个人简介
个人简介
教育背景：
廖奇，宁波大学医学院副教授，2007年毕业于中山大学医学院，并免试推荐为同校病原生物学专业博士生，师从吴忠道教授。2008年-2011年在中科院计算技术研究所学习和研究生物信息学课题，师从赵屹研究员，2015年8月至2016年8月作为访问学者在哈佛大学丹娜法伯癌症研究中心进修，师从著名的生物信息学家刘小乐教授。
迄今为止以第一作者或通讯作者身份在国际著名SCI期刊NucleicAcidsRes(top期刊，IF=11.561)、Briefingsinbioinformatics(top期刊，IF=6.302)、Bioinformatics(top期刊，IF=5.481)、等发表通讯作者或第一作者论文17篇，合计引用410余次，其中单篇他引最高265次。主持国家自然科学基金、省自然科学基金、市自然科学基金。主讲卫生统计学、SAS、SPSS统计分析等中文课程以及医用统计学留学生全英文课程，参编教材4部，其中《PreventiveMedicine,MedicalStatisticsandEpidemiology》为全英文教材。
工作经历：
1.2018/01-至今，宁波大学医学院，预防医学系，副教授
2.2012/07-2017/12，宁波大学医学院，预防医学系，讲师
3.2015/08-2016/08，美国哈佛大学附属丹娜法伯癌症研究中心，访问学者，合作导师：刘小乐教授
目前从事的主要研究工作：
1.生物公共数据库挖掘及分析，如各类生物数据库如GEO、转录因子、非编码RNA的鉴定及功能注释等；
2.测序数据的处理及分析，如RNA-seq、外显子测序、ChIP-SEQ、CRISPRscreen、基因芯片数据的处理和分析；
3.基因调控网络的构建及分析，构建转录因子-靶基因关系、蛋白蛋白相互作用、lncRNA-靶基因关系等生物调控关系，构建生物调节网络，并对网络进行挖掘及分析；
4.机器学习方法应用，如疾病预测模型或分类器的构建及应用
目前承担的主要科研项目
项目名称
项目来源
项目编号
项目起止时间
基于全基因组CRISPR筛选数据构建泛癌必需lncRNA的预测模型并以大肠癌为例进行预测和调节网络研究
国家自然科学基金/面上项目
31970630
2020-01;2023-12
长非编码RNALINC00473在大肠癌中的功能研究及调控网络分析
宁波市自然科学基金
无
2017-12;2009-12
主持完成的主要科研项目
项目名称
项目来源
项目起止时间
项目编号
结题日期
大肠癌遗传和表观遗传数据库及预测统计模型的构建
浙江省统计局统计研究课题/青年项目
2015-06;2016-06
2016-12
基于表观遗传性质及调节网络对长非编码RNAs的功能注释
国家自然科学基金/青年项目
2014-01;2016-12
31301084
2016-12
大肠癌长非编码RNAs表观遗传调节网络的构建及系统分析
浙江省自然科学基金/青年项目
2013-01;2015-12
LQ13C060002
2015-12
出版著作和教材情况
著作名称
出版社名称
出版时间
本人排名
《HeatlthInformaticsDataAnalysis》
SpringerInternationalPublishing
2017-06
其他
《PreventiveMedicine,MedicalStatisticsandEpidemiology》
浙江大学出版社
2014-07
其他
《预防医学》
东南大学出版社
2014-06
其他
《医学寄生虫学》
中国医药科技出版社
2017-06
其他
《寄生虫学与寄生虫病简史》
国际炎黄文化出版社
2016-11
其他
近期论文
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代表性学术论文
题目
发表刊物名称
本人署名情况
发表时间
收录情况
Genome-wideidentificationoftheessentialprotein-codinggenesandlongnoncodingRNAsforhumanpan-cancer
Bioinformatics
通讯作者
2019-05
SCI二区
LongnoncodingRNA:acrosslinkinbiologicalregulatorynetwork
BriefingsinBioinformatics
通讯作者
2018-12
SCI一区
RegulatorynetworkanalysisofLINC00472,alongnoncodingRNAdownregulatedbyDNAhypermethylationincolorectalcancer
ClinicalGenetics
通讯作者
2018-08
SCI二区
TheregulatorynetworkanalysisoflongnoncodingRNAsinhumancolorectalcancer
Functional&IntegrativeGenomics
通讯作者
2018-08
SCI三区
Identificationandfunctionalannotationofmetabolism‐associatedlncRNAsandtheirrelatedprotein‐codinggenesingastriccancer
MolecularGenetics&GenomicMedicine
通讯作者
2018-05
SCI三区
学术兼职
学术兼职：
（1）浙江省预防医学会卫生统计学专业委员会委员
（2）浙江省预防医学会寄生虫专业委员会委员。
（3）浙江省生物信息学学会副秘书长
（4）浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员
（5）浙江省生物信息学学会精准医学专业委员会
京公网安备 11010802027423号