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紫杉二烯合酶机制的QM/MM研究
Journal of Computational Chemistry ( IF 3.4 ) Pub Date : 2019-05-06 , DOI: 10.1002/jcc.25846
Jeaphianne P M van Rijn 1 , Andrés M Escorcia 1 , Walter Thiel 1
Affiliation  

结合量子力学/分子力学 (QM/MM) 计算用于研究紫杉二烯合酶 (TXS) 的反应机理。TXS 催化香叶基香叶基二磷酸酯 (GGPP) 环化为紫杉二烯 (T) 和四种次要环状产物。所有这些产品都源于碳正离子中间体的去质子化。对于相关 TXS 碳正离子配合物的不同构型,计算了 GGPP 转化为 T 以及次要产物的反应曲线。QM 区域在 M06-2X/TZVP 水平处理,而 CHARMM27 力场用于描述 MM 区域。QM/MM 计算表明 GGPP 转化为 T 的反应途径,这与之前关于反应步骤数量和碳正离子构象的建议略有不同。QM/MM 结果还表明,通过碳正离子的水辅助去质子化形成的次要产物是高度放热的,大约为 -7 至 -23 kcal/mol。然而,奇怪的是,计算的势垒和反应能表明一些次要产物的形成比 T 的形成更容易。因此,目前的 QM/MM 计算提供了对可能的反应途径和对TXS 的混杂,但它们不能重现实验观察到的产品分布。© 2019 威利期刊公司。计算的势垒和反应能表明一些次要产物的形成比 T 的形成更容易。因此,目前的 QM/MM 计算提供了对可能的反应途径和 TXS 混杂起源的详细见解,但它们不能重现实验观察到的产品分布。© 2019 威利期刊公司。计算的势垒和反应能表明一些次要产物的形成比 T 的形成更容易。因此,目前的 QM/MM 计算提供了对可能的反应途径和 TXS 混杂起源的详细见解,但它们不能重现实验观察到的产品分布。© 2019 威利期刊公司。



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更新日期:2019-05-06
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