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生物可塑性挽救了 CRISPR 敲除中的目标活性。
Nature Methods ( IF 36.1 ) Pub Date : 2019-10-28 , DOI: 10.1038/s41592-019-0614-5
Arne H Smits 1 , Frederik Ziebell 1 , Gerard Joberty 2 , Nico Zinn 2 , William F Mueller 1 , Sandra Clauder-Münster 1 , Dirk Eberhard 2 , Maria Fälth Savitski 2 , Paola Grandi 2 , Petra Jakob 1 , Anne-Marie Michon 2 , Hanice Sun 3 , Karen Tessmer 1 , Tilmann Bürckstümmer 4 , Marcus Bantscheff 2 , Lars M Steinmetz 1, 3 , Gerard Drewes 2 , Wolfgang Huber 1
Nature Methods ( IF 36.1 ) Pub Date : 2019-10-28 , DOI: 10.1038/s41592-019-0614-5
Arne H Smits 1 , Frederik Ziebell 1 , Gerard Joberty 2 , Nico Zinn 2 , William F Mueller 1 , Sandra Clauder-Münster 1 , Dirk Eberhard 2 , Maria Fälth Savitski 2 , Paola Grandi 2 , Petra Jakob 1 , Anne-Marie Michon 2 , Hanice Sun 3 , Karen Tessmer 1 , Tilmann Bürckstümmer 4 , Marcus Bantscheff 2 , Lars M Steinmetz 1, 3 , Gerard Drewes 2 , Wolfgang Huber 1
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基因敲除 (KO) 通过 CRISPR-Cas9 诱导的移码突变进行有效设计。虽然 DNA 编辑的效率很容易通过 DNA 测序验证，但一直缺乏对蛋白质消除效率的系统理解。在这里，我们设计了一种结合 RNA 测序和三级质谱的实验策略，以表征 193 个经过基因验证的缺失，这些缺失针对 CRISPR 诱导的 HAP1 细胞中的移码产生的 136 个不同基因。我们观察到约三分之一的量化目标的残留蛋白质表达，从低到原始的不同水平，并确定了两种因果机制，翻译重新启动导致 N 末端截短的目标蛋白或跳过编辑的外显子导致具有内部的蛋白质亚型序列缺失。对三个截断目标 BRD4、DNMT1 和 NGLY1 的详细分析揭示了蛋白质功能的部分保留。我们的结果表明，CRISPR-Cas9 生成的 KO 系中残留蛋白质表达或功能的系统表征对于表型解释是必要的。
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更新日期：2019-10-28
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