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重新审视植物 RING E3 泛素连接酶库:计算基因家族和单基因的新组
PLOS ONE ( IF 2.9 ) Pub Date : 2018-08-31 , DOI: 10.1371/journal.pone.0203442 Domingo Jiménez-López 1, 2 , Francisco Muñóz-Belman 1 , Juan Manuel González-Prieto 2 , Victor Aguilar-Hernández 3 , Plinio Guzmán 1
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更新日期:2018-09-01
PLOS ONE ( IF 2.9 ) Pub Date : 2018-08-31 , DOI: 10.1371/journal.pone.0203442 Domingo Jiménez-López 1, 2 , Francisco Muñóz-Belman 1 , Juan Manuel González-Prieto 2 , Victor Aguilar-Hernández 3 , Plinio Guzmán 1
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泛素蛋白酶体系统 (UPS) 的 E3 泛素连接酶介导底物识别并随后转移泛素 (Ub)。它们是系统中扩展最多的组件。真正有趣的新基因 (RING) 结构域包含 40-60 个残基,这些残基在 E3 泛素连接酶中具有高度代表性。具有RING 指的拟南芥E3泛素连接酶主要包含 RING-HC 或 RING-H2 型结构域或较少见的 RING-v、RING-C2、RING-D、RING-S/T 和 RING-G 型结构域。我们之前对具有 RING-H2 型结构域的三个 E3 泛素连接酶家族(ATL、BTL 和 CTL)的研究表明,基于 RING 结构域的系统发育分布允许创建已知结构域或未知保守基序的目录。这项工作为 RING E3 泛素连接酶的特定家族提供了有用且全面的观点。我们更新了A的注释。拟南芥RING 蛋白并调查了真核生物 30 个物种的 RING 蛋白。基于A的域架构配置文件。在拟南芥蛋白中,我们将 4711 个环指蛋白分为 107 个组,其中包括 66 个先前描述的基因家族或单个基因以及 36 个新家族或未描述的基因。44 组特定于植物谱系,而 41 组由所有真核物种中发现的蛋白质组成。我们目前的研究更新了植物环指蛋白的当前分类,并重申了这些蛋白在植物生长和适应中的重要性。
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