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Nascent RNA analyses: tracking transcription and its regulation.
Nature Reviews Genetics ( IF 39.1 ) Pub Date : 2019-08-09 , DOI: 10.1038/s41576-019-0159-6 Erin M Wissink 1 , Anniina Vihervaara 1 , Nathaniel D Tippens 1, 2 , John T Lis 1
Nature Reviews Genetics ( IF 39.1 ) Pub Date : 2019-08-09 , DOI: 10.1038/s41576-019-0159-6 Erin M Wissink 1 , Anniina Vihervaara 1 , Nathaniel D Tippens 1, 2 , John T Lis 1
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The programmes that direct an organism's development and maintenance are encoded in its genome. Decoding of this information begins with regulated transcription of genomic DNA into RNA. Although transcription and its control can be tracked indirectly by measuring stable RNAs, it is only by directly measuring nascent RNAs that the immediate regulatory changes in response to developmental, environmental, disease and metabolic signals are revealed. Multiple complementary methods have been developed to quantitatively track nascent transcription genome-wide at nucleotide resolution, all of which have contributed novel insights into the mechanisms of gene regulation and transcription-coupled RNA processing. Here we critically evaluate the array of strategies used for investigating nascent transcription and discuss the recent conceptual advances they have provided.
中文翻译：
新生 RNA 分析：追踪转录及其调控。
指导生物体发育和维持的程序被编码在其基因组中。该信息的解码始于基因组 DNA 向 RNA 的受调控转录。尽管可以通过测量稳定的RNA来间接追踪转录及其控制，但只有通过直接测量新生RNA才能揭示响应发育、环境、疾病和代谢信号的直接调节变化。多种互补方法已被开发出来，可以在核苷酸分辨率下定量跟踪全基因组范围内的新生转录，所有这些方法都为基因调控和转录偶联 RNA 加工机制提供了新的见解。在这里，我们批判性地评估了用于研究新生转录的一系列策略，并讨论了它们提供的最新概念进展。
更新日期：2019-08-09
中文翻译：
新生 RNA 分析：追踪转录及其调控。
指导生物体发育和维持的程序被编码在其基因组中。该信息的解码始于基因组 DNA 向 RNA 的受调控转录。尽管可以通过测量稳定的RNA来间接追踪转录及其控制，但只有通过直接测量新生RNA才能揭示响应发育、环境、疾病和代谢信号的直接调节变化。多种互补方法已被开发出来，可以在核苷酸分辨率下定量跟踪全基因组范围内的新生转录，所有这些方法都为基因调控和转录偶联 RNA 加工机制提供了新的见解。在这里，我们批判性地评估了用于研究新生转录的一系列策略，并讨论了它们提供的最新概念进展。
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