Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
Evolutionary patterns of chimeric retrogenes in Oryza species.
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-11-27 , DOI: 10.1038/s41598-019-54085-2 Yanli Zhou 1 , Chengjun Zhang 1, 2
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-11-27 , DOI: 10.1038/s41598-019-54085-2 Yanli Zhou 1 , Chengjun Zhang 1, 2
Affiliation
|
Chimeric retroposition is a process by which RNA is reverse transcribed and the resulting cDNA is integrated into the genome along with flanking sequences. This process plays essential roles and drives genome evolution. Although the origination rates of chimeric retrogenes are high in plant genomes, the evolutionary patterns of the retrogenes and their parental genes are relatively uncharacterised in the rice genome. In this study, we evaluated the substitution ratio of 24 retrogenes and their parental genes to clarify their evolutionary patterns. The results indicated that seven gene pairs were under positive selection. Additionally, soon after new chimeric retrogenes were formed, they rapidly evolved. However, an unexpected pattern was also revealed. Specifically, after an undefined period following the formation of new chimeric retrogenes, the parental genes, rather than the new chimeric retrogenes, rapidly evolved under positive selection. We also observed that one retro chimeric gene (RCG3) was highly expressed in infected calli, whereas its parental gene was not. Finally, a comparison of our Ka/Ks analysis with that of other species indicated that the proportion of genes under positive selection is greater for chimeric retrogenes than for non-chimeric retrogenes in the rice genome.
中文翻译：
水稻杂种嵌合逆基因的进化模式。
嵌合逆转录是RNA逆转录并将所得cDNA与侧翼序列一起整合到基因组中的过程。这个过程起着至关重要的作用，并驱动基因组进化。尽管嵌合逆转录基因在植物基因组中的起源率很高，但是逆转录基因及其亲本基因的进化模式在水稻基因组中相对较不特征。在这项研究中，我们评估了24个逆转录基因及其亲本基因的取代率，以阐明它们的进化模式。结果表明7个基因对处于正选择状态。此外，新的嵌合逆转录酶形成后不久，它们便迅速进化。但是，也发现了意外的模式。具体来说，在新的嵌合逆转录酶形成后的一段不确定的时期之后，亲本基因，而不是新的嵌合逆转录基因，在正选择下迅速进化。我们还观察到一个逆转录嵌合基因（RCG3）在受感染的愈伤组织中高表达，而其亲本基因则没有。最后，将我们的Ka / Ks分析与其他物种的Ka / Ks分析进行比较，结果表明，水稻基因组中嵌合逆转录基因正选择基因的比例高于非嵌合逆基因。
更新日期：2019-11-28
中文翻译：
水稻杂种嵌合逆基因的进化模式。
嵌合逆转录是RNA逆转录并将所得cDNA与侧翼序列一起整合到基因组中的过程。这个过程起着至关重要的作用，并驱动基因组进化。尽管嵌合逆转录基因在植物基因组中的起源率很高，但是逆转录基因及其亲本基因的进化模式在水稻基因组中相对较不特征。在这项研究中，我们评估了24个逆转录基因及其亲本基因的取代率，以阐明它们的进化模式。结果表明7个基因对处于正选择状态。此外，新的嵌合逆转录酶形成后不久，它们便迅速进化。但是，也发现了意外的模式。具体来说，在新的嵌合逆转录酶形成后的一段不确定的时期之后，亲本基因，而不是新的嵌合逆转录基因，在正选择下迅速进化。我们还观察到一个逆转录嵌合基因（RCG3）在受感染的愈伤组织中高表达，而其亲本基因则没有。最后，将我们的Ka / Ks分析与其他物种的Ka / Ks分析进行比较，结果表明，水稻基因组中嵌合逆转录基因正选择基因的比例高于非嵌合逆基因。
京公网安备 11010802027423号