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Building an octaploid genome and transcriptome of the medicinal plant Pogostemon cablin from Lamiales.
Scientific Data ( IF 5.8 ) Pub Date : 2018-Dec-11 , DOI: 10.1038/sdata.2018.274 Yang He 1 , Fu Peng 2 , Cao Deng 3 , Liang Xiong 1 , Zi-Yan Huang 3 , Ruo-Qi Zhang 1 , Meng-Jia Liu 3 , Cheng Peng 1
Scientific Data ( IF 5.8 ) Pub Date : 2018-Dec-11 , DOI: 10.1038/sdata.2018.274 Yang He 1 , Fu Peng 2 , Cao Deng 3 , Liang Xiong 1 , Zi-Yan Huang 3 , Ruo-Qi Zhang 1 , Meng-Jia Liu 3 , Cheng Peng 1
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The Lamiales order presents highly varied genome sizes and highly specialized life strategies. Patchouli, Pogostemon cablin (Blanco) Benth. from the Lamiales, has been widely cultivated in tropical and subtropical areas of Asia owing to high demand for its essential oil. Here, we generated ~681 Gb genomic sequences (~355X coverage) for the patchouli, and the assembled genome is ~1.91 Gb and with 110,850 predicted protein-coding genes. Analyses showed clear evidence of whole-genome octuplication (WGO) since the pan-eudicots γ triplication, which is a recent and exclusive polyploidization event and occurred at ~6.31 million years ago. Analyses of TPS gene family showed the expansion of type-a, which is responsible for the synthesis of sesquiterpenes and maybe highly specialization in patchouli. Our datasets provide valuable resources for plant genome evolution, and for identifying of genes related to secondary metabolites and their gene expression regulation.
中文翻译：
构建来自 Lamiales 的药用植物 Pogostemon cablin 的八倍体基因组和转录组。
Lamiales 目呈现了高度多样化的基因组大小和高度专业化的生活策略。广藿香，Pogostemon cablin （Blanco） Benth。由于对其精油的高需求，已在亚洲的热带和亚热带地区广泛种植。在这里，我们为广藿香生成了 ~681 Gb 基因组序列（~355 倍覆盖率），组装的基因组为 ~1.91 Gb，具有 110,850 个预测的蛋白质编码基因。分析显示，自泛双子叶植物γ三倍以来，全基因组八倍体 （WGO） 的明确证据，这是一个最近的独家多倍体化事件，发生在 ~631 万年前。对 TPS 基因家族的分析显示 a 型的扩增，a 型负责倍半萜烯的合成，并且可能在广藿香中高度专业化。我们的数据集为植物基因组进化以及鉴定与次生代谢物及其基因表达调控相关的基因提供了宝贵的资源。
更新日期：2019-01-26
中文翻译：
构建来自 Lamiales 的药用植物 Pogostemon cablin 的八倍体基因组和转录组。
Lamiales 目呈现了高度多样化的基因组大小和高度专业化的生活策略。广藿香，Pogostemon cablin （Blanco） Benth。由于对其精油的高需求，已在亚洲的热带和亚热带地区广泛种植。在这里，我们为广藿香生成了 ~681 Gb 基因组序列（~355 倍覆盖率），组装的基因组为 ~1.91 Gb，具有 110,850 个预测的蛋白质编码基因。分析显示，自泛双子叶植物γ三倍以来，全基因组八倍体 （WGO） 的明确证据，这是一个最近的独家多倍体化事件，发生在 ~631 万年前。对 TPS 基因家族的分析显示 a 型的扩增，a 型负责倍半萜烯的合成，并且可能在广藿香中高度专业化。我们的数据集为植物基因组进化以及鉴定与次生代谢物及其基因表达调控相关的基因提供了宝贵的资源。
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