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PacBio单分子长读测序揭示了兔的转录组图谱。
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2017-Aug-09 , DOI: 10.1038/s41598-017-08138-z
Shi-Yi Chen , Feilong Deng , Xianbo Jia , Cao Li , Song-Jia Lai

广为人知的是,转录多样性对真核生物的生物学调控有很大贡献。自第二代测序技术问世以来,大量的RNA测序研究大大提高了我们对转录组复杂性的了解。但是,由于基于短读的汇编的困难,获得全长转录本仍然是巨大的挑战。在本研究中,我们采用PacBio单分子长读测序技术对兔(Oryctolagus cuniculus)的整个转录组进行了分析。我们总共从14474个基因位点获得了36186个高信度转录本,其中超过23%的基因位点和66%的同工型在当前参考基因组中尚未被注释。此外,据计算,大约17%的转录本是非编码RNA。在此从头构建的转录组中分别检测到多达24,797个可变剪接(AS)和11,184个可变聚腺苷酸化(APA)事件。结果提供了一套全面的参考成绩单,因此有助于改善兔基因组的注释。



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更新日期:2017-08-09
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