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个人简介

教学工作 2012年-2013年第二学期: 智能计算基础,32学时,2学分,本科限选。 生命科学概论,32学时,2学分,本科任选。 2013-2014第一学期: 模式识别,研究生 自2014-2015第一学期起,主要从事 离散数学(A)I 离散数学(A)II 两门课的教学工作。 教育背景 教育背景: 2004 北京大学 理学学士 2009 北京大学 工学博士 工作经历 工作经历: 2009.7-2012.3 中国科学院遗传与发育生物学研究所 助理研究员 2012.3-2012.8 中国科学院上海生命科学研究院 中科院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所 副研究员 2012.9-2014.9 北京交通大学计算机与信息技术学院 副教授 2014.10-今 北京交通大学计算机与信息技术学院 高聘教授,博士生导师 2013.6-2015.6 中国科学院遗传与发育生物学研究所 客座研究人员

研究领域

机器学习与认知计算 人工智能及应用 计算机技术(专业学位) 软件工程(专业学位) 人工智能技术(专业学位)

科研项目 北京市科委:基于大数据的交通计算若干问题研究,2013-11-01--2014-10-31,50.0万元,参加 教育部:“数字媒体信息处理” 教育部创新团队-子课题5,2013-01-01--2015-12-31,10.0万元,参加 国家自然科学基金“面上”:细胞分化与转化过程中关键调控规律的逆向工程研究,2018-01-01--2021-12-31,直接经费52.0万元,主持 国家自然科学基金“面上”:基于基因缺失突变数据的组合调控规律推断研究,2014-01-01--2017-12-31,60.0万元,主持 国家自然科学基金"青年基金":基于相似性的图像特征逆向学习算法与应用,2014-01-01--2016-12-31,26.0万元,主持 基本科研业务费专题项目:复杂疾病的基因组关联分析与上位效应检测算法研究,2014-01-01--2016.12.31,35.0万元,主持。 人才基金:基于空间约束稀疏编码和相似度的图像分类算法研究,2014-11-01--2017-10-31,30.0万元,主持。 专项:临床研究支撑技术与临床科研一体化网络的研究,2009-12-31--2013-12-31,20.0万元,参加 专项:中医药临床医疗科研信息一体化,2012-01-01--2013-12-31,20.0万元,参加 人才基金:面向新一代深度测序技术的智能化因果推断算法研究,2012-10-01--2013-10-01,1.5万元,主持

近期论文

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论文/期刊 以下是主要代表性论文,*号标注通讯作者或共同通讯作者,^号标注同等贡献的作者。 [1] Yi Liu, Hongbin Zha, Hong Qin, Shape Topics: A Compact Representation and New Algorithms for 3D Partial Shape Retrieval, IEEE Computer Society Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR 2006), vol.2, pp: 2025-2032, 2006. [CCF A类会议] [2] Yi Liu, Xu-Lei Wang, Hongbin Zha, Dimension Amnesic Pyramid Match Kernel, the Twenty-Third AAAI Conference on Artificial Intelligence, (AAAI 2008) 2008. [CCF A类会议] [3] Yi Liu*, Xu-Lei Wang, Hua-Yan Wang, Hongbin Zha*, Hong Qin, Learning Robust Similarity Measures for 3D Partial Shape Retrieval, International Journal of Computer Vision (IJCV 2010), Volume 89 Issue 2-3, September 2010. [CCF A类期刊] [4] Yi Liu^, Dali Han^, Yixing Han^, Zheng Yan, Bin Xie, Jing Li, Nan Qiao, Haiyang Hu, Philipp Khaitovich, Yuan Gao and Jing-Dong J. Han*. Ab initio identification of transcription start sites in the Rhesus macaque genome by histone modification and RNA-Seq. Nucleic Acids Research (NAR 2011), Volume 39, Issue 4, 2011. [5] Yi Liu^, Nan Qiao^, Shanshan Zhu, Ming Su, Na Sun, Jerome Boyd-Kirkup and Jing-Dong J. Han*. A novel Bayesian network inference algorithm for integrative analysis of heterogeneous deep sequencing data. Cell Research, (2013) 23:440–443; doi:10.1038/cr.2013.8 (Nature Publishing Group期刊: www.nature.com/cr) [6] Jin e Li^,Yi Liu^,Min Liu,Jing-Dong Jackie Han*. Functional Dissection of Regulatory Models Using Gene Expression Data of Deletion Mutants. PLoS Genetics. Sep, 2013 (^:共同第一作者) [7] Wei Zhang^, Yi Liu^, Na Sun, Dan Wang, Jerome Boyd-Kirkup, Xiaoyang Dou, and Jing-Dong Jackie Han*. Integrating Genomic, Epigenomic, and Transcriptomic Features Reveals Modular Signatures Underlying Poor Prognosis in Ovarian Cancer. Cell Reports. Aug, 2013 ( ^:共同第一作者,Cell子刊: http://www.cell.com/cell-reports) [8] Jialiang Huang, Yi Liu, Wei Zhang, Hong Yu, Jing-Dong J. Han*, eResponseNet: a package prioritizing candidate disease genes through cellular pathways, Bioinformatics, Volume 27, Issue 16, pp. 2319-2320, 2011. [9] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Christopher D. Green, Gang Wei, Jing-Dong Jackie Han. Improved nucleosome-positioning algorithm iNPS for accurate nucleosome positioning from sequencing data. Nature Communications. doi:10.1038/ncomms5909. (^:共同第一作者, Nature子刊) [10] Lei Hou^, Dan Wang^, Di Chen^, Yi Liu, Yue Zhang, Hao Cheng, Chi Xu, Na Sun, Joseph McDermott, William B. Mair, Jing-Dong J. Han*. A Systems Approach to Reverse Engineer Lifespan Extension by Dietary Restriction. Cell Metabolism, March 8, 2016. (Cell子刊) [11] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Guoyu Chen, Jing-Dong J. Han*. Inter-nucleosomal communication between histone modifications for nucleosome phasing. PLoS Computational Biology, September, 2018. (^:共同第一作者) 除上述工作外,还以通讯作者在Neurocomputing、J Vis Commun Image R、Front Comput Sci等SCI(E)期刊发表研究论文。

学术兼职

SCI期刊Frontiers of Computer Science 青年Associate Editor

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