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FAIR principles in workflows: A GIScience workflow management system for reproducible and replicable studies
International Journal of Applied Earth Observation and Geoinformation ( IF 7.6 ) Pub Date : 2025-03-14 , DOI: 10.1016/j.jag.2025.104477
Tao Hu , Taiping Liu , Venkat Sai Divyacharan Jarugumalli , Samuel Cheng , Chengbin Deng
International Journal of Applied Earth Observation and Geoinformation ( IF 7.6 ) Pub Date : 2025-03-14 , DOI: 10.1016/j.jag.2025.104477
Tao Hu , Taiping Liu , Venkat Sai Divyacharan Jarugumalli , Samuel Cheng , Chengbin Deng
Scientific workflow management systems (WfMS) provide a systematic way to streamline necessary processes in scientific research. The demand for FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) workflows is increasing in the scientific community, particularly in GIScience, where data is not just an output but an integral part of iterative advanced processes. Traditional WfMS often lack the capability to ensure geospatial data and process transparency, leading to challenges in reproducibility and replicability of research findings. This paper proposes the conceptualization and development of FAIR-oriented GIScience WfMS, aiming to incorporate the FAIR principles into the entire lifecycle of geospatial data processing and analysis. To enhance the findability and accessibility of workflows, the WfMS utilizes Harvard Dataverse to share all workflow-related digital resources, organized into workflow datasets, nodes, and case studies. Each resource is assigned a unique DOI (Digital Object Identifier), ensuring easy access and discovery. More importantly, the WfMS complies with the Common Workflow Language (CWL) standard to guarantee interoperability and reproducibility of workflows. It also enables the integration of diverse tools and software, supporting complex analyses that require multiple processing steps. This paper demonstrates the prototype of the GIScience WfMS and illustrates two geospatial science case studies, reflecting its flexibility in selecting appropriate techniques for various datasets and research goals. The user-friendly workflow designer makes it accessible to users with different levels of technical expertise, promoting reusable, reproducible, and replicable GIScience studies.
中文翻译:
工作流程中的 FAIR 原则:用于可重现和可复制研究的 GIScience 工作流程管理系统
科学工作流程管理系统 (WfMS) 提供了一种系统化的方法来简化科学研究中必要的流程。科学界对 FAIR(可查找、可访问、可互作和可重用)工作流的需求正在增加,尤其是在 GIScience 中,数据不仅仅是输出,而是迭代高级流程不可或缺的一部分。传统的 WfMS 通常缺乏确保地理空间数据和过程透明度的能力,从而导致研究结果的可重复性和可再现性面临挑战。本文提出了面向 FAIR 的 GIScience WfMS 的概念化和发展,旨在将 FAIR 原则纳入地理空间数据处理和分析的整个生命周期。为了增强工作流的可查找性和可访问性,WfMS 利用 Harvard Dataverse 共享所有与工作流相关的数字资源,这些资源组织到工作流数据集、节点和案例研究中。每个资源都分配有一个唯一的 DOI(数字对象标识符),确保轻松访问和发现。更重要的是,WfMS 符合通用工作流语言 (CWL) 标准,以保证工作流的互作性和可重复性。它还支持集成各种工具和软件,支持需要多个处理步骤的复杂分析。本文演示了 GIScience WfMS 的原型,并说明了两个地理空间科学案例研究,反映了它在为各种数据集和研究目标选择适当技术方面的灵活性。用户友好的工作流程设计器使具有不同技术专业知识水平的用户能够访问它,从而促进可重用、可重现和可复制的 GIScience 研究。
更新日期:2025-03-14
中文翻译:

工作流程中的 FAIR 原则:用于可重现和可复制研究的 GIScience 工作流程管理系统
科学工作流程管理系统 (WfMS) 提供了一种系统化的方法来简化科学研究中必要的流程。科学界对 FAIR(可查找、可访问、可互作和可重用)工作流的需求正在增加,尤其是在 GIScience 中,数据不仅仅是输出,而是迭代高级流程不可或缺的一部分。传统的 WfMS 通常缺乏确保地理空间数据和过程透明度的能力,从而导致研究结果的可重复性和可再现性面临挑战。本文提出了面向 FAIR 的 GIScience WfMS 的概念化和发展,旨在将 FAIR 原则纳入地理空间数据处理和分析的整个生命周期。为了增强工作流的可查找性和可访问性,WfMS 利用 Harvard Dataverse 共享所有与工作流相关的数字资源,这些资源组织到工作流数据集、节点和案例研究中。每个资源都分配有一个唯一的 DOI(数字对象标识符),确保轻松访问和发现。更重要的是,WfMS 符合通用工作流语言 (CWL) 标准,以保证工作流的互作性和可重复性。它还支持集成各种工具和软件,支持需要多个处理步骤的复杂分析。本文演示了 GIScience WfMS 的原型,并说明了两个地理空间科学案例研究,反映了它在为各种数据集和研究目标选择适当技术方面的灵活性。用户友好的工作流程设计器使具有不同技术专业知识水平的用户能够访问它,从而促进可重用、可重现和可复制的 GIScience 研究。