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A clinical guide to hereditary cancer panel testing: evaluation of gene-specific cancer associations and sensitivity of genetic testing criteria in a cohort of 165,000 high-risk patients.
Genetics in Medicine ( IF 6.6 ) Pub Date : 2019-08-13 , DOI: 10.1038/s41436-019-0633-8
Holly LaDuca 1 , Eric C Polley 2 , Amal Yussuf 1 , Lily Hoang 1 , Stephanie Gutierrez 1 , Steven N Hart 2 , Siddhartha Yadav 3 , Chunling Hu 4 , Jie Na 2 , David E Goldgar 5 , Kelly Fulk 1 , Laura Panos Smith 1 , Carolyn Horton 1 , Jessica Profato 1 , Tina Pesaran 1 , Chia-Ling Gau 1 , Melissa Pronold 1 , Brigette Tippin Davis 1 , Elizabeth C Chao 1, 6 , Fergus J Couch 2, 4 , Jill S Dolinsky 1
Genetics in Medicine ( IF 6.6 ) Pub Date : 2019-08-13 , DOI: 10.1038/s41436-019-0633-8
Holly LaDuca 1 , Eric C Polley 2 , Amal Yussuf 1 , Lily Hoang 1 , Stephanie Gutierrez 1 , Steven N Hart 2 , Siddhartha Yadav 3 , Chunling Hu 4 , Jie Na 2 , David E Goldgar 5 , Kelly Fulk 1 , Laura Panos Smith 1 , Carolyn Horton 1 , Jessica Profato 1 , Tina Pesaran 1 , Chia-Ling Gau 1 , Melissa Pronold 1 , Brigette Tippin Davis 1 , Elizabeth C Chao 1, 6 , Fergus J Couch 2, 4 , Jill S Dolinsky 1
Affiliation
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PURPOSE
Despite the rapid uptake of multigene panel testing (MGPT) for hereditary cancer predisposition, there is limited guidance surrounding indications for testing and genes to include.
METHODS
To inform the clinical approach to hereditary cancer MGPT, we comprehensively evaluated 32 cancer predisposition genes by assessing phenotype-specific pathogenic variant (PV) frequencies, cancer risk associations, and performance of genetic testing criteria in a cohort of 165,000 patients referred for MGPT.
RESULTS
We identified extensive genetic heterogeneity surrounding predisposition to cancer types commonly referred for germline testing (breast, ovarian, colorectal, uterine/endometrial, pancreatic, and melanoma). PV frequencies were highest among patients with ovarian cancer (13.8%) and lowest among patients with melanoma (8.1%). Fewer than half of PVs identified in patients meeting testing criteria for only BRCA1/2 or only Lynch syndrome occurred in the respective genes (33.1% and 46.2%). In addition, 5.8% of patients with PVs in BRCA1/2 and 26.9% of patients with PVs in Lynch syndrome genes did not meet respective testing criteria.
CONCLUSION
Opportunities to improve upon identification of patients at risk for hereditary cancer predisposition include revising BRCA1/2 and Lynch syndrome testing criteria to include additional clinically actionable genes with overlapping phenotypes and relaxing testing criteria for associated cancers.
中文翻译：
遗传性癌症小组测试的临床指南：在 165,000 名高危患者的队列中评估基因特异性癌症关联和基因测试标准的敏感性。
目的尽管针对遗传性癌症易感性的多基因面板测试（MGPT）迅速被采用，但围绕测试适应症和要包含的基因的指导仍然有限。方法 为了为遗传性癌症 MGPT 的临床方法提供参考，我们通过评估表型特异性致病变异 (PV) 频率、癌症风险关联以及 165,000 名转诊 MGPT 患者的基因检测标准的表现，全面评估了 32 个癌症易感基因。结果我们发现了与种系检测（乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌、子宫/子宫内膜癌、胰腺癌和黑色素瘤）相关的癌症类型的易感性存在广泛的遗传异质性。 PV 频率在卵巢癌患者中最高（13.8%），在黑色素瘤患者中最低（8.1%）。在仅满足 BRCA1/2 或仅 Lynch 综合征测试标准的患者中，只有不到一半的 PV 发生在各自的基因中（33.1% 和 46.2%）。此外，5.8%的BRCA1/2基因PV患者和26.9%的Lynch综合征基因PV患者不符合各自的检测标准。结论 改进对遗传性癌症易感性患者识别的机会包括修订 BRCA1/2 和 Lynch 综合征检测标准，以纳入具有重叠表型的其他临床可操作基因，并放宽相关癌症的检测标准。
更新日期：2019-08-13
中文翻译：
遗传性癌症小组测试的临床指南：在 165,000 名高危患者的队列中评估基因特异性癌症关联和基因测试标准的敏感性。
目的尽管针对遗传性癌症易感性的多基因面板测试（MGPT）迅速被采用，但围绕测试适应症和要包含的基因的指导仍然有限。方法 为了为遗传性癌症 MGPT 的临床方法提供参考，我们通过评估表型特异性致病变异 (PV) 频率、癌症风险关联以及 165,000 名转诊 MGPT 患者的基因检测标准的表现，全面评估了 32 个癌症易感基因。结果我们发现了与种系检测（乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌、子宫/子宫内膜癌、胰腺癌和黑色素瘤）相关的癌症类型的易感性存在广泛的遗传异质性。 PV 频率在卵巢癌患者中最高（13.8%），在黑色素瘤患者中最低（8.1%）。在仅满足 BRCA1/2 或仅 Lynch 综合征测试标准的患者中，只有不到一半的 PV 发生在各自的基因中（33.1% 和 46.2%）。此外，5.8%的BRCA1/2基因PV患者和26.9%的Lynch综合征基因PV患者不符合各自的检测标准。结论 改进对遗传性癌症易感性患者识别的机会包括修订 BRCA1/2 和 Lynch 综合征检测标准，以纳入具有重叠表型的其他临床可操作基因，并放宽相关癌症的检测标准。
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