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洪棋斌等，“两对互补的显性基因控制着柑桔属和枳属的无融合生殖”，遗传学报，2001，28（11）：1062~1067。
洪棋斌等，“单胚清见桔橙X椪柑产生高比例多胚种子及多胚有性的分子检测”，中国农业科学，2003，36（7）：829~833。
洪棋斌等，“应用RAPD分析川西北高原青稞的遗传背景”，中国农业科学，2001，34（2）：133~138。
洪棋斌等，“大麦DNA单限制性酶切选择性扩增多态性技术及其优化”，遗传，2001，23（5）：477~479。
洪棋斌等，单胚清见橘橙×椪柑产生高比例多胚种子及多胚有性的分子检测，中国农业科学，2003年36（7）：829－833
洪棋斌等，“中间砧影响脐橙叶片水势”，西南农业学报，2003：16（4）：65-68。洪棋斌，柑桔育种成就与展望，中国农业科学，2007年40（增刊1）：348－356。
Hong Qibin，et al, A consensus map constructed with SSR and EST-SSR markers using F1 population from sweet orange tangor； Proceedings of the international society of citriculture, 六2010,Volume I,284-288
龚桂芝等（洪棋斌为通讯作者），枳属种质遗传多样性及其与近缘属植物亲缘关系的SSR和cpSSR分析；园艺学报，2008，35（12）：1742-1750
彭祝春等（洪棋斌为通讯作者），柑橘溃疡病抗性相关的SSR标记筛选；园艺学报，2010，37（3）：383-389
彭祝春等（洪棋斌为通讯作者），单胚槾橘×多胚岩溪芦椪柑多胚种子的胚分离培养及后代的叶形态和SSR鉴定；果树学报， 2012，29（1）：1-5
马喜军（洪棋斌为通讯作者），柑桔BES-SSR标记开发及连锁图延伸和加密；西北植物学报，（）；2012，32（6）：1112-1117
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