个人简介

个人简介 鱼亮，女，博士，西安电子科技大学计算机学院教授、博导。于2017年9月至2018年9在哈佛医学院访问一年。主持国家自然科学基金面上项目、青年基金项目各一项、陕西省自然科学基金项目一项；作为主要成员参与两项国家自然科学基金重点项目、一项国家自然基金重大研究计划项目。已发表相关学术论文19篇，其中第一作者已发表SCI12篇，EI4篇。论文主要发表于《Proteomics》、《InternationalJournalofBiologicalSciences》、《IEEE/ACMtransactionsoncomputationalbiologyandbioinformatics》、《ScientificReports》、《BMCSystemBiology》、《BMCmedicalgenomics》等国际期刊。 科学研究 国家重点研发计划“精准医学研究”专项“多维生命组学数据智能整合分析”课题课题三、多维生命组学数据智能整合分析No.2018YFC09104032018.07.01-2020.12.31骨干成员 国家自然基金面上项目 基于组织多层网络模型的药物重定位方法研究No.61672406 2017.01-2020.12承担药物-疾病相关性算法的研究项目负责人 国家青年科学基金项目： 基于蛋白质相互作用网络的疾病模块挖掘No.61202174 2013.1-2015.12承担疾病基因预测算法的研究项目负责人 陕西省自然科学基金项目 药物靶标预测及药物重新定位方法研究No.2016JQ6057 2016.1-2017.12承担药物重定位算法的研究项目负责人 国家自然基金重点项目 基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法No.61532014 2016.01-2020.12承担模式算法的研究主要参与人（项目负责人高琳） 国家自然基金重大研究计划项目： 复杂疾病恶化过程相关模式发现理论与方法研究No.911300062012.1-2014.12承担疾病模式算法的研究主要参与人（项目负责人高琳）75万 国家自然基金重点项目： 生物网络数据分析与挖掘中相关理论与关键技术No.60933009 2010.1-2013.12承担模块挖掘算法的研究主要参与人（项目负责人高琳） 高等学校博士学科点专项科研基金 基于图挖掘的蛋白质网络功能模块识别算法No.2008070100132009.1-2011.12主要参与人 中央高校基本科研业务费专项资金资助：蛋白质网络功能模式挖掘及应用研究No.K505100300062010.9-2012.9项目负责人 国家自然科学基金资助项目：生物分子网络数据分析中相关图问题及其算法研究No.605740392006.1-2008.12主要参与人 国家自然科学基金资助项目：协同学习模式下流数据的聚类与预测联合实现方法研究No.610721032011.1-2013.12主要参与人 荣誉获奖 2013年博士论文《蛋白质网络模块结构识别算法研究》分获陕西省、西安电子科技大学优秀博士学位论文； 分别获2015、2017年度本科教学优质教学质量二等奖； 科研团队 团队链接：http://web.xidian.edu.cn/lgao/team.html 课程教学 目前本人承担的教学任务： 主讲本科《离散数学I》、《离散数学II》、《数据仓库与数据挖掘》 主讲研究生《数据挖掘原理与应用》

研究领域

1．数据挖掘 2.网络医学 3．聚类 4．复杂疾病 5．计算生物信息学

目前主要的研究领域：生物信息学、数据挖掘和网络医学，具体包括功能模块挖掘、药物靶标预测、药物重定位等。

近期论文

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鱼亮，赵晋.基于组织特异性和直接邻居相似度方法预测疾病-药物关系.中国科学:信息科学;doi:10.1360/N112018-00324 LiangYu,ShunyuYao,LinGao,YunhongZha.Conserveddiseasemodulesextractedfrommultil[ant]ayerheterogeneousdiseaseandgenenetworksforunderstandingdiseasemechanismsandpredictingdiseasetreatments.FrontiersinGenetics.2019,9:745.doi:10.3389/fgene.2018.00745.IF=4.151 LiangYu,LinGao.Humanpathway-baseddiseasenetwork.IEEE/ACMTransactionsonComputationalBiologyandBioinformatics,Accepted.DOI:10.1109/TCBB.2017.2774802 LiangYu,JinZhao,LinGao.PredictingPotentialDrugsforBreastCancerbasedonmiRNAandTissueSpecificity.InternationalJournalofBiologicalSciences,2018;14(8):971–982.【SCIIF=4.057JCR=1】引用3次WOS:000433262600019 LiangYu,XiaokeMa,LongZhang,JingZhang,LinGao.Predictionofnewdrugindicationsbasedonclinicaldataandnetworkmodularity.ScientificReports,2016;6:32530.【SCIIF=5.228JCR=1】WOS:000384148700001引用6次 LiangYu,RuidanSu,BingboWang,LongZhang,YapengZou,JingZhang,LinGao.Predictionofnoveldrugsforhepatocellularcarcinomabasedonmulti-sourcerandomwalk.IEEE/ACMTransactionsonComputationalBiologyandBioinformatics,2017,14(4):966-977.DOI:10.1109/TCBB.2016.2550453.【SCIIF=1.44JCR=2】PubMedID:27076463WOS:000407464700018引用4次 LiangYu,BingboWang,XiakeMa,LinGao.Theextractionofdrug-diseasecorrelationsbasedonmoduledistanceinincompletehumaninteractome.BMCSystemBiology.2016,10(Suppl4):111.【SCIIF=2.213JCR=1】WOS:000392598000001引用6次 LiangYu,JianbinHuang,ZhixinMa,YapengZou,JingZhang,LinGao.Inferringdrug-diseaseassociationsbasedonknownproteincomplexes.BMCmedicalgenomics,2015,8:S2.【SCIIF=3.91JCR=2】WOS:000382997400003引用21次 LiangYu,JinZhao,LinGao.Drugrepositioningbasedontriangularlybalancedstructurefortissue-specificdiseasesinincompleteinteractome.ArtificialIntelligenceInMedicine,2017,77,53–63.http://dx.doi.org/doi:10.1016/j.artmed.2017.03.009【SCIIF=2.142JCR=2】WOS:000402943500006PubMedID:28545612引用4次 LiangYu,LinGao,andChuiliangKong.Identificationofcore-attachmentcomplexesbasedonmaximalfrequentpatternsinprotein-proteininteractionnetworks.Proteomics,2011,11(19):3826-3834.【SCIIF=4.814JCR=1】(cite:10)WOS:000296142100009 LiangYu,LinGao,andPenggangSun.AhybridclusteringalgorithmforidentifyingmodulesinProteinProteinInteractionnetworks.InternationalJournalofDataMiningandBioinformatics,2010,5(4):600-615.【SCIIF=0.933】(cite:16)WOS:000284336400008 LiangYu,LinGao,KuiLi.Adegree-distributionbasedhierarchicalagglomerativeclusteringalgorithmforproteincomplexesidentification.ComputationalBiologyandChemistry,2011,35(5):298-307.【SCIIF=1.412JCR=3】(cite:6)WOS:000296930400005 LiangYu,LinGao,andKuiLi.Amethodbasedonlocaldensityandrandomwalksforcomplexdetectioninproteininteractionnetworks.JournalofBioinformaticsandComputationalBiology,2010,8(Suppl.1):47-62.【SCIIF=0.991】(cite:8)WOS:000208165500005 鱼亮,高琳，孙鹏岗.蛋白质网络中复合体和功能模块预测算法研究.计算机学报,2011,34(7):1239-1251.【EI】(cite:3)[EI：20113214216524] LiangYu,LinGao.Identificationofcore-attachmentcomplexesbasedonminingmaximalfrequentpatternsinprotein-proteininteractionnetworks.2010IEEEInternationalConferenceonBioinformaticsandBiomedicineWorkshops(BIBMW2010),pp,29-34.Dec.18-21,2010,HongKong.(EI:20110913708808) LiangYu,LinGao.QuantitativeFunctionforCommunityStructureDetection.InternationalJournalofDataMining,ModellingandManagement,2010,4(2):351-368.(cite:5) LiangYu,LinGao.Anaverage-degreebasedmethodforproteincomplexesidentification.TheFourthInternationalConferenceonBioinformaticsandBiomedicalEngineering(iCBBE2010)Proceedings,pp.175-182,June18-20,Chengdu,China.(EI:20103613207605) XiaokeMa,LiangYu,PeizhuoWang,XiaofeiYang,DiscoveringDNAmethylationpatternsforlongnon-codingRNAsassociatedwithcancersubtypes.ComputationalBiologyandChemistry.2017,69:164-170.DOI:10.1016/j.compbiolchem.2017.03.014000407403300019 XiaokeMa,BingboWang,LiangYu.Semi-supervisedspectralalgorithmsforcommunitydetectionincomplexnetworksbasedonequivalenceofclusteringmethods.PhysicaA.2018,490:786-802.【SCIIF=2.48JCR=2】000415912900071