Background Drug susceptibility testing (DST) is essential for starting people on effective tuberculosis (TB) regimens. No published data exists for the high-throughput LiquidArray MTB-XDR (LA-XDR) test, which detects Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) and fluoroquinolone, amikacin, ethambutol, and linezolid susceptibility (latter two have no rapid DSTs available). Methods We enrolled people (n=720) with presumptive TB who provided two sputa for a Xpert MTB/RIF Ultra and a culture (MTBC reference standard). Phenotypic DST and Sanger sequencing were the composite reference standards. LA-XDR on the manual FluoroLyse and automated GenoXtract-fleXT (fleXT) DNA extraction methods were compared. Results For MTBC, LA-XDR had similar sensitivities (85-87%) and specificities (99%) using each extraction method. Drug susceptibility sensitivities varied: 94% (95% CI: 86, 98) for fluoroquinolones, 64% (45, 80) for amikacin, and 88% (79, 93) for ethambutol (specificities 97-100%). 6/7 (86%) resistant linezolid isolates were detected. LA-XDR with fleXT had indeterminate proportions of 21/251 (8%), 2/251 (1%), 63/251 (25%), and 93/251 (37%) for fluoroquinolones, ethambutol, amikacin, and linezolid, respectively (amikacin and linezolid indeterminates higher with Fluorolyse-extracted DNA). In a hypothetical population of 100 smear-negative people with fluoroquinolone-resistant TB undergoing fleXT DNA extraction, 24/100 (24%) would be missed (one extraction error, two invalid results, 15 MTBC-negative, six fluoroquinolone-indeterminate, one false-susceptible). Conclusion LA-XDR met the minimum WHO target product profile for a next-generation sputum-based moderate complexity DST with high fluoroquinolones and ethambutol resistance sensitivity, moderate amikacin resistance sensitivity, and promise for linezolid resistance, for which more data are needed. Improved LA-XDR MTBC detection would reduce missed resistance.

中文翻译：

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LiquidArray MTB-XDR VER1.0 检测结核分枝杆菌复合物、氟喹诺酮类、阿米卡星、乙胺丁醇和利奈唑胺敏感性的诊断准确性


背景 药物敏感性测试 （DST） 对于开始接受有效的结核病 （TB） 方案至关重要。高通量 LiquidArray MTB-XDR （LA-XDR） 检测可检测结核分枝杆菌复合体 （MTBC） 和氟喹诺酮类药物、阿米卡星、乙胺丁醇和利奈唑胺敏感性（后两者没有可用的快速 DST），目前尚无已发表的数据。方法 我们招募了疑似结核病患者 （n=720），他们为 Xpert MTB/RIF Ultra 提供了两个痰液和一个培养物 （MTBC 参考标准）。表型 DST 和 Sanger 测序是复合参考标准。比较了手动 FluoroLyse 和自动 GenoXtract-fleXT （fleXT） DNA 提取方法上的 LA-XDR。结果 对于 MTBC，使用每种提取方法的 LA-XDR 具有相似的敏感性 （85-87%） 和特异性 （99%）。药物敏感性各不相同：氟喹诺酮类药物为 94% （95% CI： 86， 98），阿米卡星为 64% （45， 80），乙胺丁醇为 88% （特异性 97-100%）。检测到 6/7 （86%） 耐药利奈唑胺分离株。氟喹诺酮类药物、乙胺丁醇、阿米卡星和利奈唑胺的不确定比例分别为 21/251 （8%）、2/251 （1%）、63/251 （25%） 和 93/251 （37%）（阿米卡星和利奈唑胺与氟溶酶提取的 DNA 的不确定比例更高）。在接受 fleXT DNA 提取的 100 名涂片阴性氟喹诺酮类耐药结核病患者的假设人群中，24/100 （24%） 将被遗漏（1 例提取错误，2 例无效结果，15 例 MTBC 阴性，6 例氟喹诺酮类药物不确定，1 例假敏感）。 结论 LA-XDR 满足下一代基于痰液的中等复杂性 DST 的最低 WHO 目标产品概况，具有高氟喹诺酮类和乙胺丁醇耐药敏感性，中等阿米卡星耐药敏感性，并有望对利奈唑胺耐药，这需要更多数据。改进的 LA-XDR MTBC 检测将减少漏报的阻力。