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芸苔疟原虫核和线粒体基因组的结构。
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-10-31 , DOI: 10.1038/s41598-019-52274-7
Suzana Stjelja 1 , Johan Fogelqvist 1 , Christian Tellgren-Roth 2 , Christina Dixelius 1
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-10-31 , DOI: 10.1038/s41598-019-52274-7
Suzana Stjelja 1 , Johan Fogelqvist 1 , Christian Tellgren-Roth 2 , Christina Dixelius 1
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芸苔疟原虫是一种土壤传播的病原体,它攻击十字花科植物的根部,导致根肿病。病原菌属于Phytomyxea中的Plasmodiophorida目。在这里,我们使用长读长 SMRT 技术来阐明 P. brasicae e3 基因组成分以及比较和系统发育分析。产生了代表核基因组的 20 个重叠群和一个线粒体 (mt) 重叠群,共包含 25.1 Mbp。20 个核重叠群中的 13 个代表以 [TTTTAGGG] 序列为特征的从端粒到端粒的染色体。鉴定了七个编码联会复合体相关和减数分裂相关蛋白质同源物的活性基因候选者,这一发现证明了可能的基因重组事件。圆形 mt 基因组很大(114,663 bp),基因密集且内含子丰富。它与 Spongospora subterranea 的 mt 基因组具有高度的同线性,除了在一个独特的 12 kb 区域中,该区域由 GC 含量的变化界定,并包含具有部分回文序列的串联小卫星和微卫星重复序列。从头注释确定了 32 个蛋白质编码基因、28 个结构 RNA 基因和 19 个 ORF。在重复丰富区域预测的 ORF 显示出与多种生物体的相似性,表明可能存在进化联系。此处生成的数据为下一步的功能分析提供了一个完善的平台,所有这些都是为了阐明 P. brasicae 的复杂生物学。从头注释确定了 32 个蛋白质编码基因、28 个结构 RNA 基因和 19 个 ORF。在重复丰富区域预测的 ORF 显示出与多种生物体的相似性,表明可能存在进化联系。此处生成的数据为下一步的功能分析提供了一个完善的平台,所有这些都是为了阐明 P. brasicae 的复杂生物学。从头注释确定了 32 个蛋白质编码基因、28 个结构 RNA 基因和 19 个 ORF。在重复丰富区域预测的 ORF 显示出与多种生物体的相似性,表明可能存在进化联系。此处生成的数据为下一步的功能分析提供了一个完善的平台,所有这些都是为了阐明 P. brasicae 的复杂生物学。
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更新日期:2019-11-01
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