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拟青青蟹单分子长读长测序。
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-08-27 , DOI: 10.1038/s41598-019-48824-8 Haifu Wan 1 , Xiwei Jia 1 , Pengfei Zou 1 , Ziping Zhang 2 , Yilei Wang 1
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拟青蟹是重要的养殖蟹类，具有巨大的经济和营养价值。据我们所知，可用的全长螃蟹转录组很少。本研究构建了由鳃、肝胰腺、肌肉、脑神经节、眼柄、胸神经节、肠、心脏、睾丸、卵巢、精子库和血细胞等12种不同组织组成的文库，并使用Pacific Biosciences单分子真实测序技术进行测序。 -time（SMRT）长读长测序技术。共获得284803个全长非嵌合reads，其中经过纠错、序列聚类和冗余后得到79005个高质量的独特转录本。此外，还根据蛋白质数据库（NCBI 非冗余、Swiss-Prot、KOG 和 KEGG 数据库）对总共 52544 个转录本进行了注释。总共鉴定出 23644 个长非编码 RNA (lncRNA) 和 131561 个简单序列重复 (SSR)。同时，本研究还鉴定了许多基因的亚型。我们的研究提供了一套丰富的S. paramamosain全长cDNA序列，这将极大地促进S. paramamosain的研究。
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