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An RNA-centric dissection of host complexes controlling flavivirus infection.
Nature Microbiology ( IF 20.5 ) Pub Date : 2019-08-05 , DOI: 10.1038/s41564-019-0518-2 Yaw Shin Ooi 1 , Karim Majzoub 1, 2 , Ryan A Flynn 3 , Miguel A Mata 1 , Jonathan Diep 1 , Jason Kenichi Li 4 , Nicholas van Buuren 4 , Neil Rumachik 3 , Alex G Johnson 5 , Andreas S Puschnik 1 , Caleb D Marceau 1 , Luwanika Mlera 6 , Jeffrey M Grabowski 6 , Karla Kirkegaard 4 , Marshall E Bloom 6 , Peter Sarnow 1 , Carolyn R Bertozzi 3, 7 , Jan E Carette 1
Nature Microbiology ( IF 20.5 ) Pub Date : 2019-08-05 , DOI: 10.1038/s41564-019-0518-2 Yaw Shin Ooi 1 , Karim Majzoub 1, 2 , Ryan A Flynn 3 , Miguel A Mata 1 , Jonathan Diep 1 , Jason Kenichi Li 4 , Nicholas van Buuren 4 , Neil Rumachik 3 , Alex G Johnson 5 , Andreas S Puschnik 1 , Caleb D Marceau 1 , Luwanika Mlera 6 , Jeffrey M Grabowski 6 , Karla Kirkegaard 4 , Marshall E Bloom 6 , Peter Sarnow 1 , Carolyn R Bertozzi 3, 7 , Jan E Carette 1
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Flaviviruses, including dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV), cause severe human disease. Co-opting cellular factors for viral translation and viral genome replication at the endoplasmic reticulum is a shared replication strategy, despite different clinical outcomes. Although the protein products of these viruses have been studied in depth, how the RNA genomes operate inside human cells is poorly understood. Using comprehensive identification of RNA-binding proteins by mass spectrometry (ChIRP-MS), we took an RNA-centric viewpoint of flaviviral infection and identified several hundred proteins associated with both DENV and ZIKV genomic RNA in human cells. Genome-scale knockout screens assigned putative functional relevance to the RNA-protein interactions observed by ChIRP-MS. The endoplasmic-reticulum-localized RNA-binding proteins vigilin and ribosome-binding protein 1 directly bound viral RNA and each acted at distinct stages in the life cycle of flaviviruses. Thus, this versatile strategy can elucidate features of human biology that control the pathogenesis of clinically relevant viruses.
中文翻译：
以 RNA 为中心的对控制黄病毒感染的宿主复合物的解剖。
黄病毒，包括登革热病毒 (DENV) 和寨卡病毒 (ZIKV)，会导致严重的人类疾病。尽管临床结果不同，但在内质网中为病毒翻译和病毒基因组复制选择细胞因子是一种共享的复制策略。尽管对这些病毒的蛋白质产物进行了深入研究，但人们对 RNA 基因组如何在人类细胞内运作却知之甚少。通过质谱法 (ChIRP-MS) 全面鉴定 RNA 结合蛋白，我们采用以 RNA 为中心的黄病毒感染观点，并鉴定了数百种与人类细胞中 DENV 和 ZIKV 基因组 RNA 相关的蛋白质。基因组规模的敲除筛选将推定的功能相关性与 ChIRP-MS 观察到的 RNA-蛋白质相互作用分配。定位于内质网的 RNA 结合蛋白 vigilin 和核糖体结合蛋白 1 直接结合病毒 RNA，并且各自在黄病毒生命周期的不同阶段发挥作用。因此，这种通用策略可以阐明控制临床相关病毒发病机制的人类生物学特征。
更新日期：2019-08-05
中文翻译：
以 RNA 为中心的对控制黄病毒感染的宿主复合物的解剖。
黄病毒，包括登革热病毒 (DENV) 和寨卡病毒 (ZIKV)，会导致严重的人类疾病。尽管临床结果不同，但在内质网中为病毒翻译和病毒基因组复制选择细胞因子是一种共享的复制策略。尽管对这些病毒的蛋白质产物进行了深入研究，但人们对 RNA 基因组如何在人类细胞内运作却知之甚少。通过质谱法 (ChIRP-MS) 全面鉴定 RNA 结合蛋白，我们采用以 RNA 为中心的黄病毒感染观点，并鉴定了数百种与人类细胞中 DENV 和 ZIKV 基因组 RNA 相关的蛋白质。基因组规模的敲除筛选将推定的功能相关性与 ChIRP-MS 观察到的 RNA-蛋白质相互作用分配。定位于内质网的 RNA 结合蛋白 vigilin 和核糖体结合蛋白 1 直接结合病毒 RNA，并且各自在黄病毒生命周期的不同阶段发挥作用。因此，这种通用策略可以阐明控制临床相关病毒发病机制的人类生物学特征。
京公网安备 11010802027423号