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一种新的叶绿体DNA提取协议显着提高了谷子（Setaria italica（L.）P. Beauv。）的叶绿体基因组序列质量。
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-11-07 , DOI: 10.1038/s41598-019-52786-2 Dan Liu 1 , Yanjiao Cui 2 , Suying Li 2 , Guihua Bai 3 , Qiang Li 2 , Zilong Zhao 2 , Dan Liang 1 , Conglei Wang 1 , Jianhe Wang 1 , Xiaowei Shi 1 , Chao Chen 2 , Gang Feng 1 , Zhengli Liu 2
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-11-07 , DOI: 10.1038/s41598-019-52786-2 Dan Liu 1 , Yanjiao Cui 2 , Suying Li 2 , Guihua Bai 3 , Qiang Li 2 , Zilong Zhao 2 , Dan Liang 1 , Conglei Wang 1 , Jianhe Wang 1 , Xiaowei Shi 1 , Chao Chen 2 , Gang Feng 1 , Zhengli Liu 2
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谷子（Setaria italica（L.）P. Beauv。）的叶片组成的复杂性使得难以获得高纯度的cpDNA。在这里，我们开发了一种协议，可以从谷子和其他农作物中分离出高质量的cpDNA。新协议通过酶消化细小叶条来取代原组织的研磨和均质化，从而将原生质体与叶片组织分离，并保护叶绿体免受过度研磨和均质化的损害以及细胞碎片和核DNA的污染。使用新的协议，我们成功地从四个谷子品种中分离出高质量的cpDNA，用于全基因组测序，比较分析表明它们比参考基因组长约27‰。此外，还有其他四个具有窄而薄叶片的物种的六个cpDNA，我们的新方案还分离了小麦（Triticum aestivum L.），玉米（Zea may L.），水稻（Oryza sativa L.）和高粱（Sorghum bicolor（L.）Moench），它们都表现出较高的序列。它们对应的参考基因组的身份。基于我们在此处测序的叶绿体基因组构建了最大似然树，其结果与以前的报道相符，证实了这些cpDNA序列可用于得到良好支持的系统发育分析，并可以为将来的研究提供有价值的资源。
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更新日期：2019-11-07
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