Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
GREIN: An Interactive Web Platform for Re-analyzing GEO RNA-seq Data.
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-05-20 , DOI: 10.1038/s41598-019-43935-8 Naim Al Mahi 1 , Mehdi Fazel Najafabadi 1 , Marcin Pilarczyk 1 , Michal Kouril 2 , Mario Medvedovic 1
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-05-20 , DOI: 10.1038/s41598-019-43935-8 Naim Al Mahi 1 , Mehdi Fazel Najafabadi 1 , Marcin Pilarczyk 1 , Michal Kouril 2 , Mario Medvedovic 1
Affiliation
|
The vast amount of RNA-seq data deposited in Gene Expression Omnibus (GEO) and Sequence Read Archive (SRA) is still a grossly underutilized resource for biomedical research. To remove technical roadblocks for reusing these data, we have developed a web-application GREIN (GEO RNA-seq Experiments Interactive Navigator) which provides user-friendly interfaces to manipulate and analyze GEO RNA-seq data. GREIN is powered by the back-end computational pipeline for uniform processing of RNA-seq data and the large number (>6,500) of already processed datasets. The front-end user interfaces provide a wealth of user-analytics options including sub-setting and downloading processed data, interactive visualization, statistical power analyses, construction of differential gene expression signatures and their comprehensive functional characterization, and connectivity analysis with LINCS L1000 data. The combination of the massive amount of back-end data and front-end analytics options driven by user-friendly interfaces makes GREIN a unique open-source resource for re-using GEO RNA-seq data. GREIN is accessible at: https://shiny.ilincs.org/grein , the source code at: https://github.com/uc-bd2k/grein , and the Docker container at: https://hub.docker.com/r/ucbd2k/grein .
中文翻译：
GREIN：用于重新分析 GEO RNA-seq 数据的交互式网络平台。
基因表达综合库 (GEO) 和序列读取存档 (SRA) 中存储的大量 RNA-seq 数据对于生物医学研究来说仍然是未充分利用的资源。为了消除重用这些数据的技术障碍，我们开发了一个网络应用程序 GREIN（GEO RNA-seq Experiments Interactive Navigator），它提供用户友好的界面来操作和分析 GEO RNA-seq 数据。GREIN 由后端计算管道提供支持，用于统一处理 RNA-seq 数据和大量（>6,500）已处理的数据集。前端用户界面提供了丰富的用户分析选项，包括子集设置和下载处理后的数据、交互式可视化、统计功效分析、差异基因表达特征的构建及其综合功能表征，以及使用 LINCS L1000 数据的连接性分析。由用户友好的界面驱动的大量后端数据和前端分析选项的结合使 GREIN 成为重复使用 GEO RNA-seq 数据的独特开源资源。GREIN 的访问地址为：https://shiny.ilincs.org/grein，源代码位于：https://github.com/uc-bd2k/grein，Docker 容器位于：https://hub.docker。 com/r/ucbd2k/grein 。
更新日期：2019-05-20
中文翻译：
GREIN：用于重新分析 GEO RNA-seq 数据的交互式网络平台。
基因表达综合库 (GEO) 和序列读取存档 (SRA) 中存储的大量 RNA-seq 数据对于生物医学研究来说仍然是未充分利用的资源。为了消除重用这些数据的技术障碍，我们开发了一个网络应用程序 GREIN（GEO RNA-seq Experiments Interactive Navigator），它提供用户友好的界面来操作和分析 GEO RNA-seq 数据。GREIN 由后端计算管道提供支持，用于统一处理 RNA-seq 数据和大量（>6,500）已处理的数据集。前端用户界面提供了丰富的用户分析选项，包括子集设置和下载处理后的数据、交互式可视化、统计功效分析、差异基因表达特征的构建及其综合功能表征，以及使用 LINCS L1000 数据的连接性分析。由用户友好的界面驱动的大量后端数据和前端分析选项的结合使 GREIN 成为重复使用 GEO RNA-seq 数据的独特开源资源。GREIN 的访问地址为：https://shiny.ilincs.org/grein，源代码位于：https://github.com/uc-bd2k/grein，Docker 容器位于：https://hub.docker。 com/r/ucbd2k/grein 。
京公网安备 11010802027423号