骈聪 - 南京农业大学

个人简介

骈聪，博士，南京农业大学高层次人才引进，香江学者，浙江大学农业与生物技术学院博士后。主要从事差异甲基化区域的算法开发，机器学习算法在生物信息中的应用，以及非编码 RNA 与表观遗传相关性的研究。目前获得南京农业大学高层次人才引进经费资助（100 万）香江学者计划资助（60 万）和浙江省博士后资助（3 万）和各 1 项，近年来以第一作者身份在 Bioinformatics (IF5=8.86)， Briefings in bioinformatics (IF5 = 8.265)， Molecular Therapy - Nucleic Acids (IF5 = 6.018)， BMC bioinformatics (IF5= 2.97)， Database (IF5 = 3.793) 等学术期刊发表 SCI 论文 9 篇。教育背景： 2017.10-2019.10 香港中文大学统计系生物统计香江学者 2016.8-2017.10 浙江大学农业与生物技术学院生物信息学博士后 2011.9-2016.6 南京农业大学农学院生物信息学理学博士 2006.9-2010.7 西北民族大学数学与计算机科学学院信息与计算科学理学学士

研究领域

主持或参加科研项目（课题） 1. 南京农业大学高层次人才经费 100 万元。 2. 浙江省博士后科研项目择优资助，517000-X81701，基于 RNA-Seq 数据的 lncRNA 与癌症关系的研究，2018/01-2019-01，3 万元，在研，主持。 3. 2017 年度香江学者计划，188020-170257701/024，胃癌基因组学与发展: 以病人活组织培养三维类器官细胞团作整合性基因组分析、药物敏感测定、细胞生物学及动物模型研究， 2017/10-2019/10，60 万元，主持。 4. 浙江省自然科学基金重点项目. miR+信号通路的整合与数据挖掘(Z18C60003). 2018/012021/12. 40 万元，在研，参加。主要科研成绩研究领域 1. 利用机器学习算法开发了非编码 RNA（miRNA, piRNA, lncRNA）的识别工具： V-ELMpiRNAPred, OP-Triplet-ELM, LncRNApred, 从而可以从转录组数据中快速准确的确定 RNA 的类型。 2. 基于 miRNA, mRNA, lncRNA 的表达数据，开发有效地构建 miRNA-mRNA 和 miRNA-lncRNA 调控网络的新方法，进而确定潜在的 Network biomarker 和对表型进行有效的分型。 3. 异性甲基化区域(Differentially Methylated Region，DMR)被认为在基因印记调节中起重要作用。超过三分之一的差异甲基化区域（DMRs）在基因中与重要表观遗传有关。我们主要利用贝叶斯理论开发了准确定位差异甲基化区域的新方法。

近期论文

查看导师新发文章（温馨提示：请注意重名现象，建议点开原文通过作者单位确认）

(1) Cong Pian, Guangle Zhang, Fei Li*, Xiaodan Fan*. MM-6mAPred: Identifying DNA N6-methyladenine sites based on Markov Model. Bioi nformatics , 2019, btz556 (IF5=8.86, Top 期刊，JCR 1 区) (2) Cong Pian, Guangle Zhang, Libin Gao, Xiaodan Fan*, Fei Li*. miR+Pathway: The integration and visualization of miRNA and KEGG pathways. Briefings in bioinformatics , 2018, bby128. (IF5 = 8.265, Top 期刊，JCR 1 区) (3) Cong Pian, Shanjun Mao, Guangle Zhang, Jin Du, Fei Li, Suet Yi Leung, Xiaodan Fan*. Discovering Cancer-related miRNAs from miRNA-target Interactions by Support Vector Machines. Molecular Therapy - Nucleic Acids , 2019 (Minor revision). (IF5 = 6.018，JCR 1 区) (4) Cong Pian, Guangle Zhang, Sanling Wu, Fei Li*. Discovering the ‘Dark matters’ in expression data of miRNA based on the miRNA-mRNA and miRNA-lncRNA networks. BMC Bioinformati cs , 2018, 19:379. (IF5 = 3.114，JCR 1 区) (5) Cong Pian, Guangle Zhang, Fei Li*. LncCeRBase a database of experimentally validated human competing endogenous long non-coding RNAs. Database , 2018. bay061. (IF5 = 3.793，JCR 1 区) (6) Cong Pian, Guangle Zhang, Zhi Chen, Yuanyuan Chen, Jin Zhang, Tao Yang, Liangyun Zhang*. LncRNApred: classification of long non-coding RNAs and protein coding transcripts by the ensemble algorithm with a new hybrid feature. PLoS One , 2016, 11(5): e0154567. (IF5 = 3.337，JCR 2 区) (7) Cong Pian, Jin Zhang, Yuanyuan Chen, Zhi Chen, Qin Li, Qiang Li, Liangyun Zhang*. OP-Triplet-ELM: identification of real and pseudo microRNA precursors using extreme learning machine with optimal features. Journal of Bioinformatics and Computational Biology , 2016, 14: 1650006. (IF5 = 0.899，JCR 4 区) (8) Cong Pian, Yuanyuan Chen, Jin Zhang, Zhi Chen, Guangle Zhang, Qiang Li, Liangyun Zhang*. V-ELMpiRNAPred: identification of human piRNAs by voting based extreme learning machine. Journal of Bioinformatics and Computational Biology , 2017, 15:1650046. (IF5 = 0.899，JCR 4 区) (9) Guangle Zhang#, Cong Pian#, Zhi Chen, Yuanyuan Chen, Jin Zhang, Tao Yang, Liangyun Zhang*. Identification of cancer-related miRNA-lncRNA biomarkers using a basic miRNA-lncRNA network. PLoS One , 2018, 13(5): e0196681 (共同一作). (IF5 = 3.352，JCR 2 区)

学术兼职

2018 和 2019 年被 Briefings in bioinformatics，Cancer Medicine, Cell Proliferation 杂志邀请作为审稿人。