个人简介

教学工作 2012年-2013年第二学期： 智能计算基础，32学时，2学分，本科限选。 生命科学概论，32学时，2学分，本科任选。 2013-2014第一学期： 模式识别，研究生 自2014-2015第一学期起，主要从事 离散数学(A)I 离散数学(A)II 两门课的教学工作。 教育背景 教育背景: 2004 北京大学 理学学士 2009 北京大学 工学博士 工作经历 工作经历: 2009.7-2012.3 中国科学院遗传与发育生物学研究所 助理研究员 2012.3-2012.8 中国科学院上海生命科学研究院 中科院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所 副研究员 2012.9-2014.9 北京交通大学计算机与信息技术学院 副教授 2014.10-今 北京交通大学计算机与信息技术学院 高聘教授，博士生导师 2013.6-2015.6 中国科学院遗传与发育生物学研究所 客座研究人员

研究领域

机器学习与认知计算 人工智能及应用 计算机技术（专业学位） 软件工程（专业学位） 人工智能技术（专业学位）

科研项目 北京市科委：基于大数据的交通计算若干问题研究，2013-11-01--2014-10-31，50.0万元，参加 教育部：“数字媒体信息处理” 教育部创新团队－子课题5，2013-01-01--2015-12-31，10.0万元，参加 国家自然科学基金“面上”：细胞分化与转化过程中关键调控规律的逆向工程研究，2018-01-01--2021-12-31，直接经费52.0万元，主持 国家自然科学基金“面上”：基于基因缺失突变数据的组合调控规律推断研究，2014-01-01--2017-12-31，60.0万元，主持 国家自然科学基金"青年基金"：基于相似性的图像特征逆向学习算法与应用，2014-01-01--2016-12-31，26.0万元，主持 基本科研业务费专题项目：复杂疾病的基因组关联分析与上位效应检测算法研究，2014-01-01--2016.12.31，35.0万元，主持。 人才基金：基于空间约束稀疏编码和相似度的图像分类算法研究，2014-11-01--2017-10-31，30.0万元，主持。 专项：临床研究支撑技术与临床科研一体化网络的研究，2009-12-31--2013-12-31，20.0万元，参加 专项：中医药临床医疗科研信息一体化，2012-01-01--2013-12-31，20.0万元，参加 人才基金：面向新一代深度测序技术的智能化因果推断算法研究，2012-10-01--2013-10-01，1.5万元，主持

近期论文

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论文/期刊 以下是主要代表性论文，*号标注通讯作者或共同通讯作者，^号标注同等贡献的作者。 [1] Yi Liu, Hongbin Zha, Hong Qin, Shape Topics: A Compact Representation and New Algorithms for 3D Partial Shape Retrieval, IEEE Computer Society Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR 2006), vol.2, pp: 2025-2032, 2006. [CCF A类会议] [2] Yi Liu, Xu-Lei Wang, Hongbin Zha, Dimension Amnesic Pyramid Match Kernel, the Twenty-Third AAAI Conference on Artificial Intelligence, (AAAI 2008) 2008. [CCF A类会议] [3] Yi Liu*, Xu-Lei Wang, Hua-Yan Wang, Hongbin Zha*, Hong Qin, Learning Robust Similarity Measures for 3D Partial Shape Retrieval, International Journal of Computer Vision (IJCV 2010), Volume 89 Issue 2-3, September 2010. [CCF A类期刊] [4] Yi Liu^, Dali Han^, Yixing Han^, Zheng Yan, Bin Xie, Jing Li, Nan Qiao, Haiyang Hu, Philipp Khaitovich, Yuan Gao and Jing-Dong J. Han*. Ab initio identification of transcription start sites in the Rhesus macaque genome by histone modification and RNA-Seq. Nucleic Acids Research (NAR 2011), Volume 39, Issue 4, 2011. [5] Yi Liu^, Nan Qiao^, Shanshan Zhu, Ming Su, Na Sun, Jerome Boyd-Kirkup and Jing-Dong J. Han*. A novel Bayesian network inference algorithm for integrative analysis of heterogeneous deep sequencing data. Cell Research, (2013) 23:440–443; doi:10.1038/cr.2013.8 (Nature Publishing Group期刊: www.nature.com/cr) [6] Jin e Li^,Yi Liu^,Min Liu,Jing-Dong Jackie Han*. Functional Dissection of Regulatory Models Using Gene Expression Data of Deletion Mutants. PLoS Genetics. Sep, 2013 (^:共同第一作者) [7] Wei Zhang^, Yi Liu^, Na Sun, Dan Wang, Jerome Boyd-Kirkup, Xiaoyang Dou, and Jing-Dong Jackie Han*. Integrating Genomic, Epigenomic, and Transcriptomic Features Reveals Modular Signatures Underlying Poor Prognosis in Ovarian Cancer. Cell Reports. Aug, 2013 ( ^:共同第一作者，Cell子刊: http://www.cell.com/cell-reports) [8] Jialiang Huang, Yi Liu, Wei Zhang, Hong Yu, Jing-Dong J. Han*, eResponseNet: a package prioritizing candidate disease genes through cellular pathways, Bioinformatics, Volume 27, Issue 16, pp. 2319-2320, 2011. [9] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Christopher D. Green, Gang Wei, Jing-Dong Jackie Han. Improved nucleosome-positioning algorithm iNPS for accurate nucleosome positioning from sequencing data. Nature Communications. doi:10.1038/ncomms5909. (^:共同第一作者， Nature子刊) [10] Lei Hou^, Dan Wang^, Di Chen^, Yi Liu, Yue Zhang, Hao Cheng, Chi Xu, Na Sun, Joseph McDermott, William B. Mair, Jing-Dong J. Han*. A Systems Approach to Reverse Engineer Lifespan Extension by Dietary Restriction. Cell Metabolism, March 8, 2016. (Cell子刊) [11] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Guoyu Chen, Jing-Dong J. Han*. Inter-nucleosomal communication between histone modifications for nucleosome phasing. PLoS Computational Biology, September, 2018. (^:共同第一作者) 除上述工作外，还以通讯作者在Neurocomputing、J Vis Commun Image R、Front Comput Sci等SCI(E)期刊发表研究论文。

学术兼职

SCI期刊Frontiers of Computer Science 青年Associate Editor