个人简介
招生专业
071010-生物化学与分子生物学
招生方向
RNA代谢与功能
教育背景
2007-09--2009-05 University of Connecticut 工商管理硕士(MBA)
2004-09--2009-02 University of Connecticut 博士
2000-09--2003-06 中科院上海药物研究所 硕士
1996-09--2000-06 兰州大学 学士
工作简历
2017-05~现在, 霍华德休斯医学研究所, 国际研究员
2017-01~现在, 分子生物学国家重点实验室, 副主任
2011-01~现在, 中国科学院生物化学与细胞生物学研究所, 二级研究员
2010-05~2011-01,University of Connecticut Health Center, Assistant Professor
2009-04~2010-04,University of Connecticut Health Center, 博士后
2007-09~2009-05,University of Connecticut, 工商管理硕士(MBA)
2004-09~2009-02,University of Connecticut, 博士
2000-09~2003-06,中科院上海药物研究所, 硕士
1996-09~2000-06,兰州大学, 学士
教授课程
Bio 2000 分子生物学
bio2000 分子生物学
奖励信息
（1） 中国科学院优秀导师奖, 部委级, 2019
（2） 上海市三八红旗手, 省级, 2019
（3） 中组部国家“万人计划”科技创新领军人才, 国家级, 2018
（4） 中国科学院青年科学家奖, 部委级, 2018
（5） 科技部创新人才推进计划中青年科技创新领军人才, , 部委级, 2017
（6） 上海市科技系统三八红旗手, , 省级, 2017
（7） 霍华德•休斯国际研究员 (HHMI International Research Scholar), , 其他, 2017
（8） 普洛麦格创新奖, , 其他, 2017
（9） 谈家桢生命科学创新奖, 其他, 2017
（10） 中科院优秀导师奖, 部委级, 2017
（11） 第十三届中国青年女科学家奖, , 国家级, 2017
（12） 第八届上海青年科技英才奖, , 省级, 2016
（13） 中国细胞生物学学会干细胞青年研究员奖, 其他, 2016
（14） 华人生物学家协会杰出青年研究员奖 (CBIS Young Instigator Award), , 其他, 2016
（15） A-IMBN Research Young Investigator/Ken-ichi Arai Award, , 其他, 2016
（16） 第十五届李汝祺动物遗传奖, , 其他, 2015
（17） 基金委国家优秀青年, 国家级, 2013
（18） 中组部万人计划青年拔尖人才, 国家级, 2012
（19） 中科院上海生科院特别人才, 院级, 2012
（20） Gordon 国际学术会议最佳墙报表述奖(Best Poster Presentation), , 国家级, 2009
（21） 最佳口头报告奖(Best Oral Presentation), , 国家级, 2009
（22） 干细胞研究重点项目（Connecticut Stem Cell Seed Award）, , 省级, 2009
（23） 莙政奖金, , 国家级, 1999
专利成果
（ 1 ） Novel nuclear retained noncoding RNAs, 2010, 第 2 作者, 专利号: A
（ 2 ） 一种内含子来源环形RNA分子及其成环关键核酸序列的应用, 2013, 第 1 作者, 专利号: ZL 201310398809.X
（ 3 ） 一种利用基因组编辑技术实现原位激活基因的表达方法及其应用, 2014, 第 1 作者, 专利号: 201410051873.5
（ 4 ） RNA核滞留载体的构建及应用, 2014, 第 1 作者, 专利号: 201410165883.1
（ 5 ） 一种利用基因组编辑技术实现原位激活基因的表达方法及其应用, 2018, 第 1 作者, 专利号: ZL201410051873.5
（ 6 ） RNA核滞留载体的构建及应用, 2018, 第 1 作者, 专利号: ZL201410165883.1
（ 7 ） 一种新型RNA环化表达载体的构建及其应用, 2020, 第 2 作者, 专利号: ZL201510100793.9
科研项目
（ 1 ） 非编码RNA在干细胞命运调控中的功能及分子机制, 参与, 国家级, 2011-01--2015-08
（ 2 ） 细胞谱系的建立与发育调控, 参与, 部委级, 2011-01--2015-12
（ 3 ） 新型内含子来源的长非编码RNA加工成熟机制及功能研究, 主持, 市地级, 2012-06--2014-05
（ 4 ） 中国科学院上海生命科学研究院S类人才计划项目, 主持, 研究所（学校）, 2012-07--2015-12
（ 5 ） 一类内含子来源的长非编码 RNA 的加工成熟机制及功能研究, 主持, 国家级, 2013-01--2016-12
（ 6 ） 青年拔尖人才支持计划, 主持, 国家级, 2013-01--2015-12
（ 7 ） 单倍体干细胞表观遗传特性维持的研究, 主持, 国家级, 2014-01--2018-08
（ 8 ） 长非编码RNA 的机制与功能研究, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12
（ 9 ） 两类环形RNA的生成加工机制研究及其功能探索, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
（ 10 ） 非编码RNA 介导的染色质高级结构动态变化对细胞命运决定的调控作用及分子机制, 参与, 国家级, 2016-07--2020-12
（ 11 ） 非编码RNA调控细胞增殖与分化的转换与维持, 主持, 部委级, 2016-07--2020-12
（ 12 ） 长非编码RNA的代谢与功能, 主持, 国家级, 2018-01--2022-12
（ 13 ） 霍华德•休斯医学研究所国际科学家支持计划 (HHMI International Research Scholar Program), 主持, 研究所（学校）, 2017-09--2022-08
（ 14 ） 非编码RNA代谢与功能, 主持, 国家级, 2020-01--2022-12
（ 15 ） 小核仁RNA加工来源的两类新型长非编码RNAs的代谢和功能研究, 主持, 国家级, 2019-01--2023-12
（ 16 ） 人类细胞中长RNA分子转录后命运决定机制, 主持, 国家级, 2019-01--2021-12
参与会议
（1）Unconventional RNA Form & Function and beyond 2018-05-22
（2）Unconventional RNA form and function - regulation by Alu elements 2018-02-26
（3）The diversity of long noncoding RNAs, their generation and function 2018-02-18
（4）AlUternative regulation for gene expression 2018-02-12
（5）The diversity of long noncoding RNAs and their generation 谈家桢生命科学奖十周年庆典暨第十届颁奖大会，北京 2017-11-18
（6）The long noncoding RNA regulation in the nucleolus 2017-11-04
（7）Genome-wide screening of NEAT1 regulators reveals mito-paraspeckle communications 2017-10-21
（8）Biogenesis and functional implications of Circular RNAs 2017-09-26
（9）Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection 第十二次全国基因功能与表观遗传调控学术研讨会，北京 2017-08-15
（10）The Diversity And Function of Long Noncoding RNAs 2017-06-14
（11）CircRNAs 2017-06-01
（12）SLERT regulates DDX21-rings associated with Pol I transcription RNA加工学术研讨会，镇江 2017-04-23
（13）The diversity of sno-processed lncRNAs and their roles in gene regulation 2017-02-08
（14）The diversity of long noncoding RNAs - their generation and function 2017-02-01
（15）The processing and functional implication of sno-processed long noncoding RNAs 2016年上海科技大学细胞生物学前沿学术研讨会，上海 2016-12-16
（16）Unusual processing generates SPA lncRNAs that sequester multiple RNA binding proteins 2016-11-17
（17）Characterization of new long noncoding RNA species 2016年上海科技大学免疫化学国际生物论坛，上海（3rd ShanghaiTech-SIAIS BioForum） 2016-11-08
（18）Sno-processed long noncoding RNAs 2016-11-07
（19）Discovery, biogenesis and functional implication of new long noncoding RNA species 2016-10-31
（20）Characterization of long noncoding RNAs in the Prader-Willi Syndrome deletion region 中国生物化学与分子生物学会2016年全国学术年会，杭州 2016-10-21
（21）Unusual processing generates sno-processed long noncoding RNAs 第九届全国核糖核酸 (RNA) 学术讨论会，上海 2016-09-27
（22）Circular RNAs 2016-09-12
（23）Unusual processing generates long noncoding RNAs with new formats 2016-08-01
（24）Unusual processing generates long noncoding RNAs with new formats 2016-08-01
（25）SPA lncRNAs 2016-06-27
（26）Biogenesis and functional studies of lncRNAs with new formats 浙江大学医学院，杭州 2016-04-15
（27）Biogenesis of long noncoding RNAs with new formats 2016-03-24
（28）Characterization of long noncoding RNAs in the Prader-Willi Syndrome deletion region 2016-03-21
（29）The biogenesis of circular RNAs 2016-02-14
（30）Biogenesis of different types of new long noncoding RNA species 中国科学技术大学生命科学学院,合肥, 中国 2015-12-16
（31）Characterization of new long noncoding RNA species: discovery, biogenesis and functional implication 2015-10-27
（32）Biogenesis and functional implication of new long noncoding RNA species 2015-10-25
（33）CircRNA biogenesis 2015-10-18
（34）CARM1 regulates mRNA nuclear retention in paraspeckles 第十一次全国基因功能与表观遗传调控学术研讨会, 上海, 中国 2015-10-13
（35）long noncoding RNA species with new formats: discovery, biogenesis and functional implication 2015-09-13
（36）Characterization of new long noncoding RNA species from the Prader-Willi Syndrome deletion region 2015-05-31
（37）New long noncoding RNA species in gene regulation 2014-10-11
（38）Complementary-sequences mediated exon circularization 2014-09-10
（39）Identification and characterization of new long noncoding RNA species 2014-07-07
（40）Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus 2014-06-03
（41）Characterization of new long noncoding RNA species 2014-06-02
（42）Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus 2014-05-05
（43）characterization of new long noncoding RNA species 2014-05-01
（44）Characterization and functional implications of new long noncoding RNA species 2014-05-01
（45）Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus 2014年春RNA研究战略研讨学术研讨会，合肥，中国 2014-04-11
（46）Life without A tail: new long noncoding RNAs from excised introns 2013-12-21
（47）New formats of long noncoding RNAs from excised introns: mechanisms and functional implications 2013-11-18
（48）Gene expression regulation by intronic long noncoding RNAs 2013-11-06
（49）Functional noncoding RNAs from excised introns 2013-10-20
（50）Functional intronic long noncoding RNAs 2013-10-09
（51）Life without (A) tail: new long noncoding RNAs from excised introns 2013-08-28
（52）Circular intronic long noncoding RNAs 2013-08-20
（53）Circular intronic long noncoding RNAs 第1次非编码RNA研究战略研讨会,北京 2013-04-12
（54）Prader-Willi Syndrome associated new long noncoding RNAs in splicing regulation in human embryonic stem cells 2012-12-03
（55）A new class of intron-derived long noncoding RNAs with snoRNA ends 2012-10-08
（56）New long noncoding RNAs in human embryonic stem cells “非编码RNA在重大生物学过程中功能和机制” 香山科学会议 2012-06-05
（57）Long noncoding RNAs with snoRNA ends 2012-04-23
（58）Intron-derived long noncoding RNAs in human embryonic stem cells 2011-12-07
（59）Altered Nuclear Retention Of MRNAS Containing Inverted Repeats In Human Embryonic Stem Cells: Functional Role Of A Nuclear Noncoding RNA Ling-Ling Chen 2009-10-30
近期论文
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（1） Linking RNA processing and function., Cold Spring Harb Symp Quant Biol, 2020, 通讯作者
（2） Protocol for Dynamic Imaging of RNA in Living Cells by CRISPR-Cas13 System., Star Protocols, 2020, 通讯作者
（3） Distinct processing of lncRNAs contributes to non-conserved functions in stem cells., Cell, 2020, 通讯作者
（4） The expanding regulatory mechanisms and cellular functions of circular RNAs., Nat Rev Mol Cell Biol, 2020, 通讯作者
（5） Dynamic imaging of RNA in living cells by CRISPR-Cas13 system., Mol Cell, 2019, 通讯作者
（6） Cellular functions of long noncoding RNAs., Nat Cell Biol, 2019, 通讯作者
（7） Structure and degradation of circular RNAs regulate PKR activation in innate immunity., Cell, 2019, 通讯作者
（8） Nascent pre-rRNA sorting via phase separation drives the assembly of dense fibrillar components in the human nucleolus., Mol Cell, 2019, 通讯作者
（9） N6-Methyladenosines Modulate A-to-I RNA Editing, Mol Cell, 2018, 通讯作者
（10） The biogenesis, functions and challenges of circular RNAs, Mol Cell, 2018, 通讯作者
（11） Processing and roles of snoRNA-ended long noncoding RNAs, Crit Rev Biochem Mol Biol, 2018, 通讯作者
（12） Genome-wide screening of NEAT1 regulators reveals cross-regulation between paraspeckles and mitochondria, Nat Cell Biol, 2018, 通讯作者
（13） RNA-binding protein SAMD4 regulates skeleton development through translational inhibition of Mig6 expression, Cell Discov, 2017, 第 6 作者
（14） ALU ternative regulation for gene expression, Trends Cell Biol, 2017, 通讯作者
（15） SLERT regulates DDX21-rings associated with Pol I transcription, Cell, 2017, 通讯作者
（16） Coordinated circRNA biogenesis and function with NF90/NF110 in viral infection, Mol Cell, 2017, 通讯作者
（17） The diversity of long noncoding RNAs and their generation, Trends Genet, 2017, 通讯作者
（18） Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine., Cell Res, 2017, 第 9 作者
（19） Enhancing the RNA engineering toolkit, Science, 2017, 通讯作者
（20） The Output of Protein-Coding Genes Shifts to Circular RNAs When the Pre-mRNA Processing Machinery Is Limiting, Mol Cell, 2017, 第 6 作者
（21） Long Noncoding RNAs Stabilized by Small Nucleolar RNA-Protein (snoRNP) Ends, Chin J Cell Biol, 2017, 通讯作者
（22） CircRNA-derived pseudogenes, Cell Res, 2016, 第 5 作者
（23） The biogenesis of nascent circular RNAs, Cell Reports, 2016, 通讯作者
（24） Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs, Genome Res, 2016, 通讯作者
（25） Ling-Ling Chen: Linking Long Noncoding RNA Processing and Function to RNA Biology, Trends Biochem Sci, 2016, 通讯作者
（26） Linking Long Noncoding RNA Localization and Function, Trends Biochem Sci, 2016, 通讯作者
（27） Characterization of circular RNAs, Methods Mol Biol, 2016, 通讯作者
（28） The biogenesis and emerging roles of circular RNAs, Nat Rev Mol Cell Biol, 2016, 通讯作者
（29） Shedding light on paraspeckle structure by super-resolution microscopy, J Cell Biol, 2016, 通讯作者
（30） Research progress of long noncoding RNA in China, IUBMB Life, 2016, 通讯作者
（31） A two-fold challenge: the experience of women of color in genomics, Genome Biol, 2016, 通讯作者
（32） Unusual Processing Generates SPA LncRNAs that Sequester Multiple RNA Binding Proteins, Mol Cell, 2016, 通讯作者
（33） Increased complexity of circRNA expression during species evolution, RNA Biol, 2016, 通讯作者
（34） Fractionation of non-polyadenylated and ribosomal-free RNAs from mammalian cells, Methods Mol Biol, 2015, 第 2 作者
（35） Regulation of circRNA biogenesis, RNA Biol, 2015, 通讯作者
（36） The long noncoding RNA regulation at the MYC locus, Curr Opin Genet Dev, 2015, 通讯作者
（37） Gear up in circles, Mol Cell, 2015, 通讯作者
（38） SnoVectors for nucelar expression of RNA, Nucleic Acids Res, 2015, 通讯作者
（39） ADAR1 is required for differentiation and neural induction by regulating microRNA processing in a catalytically independent manner, Cell Res, 2015, 通讯作者
（40） Protein arginine methyltransferase CARM1 attenuates the paraspeckle-mediated nuclear retention of mRNAs containing IRAlus, Genes Dev, 2015, 通讯作者
（41） Scientific migration of junior scientists to China, Genome Biol, 2014, 通讯作者
（42） Functional analysis of long noncoding RNAs in development and diseases, Adv Exp Med Biol, 2014, 通讯作者
（43） Competition of RNA splicing: line in or circle up, Sci China Life Sci, 2014, 通讯作者
（44） Life without A tail: new formats of long noncoding RNAs, Int J Biochem and Cell Biol, 2014, 通讯作者
（45） Microexons go big, Cell, 2014, 通讯作者
（46） Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions in the MYC locus, Cell Res, 2014, 通讯作者
（47） Species-specific alternative splicing leads to unique expression of sno-lncRNAs, BMC Genomics, 2014, 通讯作者
（48） Gene expression profiling of non-polyadenylated RNA-seq across species, Genomics Data, 2014, 第 3 作者
（49） Complementary sequence-mediated exon circularization, Cell, 2014, 通讯作者
（50） Prediction of constitutive A-to-I editing sites from human transcriptomes in the absence of genomic sequences, BMC Genomics, 2013, 通讯作者
（51） Circular intronic long noncoding RNAs, Mol Cell, 2013, 通讯作者
（52） Nuclear editing of mRNA 3’-UTRs, Curr. Top. Microbiol. Immunol, 2012, 通讯作者
（53） Long noncoding RNAs with snoRNA ends, Mol Cell, 2012, 通讯作者
（54） Genomewide characterization of non-polyadenylated RNAs, Genome Biol, 2011, 通讯作者
（55） Genome-wide studies reveal that Lin28 enhances the translation of genes important for growth and survival of human embryonic stem cells, Stem Cells, 2011, 第 2 作者
（56） Molecular basis for an attenuated cytoplasmic dsRNA response in human embryonic stem cells, Cell Cycle, 2010, 通讯作者
（57） Long non-coding RNAs in mammalian cells What Where and Why, WIREs RNA, 2010, 通讯作者
（58） Decoding the function of nuclear long non-coding RNAs, Curr. Opin. Cell Biol, 2010, 通讯作者
（59） Altered nuclear retention of mRNAs containing inverted repeats in human embryonic stem cells: functional role of a nuclear noncoding RNA, Mol Cell, 2009, 第 1 作者
（60） Gene regulation by SINES and inosines: biological consequences of A-to-I editing of Alu element inverted repeats, Cell Cycle, 2008, 第 1 作者
（61） Alu element-mediated gene silencing, EMBO J, 2008, 第 1 作者
（62） On the mechanism of induction of heterochromatin by the RNA-binding protein vigilin, RNA, 2008, 第 3 作者
（63） Identification of potent type I MetAPs inhibitors by simple bioisosteric replacement, Bioorg. Med. Chem. Lett, 2005, 第 4 作者
（64） Identification of potent type I MetAP inhibitors by simple bioisosteric replacement. Part 1: Synthesis and preliminary SAR studies of thiazole-4-carboxylic acid thiazol-2-ylamide derivatives, Bioorg. Med. Chem. Lett, 2005, 第 4 作者
（65） Inhibitors of type I MetAPs containing pyridine-2-carboxylic acid thiazol-2-ylamide. Part 2: SAR studies on the pyridine ring 3-substituent, Bioorg. Med. Chem. Lett, 2005, 第 3 作者
（66） Inhibitors of type I MetAPs containing pyridine-2-carboxylic acid thiazol-2-ylamide. Part 1: SAR studies on the determination of the key scaffold, Bioorg. Med. Chem. Lett, 2005, 第 3 作者
（67） Type I methionine aminopeptidase from Saccharomyces cerevisiae is a potential target for antifungal drug screening, Acta. Pharmacol. Sin, 2004, 第 1 作者
（68） Characterization of full length and truncated type I hMetAP expressed from E. coli, Biochemistry, 2004, 第 2 作者
（69） Design and synthesis of chromogenic thiopeptolide substrates as MetAPs active site probes, Bioorg. Med. Chem. Lett, 2004, 第 3 作者
（70） Mutations at the S1 sites of methionine aminopeptidases from Escherichia coli and Homo sapiens reveal the residues critical for substrate specificity, J Biol. Chem, 2004, 第 3 作者
（71） Specificity for inhibitors of metal-substituted methionine aminopeptidase, Biochem Biophys Res Commun, 2003, 第 2 作者
（72） Discovery and structural modification of inhibitors of methionine aminopeptidases from Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae, J Med. Chem, 2003, 第 4 作者
（73） Studies on the apoptosis of retinal neurons following optic nerve injure in Zebrafish (Brachydanio rerio), J Lanzhou University , 2001, 第 1 作者
学术兼职
2020-01-01-今,Cell, 编委
2020-01-01-今,Cell Chemical Biology, 编委
2020-01-01-今,Cell Chemical Biology, 编委
2020-01-01-今,Trends Cell Biology, 编委
2018-01-01-今,Mobile DNA, 编委
2018-01-01-今,RNA Biology, 编委
2018-01-01-今,Transcription, 编委
2018-01-01-今,RNA, 编委
2017-07-01-2022-06-30,Journal of Biological Chemistry, 编委
2017-05-31-今,HGNC基因命名委员会, 委员
2016-08-01-今,Chinese Biological Investigators Society, 理事
2015-09-01-今,外籍评委, European Research Council Advanced Grant
2015-05-01-今,Trends in Genetics, 编委
2015-01-01-今,上海科技大学, 特聘教授
2014-06-01-今,Genome Biology, 编委
2011-04-01-今,康涅狄格大学健康中心客座教授, 客座教授
2011-01-01-今,Frontiers in Non-Coding RNA, 编委
京公网安备 11010802027423号