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NeuroPIpred:预测,设计和扫描昆虫神经肽的工具
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2019-03-26 , DOI: 10.1038/s41598-019-41538-x
Piyush Agrawal , Sumit Kumar , Archana Singh , Gajendra P. S. Raghava , Indrakant K. Singh

昆虫神经肽及其相关受体已成为害虫防治的潜在目标之一。本研究描述了计算机模拟使用天然和修饰的昆虫神经肽开发的模型,用于预测和设计新的神经肽。氨基酸组成分析揭示了昆虫神经肽中C,D,E,F,G,N,S和Y残基的偏好性。位置残基偏好性分析表明,在天然神经肽中,诸如A,N,F,D,P, S和I在N末端是优选的,并且残基如L,R,P,F,N和G在C末端是优选的。使用输入特征(例如氨基酸和二肽组成,二进制配置文件)并实施不同的机器学习技术来开发预测模型。在所有模型中,基于二肽成分的SVM模型表现最佳。在NeuroPIpred_DS1的情况下,模型在训练数据集上的准确性达到86.50%的准确性和0.73 MCC,在数据集上达到83.71%的准确性和0。验证数据集上有67个MCC,而在NeuroPIpred_DS2的情况下,模型在训练数据集上达到了97.47%的准确度和0.95 MCC,在验证数据集上达到了97.93%的准确度和0.96 MCC。为了帮助研究人员,我们创建了独立且用户友好的Web服务器NeuroPIpred,可在(https://webs.iiitd.edu.in/raghava/neuropipred。)中找到该服务器。





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更新日期:2019-03-26
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