个人简介

学习经历： 1995年9月-1999年7月清华大学自动化系学士 1999年9月-2005年12月清华大学生物信息学博士 工作经历： 2006年-2008年美国伊利诺伊大学香槟分校生物工程系博士后 2009年至今中国科学院北京基因组研究所研究员

研究领域

研究组目前的研究侧重点是发展和利用单细胞基因组分析技术，绘制体细胞的基因组变异图谱，解析正常细胞之间以及正常体细胞到肿瘤细胞演化过程中的遗传变异积累；将计算生物学与基因组学相结合，来研究与肿瘤基因组和干细胞基因组相关的一系列生物学问题

承担科研项目情况： 1.国家自然科学基金委员会面上项目，HeLa细胞中非整倍体基因组结构与肿瘤细胞适应性关系的研究，2012.01-2015.12，在研，课题负责人; 2.国家重点基础研究发展计划项目，基于新一代测序的生物信息学理论与方法,2012.01-2016.12，在研，主要学术骨干。

近期论文

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1.GaoS*,ZhengC*,ChangG*,LiuW,KouX,TanK,TaoL,XuK,WangH,CaiJ§,TianJH§,GaoS§.Uniquefeaturesofmutationsrevealedbysequentiallyreprogrammedinducedpluripotentstemcells.NatureCommunications.2015Feb18;6:6318. 2.CaiJ,MiaoX,LiY,CorySmith,KitmanTsang,ChengL,WangQ,Whole-GenomeSequencingIdentifiesGeneticVariancesinCulture-ExpandedHumanMesenchymalStemCells,Stemcellreports,3(2),2014. 3.YinS*,YangJ*,LinB*,DengW*,ZhangY,YiX,ShiY,TaoY,CaiJ,WuCI,ZhaoG,HurstL,ZhangJ,HuL§andKongX§,ExomesequencingidentifiesfrequentmutationofMLL2innon-smallcelllungcarcinomafromChinesepatients,ScientificReports,4,6036,2014. 4.LanJiang,JingZhang,Jing-JingWang,LuWang,LiZhang,GuoqiangLi,XiaodanYang,XinMa,XinSun,JunCai,JunZhang,XingxuHuang,MiaoYu,XuegengWang,FengLiu,Chung-IWu,ChuanHe,BoZhang,WeiminCi,JiangLiu.Sperm,butnotoocyte,DNAmethylomeisinheritedbyzebrafishearlyembryos,Cell,2013,153,773-84. 5.ZhengC,MiaoX,LiY,HuangY,RuanJ,MaX,WangL,WuCI§,CaiJ§.Determinationofgenomiccopynumberalterationemphasizingarestrictionsite-basedstrategyofgenomere-sequencing.Bioinformatics.2013Nov15;29(22):2813-21. 6.QiangGong,Yongtao,Jian-rongYang,JunCai,YunfeiYuan,etal.,Identificationofmedium-sizedgenomicdeletionswithlowcoverage,mate-pairedrestrictedtags,BMCGenomics,doi:10.1186/1471-2164-14-52,2013. 7.TaoY*,RuanJ*,YehSH*,LuX*,WangY*,ZhaiW*,CaiJ*,LingS,GongQ,ChongZ,QuZ,LiQ,LiuJ,YangJ,ZhengC,ZengC,WangHY,ZhangJ,WangSH,HaoL,DongL,LiW,SunM,ZouW,YuC,LiC,LiuG,JiangL,XuJ,HuangH,LiC,MiS,ZhangB,ChenB,ZhaoW,HuS,ZhuangSM,ShenY,ShiS,BrownC,WhiteKP,ChenDS§,ChenPJ§,WuCI§.Rapidgrowthofahepatocellularcarcinomaandthedrivingmutationsrevealedbyacell-populationgeneticanalysisofwhole-genomedata.ProcNatlAcadSciUSA.2011Jul19;108(29):12042-7. 8.WangL*,WuX*,ZhangW,ZhuD,WangY,LiY,TianY,LiR,LiZ,ZhuX,LiJ,CaiJ,LiuL,MiaoX§,LiuY§andLiH§,EvaluationofGeneticSusceptibilityLociforChronicHepatitisBinChinese:TwoIndependentCase-ControlStudies,PLoSOne,6(3),e17608,2011. 9.JunCai,DanXie,ZhewenFan,JohnMarden,WingH.Wong,ShengZhong.Modelingco-expressionacrossspeciesforcomplextraits:insightstothedifferenceofhumanandmouseembryonicstemcells.PLoSComputationalBiology,6(3),doi:10.1371/journal.pcbi.1000707,2010. 10.DanXie,JunCai,Na-YuChia,HuckH.NgandShengZhong.Cross-speciesdenovoidentificationofcis-regulatorymoduleswithGibbsModule:applicationtogeneregulationinembryonicstemcells.GenomeResearch,18:1325-1335,2008. 11.JianmingJiang,Yun-ShenChan*,Yuin-HanLoh*,JunCai*,Guo-QingTong,Ching-AengLim,PaulRobson,ShengZhongandHuck-HuiNg.AcoreKlfcircuitryregulatesself-renewalofembryonicstemcells.NatureCellBiology.10:353-360,2008.(*contributeequally)