Topo MS：分子和凝聚态系统的综合拓扑探索,Journal of Computational Chemistry

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Topo MS：分子和凝聚态系统的综合拓扑探索
Journal of Computational Chemistry ( IF 3.4 ) Pub Date : 2018-03-23 , DOI: 10.1002/jcc.25181
Harsh Bhatia ₁ , Attila G. Gyulassy ₂ , Vincenzo Lordi ₃ , John E. Pask ₄ , Valerio Pascucci ₂ , Peer-Timo Bremer _{1,

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我们介绍了 TopoMS，这是一种计算工具，可以对分子和凝聚态系统进行详细的拓扑分析，包括通过分子中原子的量子理论计算原子体积和电荷，以及完整的分子图。源于计算拓扑技术，并使用共享内存并行方法，TopoMS 提供了可扩展、数值稳健和拓扑一致的分析。TopoMS 可以用作命令行工具或与 GUI（图形用户界面）一起使用，后者还可以对分子图进行交互式探索。本文介绍了 TopoMS 的算法细节，并将其与最先进的工具进行了比较：Bader 电荷分析 v1.0（Arnaldsson 等人，01/11/17）和使用 Critic2 的分子图提取（Otero-de-la ‐Roza 等人，计算机物理。社区。2014、185、1007）。TopoMS 不仅结合了这些单独代码的功能，而且在标准笔记本电脑上展示了高达 4 倍的性能增益、更快地收敛到精细网格解决方案、对格偏差的鲁棒性和拓扑一致性。TopoMS 在 BSD 许可下公开发布。© 2018 Wiley Periodicals, Inc.

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更新日期：2018-03-23

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