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Development of the transcriptome for a sediment ecotoxicological model species, Chironomus dilutus.
Chemosphere ( IF 8.1 ) Pub Date : 2019-12-04 , DOI: 10.1016/j.chemosphere.2019.125541 Lijuan Zhang 1 , Jianghua Yang 1 , Huizhen Li 2 , Jing You 2 , Nivedita Chatterjee 1 , Xiaowei Zhang 1
Chemosphere ( IF 8.1 ) Pub Date : 2019-12-04 , DOI: 10.1016/j.chemosphere.2019.125541 Lijuan Zhang 1 , Jianghua Yang 1 , Huizhen Li 2 , Jing You 2 , Nivedita Chatterjee 1 , Xiaowei Zhang 1
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Chironomus dilutus is a prominent model species in conventional sediment toxicity testing and sediment contamination diagnosis. However, lack of genomic data significantly limited its application in identifying toxicological mode of action (MOA) and molecular biomarkers of toxicants. Here the transcriptome of C. dilutus in full life span and both sexes (1st, 2nd, 3rd and 4th instar larvae, pupae, and adults) were developed and temporal gene expression across adjacent life stages were investigated to understand the regulation of development. Furthermore, transcriptional response of Midges (the 4th instar larvae) exposed to chemicals of different MOAs (CdCl2, nonylphenol and triclosan) were profiled based on the reference transcriptome. Consequently, a complete transcriptome of 31132 unigenes with N50 of 3117bp, covering 98.8% of the arthropod single-copy orthologs were assembled. While 364 genes were differentially expressed among adjacent larval stages, 7142 and 2127 of transcripts were significantly changed for the transition of larvae-pupae and pupae-adults, respectively. Finally, chemical-specific gene expression profile were identified in the midges, showed its potential in classifying distinct contaminants. Overall, the comprehensive transcriptome of C. dilutus developed here could not only facilitate the mechanistic understanding of environmental toxicants during critical life stage of aquatic insects, but also provide molecular diagnostic tools in sediment ecotoxicology.
中文翻译：
沉积物生态毒理学模型物种Chironomus dilutus转录组的开发。
Dironus Chironomus是常规沉积物毒性测试和沉积物污染诊断中的杰出模型物种。但是，缺乏基因组数据极大地限制了其在鉴定毒理学作用方式（MOA）和毒物分子生物标志物方面的应用。在这里，在整个寿命中以及两个性别（第一龄，第二龄，第三龄和第四龄幼虫，）和成虫）的双歧杆菌的转录组被开发出来，并研究了相邻生命阶段的时间基因表达，以了解发育的规律。此外，根据参考转录组分析了暴露于不同MOA（CdCl2，壬基酚和三氯生）化学物质的Midges（四龄幼虫）的转录反应。因此，一个完整的转录组为31132个单基因，N50为3117bp，覆盖98个。8％的节肢动物单拷贝直系同源物被组装。虽然在邻近的幼虫阶段之间有364个基因差异表达，但幼虫-p和成虫的过渡分别显着改变了7142和2127的转录物。最后，在the中鉴定出了化学特异的基因表达谱，显示了其对不同污染物进行分类的潜力。总的来说，这里开发的C. dilutus的全面转录组不仅可以促进对水生昆虫关键生命阶段环境毒物的机械理解，而且可以为沉积物生态毒理学提供分子诊断工具。幼虫-和成虫的过渡分别显着改变了7142和2127的转录本。最后，在the中鉴定出了化学特异的基因表达谱，显示了其对不同污染物进行分类的潜力。总的来说，这里开发的C. dilutus的全面转录组不仅可以促进对水生昆虫关键生命阶段环境毒物的机械理解，而且可以为沉积物生态毒理学提供分子诊断工具。幼虫-和成虫的过渡分别显着改变了7142和2127的转录本。最后，在蚊子中鉴定出化学特异的基因表达谱，显示了其在分类不同污染物中的潜力。总体而言，本文开发的C. dilutus全面转录组不仅可以促进对水生昆虫关键生命阶段环境毒物的机械理解，而且可以为沉积物生态毒理学提供分子诊断工具。
更新日期：2019-12-04
中文翻译：
沉积物生态毒理学模型物种Chironomus dilutus转录组的开发。
Dironus Chironomus是常规沉积物毒性测试和沉积物污染诊断中的杰出模型物种。但是，缺乏基因组数据极大地限制了其在鉴定毒理学作用方式（MOA）和毒物分子生物标志物方面的应用。在这里，在整个寿命中以及两个性别（第一龄，第二龄，第三龄和第四龄幼虫，）和成虫）的双歧杆菌的转录组被开发出来，并研究了相邻生命阶段的时间基因表达，以了解发育的规律。此外，根据参考转录组分析了暴露于不同MOA（CdCl2，壬基酚和三氯生）化学物质的Midges（四龄幼虫）的转录反应。因此，一个完整的转录组为31132个单基因，N50为3117bp，覆盖98个。8％的节肢动物单拷贝直系同源物被组装。虽然在邻近的幼虫阶段之间有364个基因差异表达，但幼虫-p和成虫的过渡分别显着改变了7142和2127的转录物。最后，在the中鉴定出了化学特异的基因表达谱，显示了其对不同污染物进行分类的潜力。总的来说，这里开发的C. dilutus的全面转录组不仅可以促进对水生昆虫关键生命阶段环境毒物的机械理解，而且可以为沉积物生态毒理学提供分子诊断工具。幼虫-和成虫的过渡分别显着改变了7142和2127的转录本。最后，在the中鉴定出了化学特异的基因表达谱，显示了其对不同污染物进行分类的潜力。总的来说，这里开发的C. dilutus的全面转录组不仅可以促进对水生昆虫关键生命阶段环境毒物的机械理解，而且可以为沉积物生态毒理学提供分子诊断工具。幼虫-和成虫的过渡分别显着改变了7142和2127的转录本。最后，在蚊子中鉴定出化学特异的基因表达谱，显示了其在分类不同污染物中的潜力。总体而言，本文开发的C. dilutus全面转录组不仅可以促进对水生昆虫关键生命阶段环境毒物的机械理解，而且可以为沉积物生态毒理学提供分子诊断工具。
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