当前位置：
X-MOL 学术
›
J. Phys. Chem. B
›
论文详情
Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
基于Loop模板的RNA三维结构的层次组装。
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2018-01-08 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b10102 Xiaojun Xu 1, 2 , Shi-Jie Chen 2
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2018-01-08 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b10102 Xiaojun Xu 1, 2 , Shi-Jie Chen 2
Affiliation
|
当前的RNA结构预测方法无法跟上快速增加的序列数量和新兴的RNA功能的步伐。基于模板的RNA三维结构预测方法受到有限数量的已知RNA结构的限制，并且传统的基于模板的模板搜索并不总是会导致成功的结果。在这里，我们报告了一种新的模板搜索和组装算法，即分层循环模板组装方法（VfoldLA）。该方法搜索单链环/接头而不是整个基序的模板，这通常无法提供可用的模板或较短的片段（几个核苷酸），这需要很长的计算时间才能组装和精炼。VfoldLA方法的优点是考虑了局部和非局部回路间的交互作用。基准测试表明，这种新方法可以为不同结构复杂性水平的RNA构象提供低分辨率的预测。此外，VfoldLA预测的构象也可用作进一步的结构预测和优化的可靠推定模型。可从http://rna.physics.missouri.edu/vfoldLA访问VfoldLA。
"点击查看英文标题和摘要"
更新日期：2017-12-20
"点击查看英文标题和摘要"
京公网安备 11010802027423号