First Chinese Version of the Newtonian Tables of the Sun and Moon”. In Chen, K.-Y., Orchiston, W., Soonthornthum, B., and Strom, R. (eds.). Proceedings of the Fifth International Conference on Oriental Astronomy. Chiang Mai, University of Chiang Mai Press: pp.91-96.
10. Shi Yunli (2006). “Aristotle’s De Caelo in China: a Brief Review of the Classic Huan You Quan.” Kwan Yu Chen and Sun Xiaochun (eds.). Frontiers of Oriental Astronomy. Beijing: China Science and Technology Press, 154-159.
11. Shi Yunli (2003). “A Note on the Islamic Influence on the Astronomical Instrumentation of the Choson Korea”. Historia Scientiarum, vol. 13, pp.34-41.
12. Shi Yunli (2003). “The Korean Adaptation of the Chinese-Islamic Astronomical Tables”. Archive of the History of Exact Sciences , vol.57, pp.25-60.
13. Shi Yunli (2003). “Observations in East Asia, an essay review”. Journal of the history of astronomy, vol. 34, pp.111-114.
14. Shi Yunli (2000). “The Eclipse Observations Made by Jesuit Astronomers in Beijing: A Reconsideration”.Journal of the History of Astronomy 31, pp.136-147.
15. 石云里(2008). “元統《緯度太陽通徑》——回回曆法史上的一份重要文獻.” 《奎章閣》(韓國) 33: 241-249.
16. 許潔, 石云里(2006). “抄本《理法器撮要》作者獻疑”. 《或問》(日本) 11: 15-24.(通訊作者)
国内第一作者论文:
17. 石云里 (2014). “中朝两国历史上的天文学交往”. 《安徽师范大学学报》(自然科学版), 37 (1), 6-15;37(2),108-113. 特邀稿.
18. 石云里, 李亮, 李辉芳 (2013). “从《宣德十年月五星凌犯》看回回历法在明朝的使用”. 《自然科学史研究》, 32,156-164.
19. 石云里 (2012). “从玩器到科学: 欧洲光学玩具在清朝的流传与影响”. 《科学文化评论》, 10(2), 29-49.
20. 石云里 (2012). “康熙宫廷里的一缕机械论科学之光: 在华耶稣会士介绍温度计的另一著作”. 《科学文化评论》, 10(1), 42-63.
21. 石云里,方林,韩朝(2012). “西汉夏侯灶墓出土天文仪器新探”. 《自然科学史研究》, 31, 1-13.
22. 石云里,吕凌峰(2010). 中“道”与西“器”——以明清对西方交食推算术的吸收为例. 李雪涛等主编. 《跨越东西方的思考:世界语境下的中国文化研究》. 北京:外语教学与研究出版社,112-126.
23. 石云里(2009). “会通的张力: 读《传播与会通——〈奇器图说〉研究与校注》”. 《中国科技史料》, 30, 248-254.
24. 石云里, 魏弢(2009). “元统《纬度太阳通径》的发现——兼论贝琳《回回历法》的原刻本”. 《中国科技史料》, 30, 31-45.
25. 石云里(2008). “《昊書》、〈象緯億證〉與《璇璣遺述》——揭暄自然哲學發展的三部曲. 《九州学林》 6, 121-148.
26. 石云里, 邢钢 (2006). 汉代的日月食预报技术及其对星占观的影响.《自然辩证法通讯》28, 2: 79-85.
27. 石云里, 宋兵 (2006). 王应遴与《经天该》关系的新线索.《中国科技史杂志》27, 3: 189-196.
28. 石云里. (2006).《天步真原》的神秘序文. 《广西民族学院学报》自然科学版12, 1: 23-26. 特邀论文。
29. 石云里, 吕凌峰 (2005). 从“苟求其故”到“但求无弊” —— 十七、十八世纪中国天文学思想发展的一条轨迹. 《科学技术与辩证法》2005,1: 36-40.
30. 石云里 (2004). 西法传朝考. 《广西民族学院学报》自然科学版10: 30-38, 42-48.
31. 石云里 (2004). 揭暄对西方宇宙学和理学宇宙论的调和. 《九州学林》2004, 2, 1-20.
32. 石云里, 王淼 (2003). 邢云路测算回归年长度问题之再研究. 《自然科学史研究》22, 128-144.
33. 石云里 (2003).《历象考成后编》中的中心差算法及其日月理论的总体精度.《中国科技史料》24, 132-146.
34. 石云里, 吕凌峰 (2002). 礼制、传教与交食测验. 《自然辩证法通讯》24, 44-50.
35. 石云里 (2000). 《天步真原》与哥白尼天文学在中国的早期传播. 《中国科技史料》21, 83-91.
36. 石云里, 吕凌峰, 张秉伦 (2000). 清代天文档案中的交食预报资料补遗. 《中国科技史料》21, 270-281.
37. 石云里 (2000). 新公开的敦煌南齐写本上的捺印佛像. 《中国印刷》10, 34-37.
38. 石云里 (1998). 古代朝鲜学者的《授时历》研究. 《自然科学史研究》 17, 312-321.
39. 石云里 (1998). 朝鲜传本《步天歌》考. 《中国科技史料》19, 69-79.
40. 石云里 (1997). 从黄道周到洪大容——十七世纪中朝“地动说”的比较研究. 《自然辩证法通讯》19, 60-65. CSSCI论文。
41. 石云里 (1997). 古代中国天文学在朝鲜半岛的流传和影响. 《大自然探索》16, 119-124.
42. 石云里 (1997).《经天该》的日本抄本. 《中国科技史料》18, 84-89.
43. 石云里 (1997). 中国古代天文学著作在日本的流传和影响. 《传统文化与现代化》22, 71-78.
44. 石云里 (1996). 崇祯改历中的中西之争. 《传统文化与现代化》26, 62-70.
45. 石云里 (1996). 从《革象新书》看“地圆说”在元朝的传播. 《第七届中国科学史国际会议论文集》. 郑州: 大象出版社, 123-126.
46. 石云里 (1996). 伊巴谷,比鲁尼,乌鲁伯格传记三篇. 《世界著名科学家·天文学家》(席泽宗主编). 北京:科学出版社, 29-41,90-112,278-112.
47. 石云里 (1995). 揭暄对天体自转的认识. 《自然辩证法通讯》, 17, 52-57.
48. 石云里 (1995). 十七世纪中国的准哥白尼学说. 《大自然探索》, 14, 123-128.
49. 石云里 (1995).《寰有詮》研究. 《天文学史文集》. 北京: 科学出版社, 232-260.
50. 石云里 (1993). 揭暄的潮汐学说. 《中国科技史料》14, 90-96.
51. 石云里 (1993). 《历体略》、《璇玑遗述》、《地球图说》、《历象考成》、《历象考成后编》、《乾坤体义》、《天问略》等书提要七篇. 《中国科学技术典籍通汇·天文卷》(任继愈主编)第6、7、8册. 郑州:大象出版社.
52. 石云里 (1992). 传统“地动说”起及其引起的分歧与争论. 《自然辩证法通讯》14, 43-49. CSSCI论文。(《新华文摘》全文收录)
53. 石云里(1991).潜心光学,光照千秋——郑复光传略. 《科坛名流》(王鹤鸣等主编), 北京:文史出版社, 15-22.
54. 石云里 (1991).关于弓体刚性测量的一条宋代史料,《物理学史》1991,1-2, 25.
55. 石云里 (1991). 中国人凭借望远镜绘制的第一幅月面图. 《中国科技史料》12, 88-91. (《新华文摘》全文收录)。
与学生合作论文:
56. 朱浩浩,石云里 (2015). “以回回之法,占中朝之命——薛凤祚对阿拉伯星占学的研究与应用”. 《中国科技史杂志》,36, 1-12.
57. 李亮,呂凌峰,石云里 (2014). “被‘遗漏’的交食——传教士对崇祯改历时期交食记录的选择性删除”. 《中国科技史杂志》,35 , 303-315.
58. 褚龙飞, 石云里 (2014). “再论崇祯改历期间西法交食预报的时制与精度.” 《中国科技史杂志》, 35, 121-137.
59. 褚龙飞, 石云里 (2014). “独特的会通方式: 薛凤祚《历学会通·正集》新探.” 《上海交通大学学报》(哲学社会科学版), 22, 68-75.
60. 褚龙飞, 石云里 (2013). “第谷月亮理论在中国的传播”. 《中国科技史料》, 34, 330-346.
61. 褚龙飞,石云里 (2013). “《崇祯历书》系列历法中的太阳理论”. 《自然科学史研究》, 31, 410-427.
62. 何军民, 石云里 (2013). “《木林集》:培根实验方法的真正范本”. 《东南学术》, (4), 230-237.
63. 李亮,石云里 (2012). “薛凤祚西洋历学思想对黄宗羲的影响”. 马来平主编《中西文化会同的先驱》,济南:齐鲁书社,218-230
64. 李亮; 吕凌峰; 石云里 (2011). “《回回历法》交食精度之分析”. 《自然科学史研究》, 30, 306-317.
65. 何军民, 石云里 (2011). “论培根的科学解释及其科学史意义”. 《求索》, (9), 251-253.
66. 李亮, 吕凌峰, 石云里 (2010). “从交食算法的差异看《大统历》的编成与使用”. 《中国科技史杂志》, 31, 414-431.
67. 吕凌峰, 石云里 (2009). “科学新闻与占星辨谬——1874年金星凌日观测活动的中文记载”. 《中国科技史料》, 30, 139-150.
68. 朱燕飞, 石云里, 陈长荣 (2005). 从MIT看中国高校通识教育的发展策略. 《清华大学教育研究》(4): 62-68.
69. 许洁, 石云里 (2006). 庞迪我、孙元化《日晷图法》初探——兼论牛津本《天问略》中的晷图. 《自然科学史研究》, 25: 149-158.
70. 邢钢,石云里 (2005). 汉代日食记录的可靠性分析--兼用日食对汉代历法的精度进行校验. 《中国科技史杂志》26,2:107-121.
71. 邢钢, 石云里 (2004).《汉简历谱》补释. 《中国科技史料》25. 95-105.
72. 吕凌峰, 石云里 (2003). 清代日食预报记录的精度分析. 《中国科技史料》24, 332-342.
73. 吕凌峰, 石云里 (2003). 明末中西历争中《回回历法》的推算精度. 《回族研究》 52, 78-80.
74. 傅邦红, 石云里 (2001).《崇祯历书》和《历象考成后编》中所述的蒙气差问题. 《中国科技史料》22, 260-268.
75. 吕凌峰, 石云里 (2001). 明末历争中交食测验精度之研究. 《中国科技史料》22, 128-138.
76. 傅邦红, 石云里 (2001). 斯涅尔斯在中国的传播.《物理通报》(4):39-43.
著作及章节:
1. 石云里,陈彪主编 (2015).《多学科交叉视野中的技术史研究》. 合肥:中国科学技术大学出版社.
2.[朝鲜]南秉哲著,石云里校注,[韩国]南文鉉、南宗鎭韩譯(2014).《國譯推步續解》. 《國譯六一齋叢書》3.首尔: 世宗大王記念事業會.
3.[朝鲜]南秉吉著,石云里校注,[韩国]南文鉉、南宗鎭韩譯(2014).《國譯時憲紀要》上篇.《國譯六一齋叢書》4.首尔: 世宗大王記念事業會.
4.[朝鲜]南秉吉著,石云里校注,[韩国]南文鉉、南宗鎭韩譯(2014).《國譯時憲紀要》下篇.《國譯六一齋叢書》4.首尔: 世宗大王記念事業會.
5. 石云里主编(2010).《海外珍稀中国科学技术典籍集成》第一分卷. 中国科学技术大学出版社.
6. 石云里编著(2010).《科学简史》. 首都对外经贸大学出版社.
7. 石云里著(1995).《中国科学技术史纲·天文卷》. 沈阳:辽宁教育出版社.
8. 石云里点校(1997).《乙巳占》.《传世藏书科技卷》(汪前进主编). 海南: 国际新闻出版中心, 349-438.
9. 薄树人(主编),石云里, 孙小淳, 胡铁珠, 景冰, 冯时 (执笔) (1996).《中国天文学史》. 台北:文津出版社.
10. 石云里(2015). “从西洋新法到御制之法:明清两朝对西方天文学的吸收”、“玩器与物理:清代西方物理学玩具的传入及其影响”、“天文与外交:官方背景下的中朝天文学交往”三章. 《中国科技通史》第5卷 (江晓原总主编). 上海交通大学出版社, 109-156,199-236,275-370.
11. 石云里(2005).《徽州文化全书·徽州科学技术卷》天文学章节(张秉伦、胡化凯主编). 合肥:安徽人民出版社.
12. 石云里(2001).《安徽文化史》(张海鹏等主编)天文学章节. 南京:南京大学出版社.
主要译著:
1.丹尼尔·克利里著,石云里主译 (2016).《一瓣太阳:可控核聚变的寻梦之旅》(英文译自A Piece of the Sun: A Quest for the Fusion Energy, by Daniel Clery). “科学的力量丛书”之一. 上海教育出版社.
2. 理查德·潘耐克著,石云里译(2015). 《4%的宇宙:暗物质、暗能量与寻找隐蔽世界的竞赛》(英语翻译自 The 4% of the Universe: Dark Matter, Dark Energy and the Race to Discover the Rest of the Reality, by Richard Panek),“科学的力量丛书”之一. 上海教育出版社. (入选2015年度中国影响力图书推展·第四季,《中国教育报》2015年度教师喜爱的100本书。)
3. 马丁·里斯著,石云里译(2002初版,2008年第2版).《六个数:塑造宇宙的深层力》 (英语翻译自Just six numbers: the deep forces that shape the universe, by Martin Rees),“科学大师佳作丛书”之一. 上海科学技术出版社.