个人简介

工作经历 2014-至今中科院遗传发育所，研究员 2013-2014美国加州理工学院，MemberoftheProfessionalStaff（校级学术委员会批准） 2010-2013美国加州理工学院，SeniorResearchFellow(VotingFaculty)（校级学术委员会批准） 2004-2010美国加州理工学院，博士后 2003-2004中科院蛋白组分析中心，研究助理 学习经历 2003博士中科院生化细胞所 2000硕士复旦大学 1997学士安徽师范大学

研究领域

系统生物学； 发育生物学； 基因网络； 青鳉鱼； 斑马鱼。

研究领域是developmentalsystemsbiology.我们试图理解在复杂发育生物学系统里所有组分相互作用的宏大图景。更具体地说，我们的研究聚焦于控制发育、再生和疾病的基因调控网络(generegulatorynetworks,GRNs)。为什么要研究基因调控网络呢？因为单独一个基因无法控制一个生物学过程，不管它有多重要。要理解生物学调控机制不能只关注一个基因，而要关注所有相关基因；也不仅仅只是基因本身，更重要的是它们之间的相互因果逻辑关系。 我们采用整合了实验和计算的研究策略,包括基因组、表观组、单细胞分析、基因功能干扰和生物信息学等多种手段。对一个生物学过程，我们鉴定出所有相关基因，测量其在不同时空下的活性，干扰它们的功能，定量测量产生的变化，最后利用生物信息学将所有这些信息整合成知识。我们也开发对我们研究至关重要的新方法。目前，我们正试图阐明控制性别决定、分化以及生殖细胞发育的基因调控网络。 我们实验室采用的模式动物是斑马鱼和青鳉。斑马鱼(Daniorerio)是生命科学中最重要的模式动物之一。这些来自热带的小鱼容易养殖，发育早期身体透明，因此被广泛用于多个研究领域。青鳉(Oryziaslatipes)也是一种小型淡水鱼，产自东亚。我们在实验室附近的奥林匹克森林公园里就发现过这种小鱼。和斑马鱼相比，青鳉具有很多独特的遗传和生理性质。青鳉生活在小溪和稻田里，可以忍受非常广的温度(4-40℃)和盐度。特别重要的是，青鳉具有性染色体，其性别决定机制正在被深入研究。青鳉正在成为另一个重要的脊椎动物模型，被用于遗传学、发育生物学、生物医学和环境科学等多个领域。

近期论文

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Work2014-(IGDB,CAS) LiY*,YangH,ZhangH,LiuY,ShangH,ZhaoH,ZhangT,TuQ#.2020.Decode-seq:apracticalapproachtoimprovedifferentialgeneexpressionanalysis.GenomeBiol21:66.[DOI] Work2004-2014(Caltech) BarsiJC*,TuQ*,CalestaniC,DavidsonEH.2015.Genome-wideassessmentofdifferentialeffectorgeneuseinembryogenesis.Development142:3892–3901.[PDF|Website] BarsiJC*,TuQ*,DavidsonEH.2014.Generalapproachforinvivorecoveryofcelltype-specificeffectorgenesets.GenomeRes24:860–868.[PDF|Website] TuQ,CameronRA,DavidsonEH.2014.QuantitativedevelopmentaltranscriptomesoftheseaurchinStrongylocentrotuspurpuratus.DevBiol385:160-167.[PDF|Website] TuQ,CameronRA,WorleyKC,GibbsRA,DavidsonEH.2012.GenestructureintheseaurchinStrongylocentrotuspurpuratusbasedontranscriptomeanalysis.GenomeRes22:2079–2087.[PDF|Website] OliveriP*,TuQ*,DavidsonEH.2008.Globalregulatorylogicforspecificationofanembryoniccelllineage.ProcNatlAcadSciUSA105:5955-5962.[PDF|PNASFeatureArticle|PNASComment|F1000Comment] TuQ,BrownCT,DavidsonEH,OliveriP.2006.SeaurchinForkheadgenefamily:Phylogenyandembryonicexpression.DevBiol300:49-62.[PDF] Howard-AshbyM,MaternaSC,BrownCT,TuQ,OliveriP,CameronRA,DavidsonEH.2006.Highregulatorygeneuseinseaurchinembryogenesis:Implicationsforbilateriandevelopmentandevolution.DevBiol300:27-34. SamantaMP,TongprasitW,IstrailS,CameronRA,TuQ,DavidsonEH,StolcV.2006.Thetranscriptomeoftheseaurchinembryo.Science314:960-962. Work1997-2004(SIBS,CAS/Fudan/AHNU) TuQ,TangH,DingD.2004.MedBlast:searchingarticlesrelatedtoabiologicalsequence.Bioinformatics20:75-77. TuQ,DingD.2003.Detectingpathogenicityislandsandanomalousgeneclustersbyiterativediscriminantanalysis.FEMSMicrobiolLett221:269-275. TuQ,YuL,ZhangP,ZhangM,ZhangH,JiangJ,ChenC,ZhaoS.2000.Cloning,characterizationandmappingofthehumanATP5Egene,identificationofpseudogeneATP5EP1,anddefinitionoftheATP5Emotif.BiochemJ347:17-21. ZhengL,YuL,TuQ,ZhangM,HeH,ChenW,GaoJ,YuJ,WuQ,ZhaoS.2000.CloningandmappingofhumanPKIBandPKIG,andcomparisonoftissueexpressionpatternsofthreemembersoftheproteinkinaseinhibitorfamily,includingPKIA.BiochemJ349:403-407. LangT,YuL,TuQ,JiangJ,ChenZ,XinY,LiuG,ZhaoS.2000.Molecularcloning,genomicorganization,andmappingofPRKAG2,aheartabundantgamma2subunitof5'-AMP-activatedproteinkinase,tohumanchromosome7q36.Genomics70:258-263. 屠强.1997.植物分类学工具软件(PTT)的设计.安徽师大学报(自然科学版)20:189-193.