Rising blast percentage or secondary acute myeloid leukemia (sAML) transformation in myeloproliferative neoplasms (MPNs) leads to JAK inhibitor (JAKi) therapy resistance and poor survival. Here, we demonstrate that treatment with the CDK7 inhibitor (CDK7i) SY-5609 depletes phenotypically characterized post-MPN sAML stem/progenitor cells. In cultured post-MPN sAML SET2 and HEL as well as patient-derived (PD) post-MPN sAML cells, SY-5609 treatment inhibited growth and induced lethality while sparing normal cells. RNA-sequencing analysis after SY-5609 treatment demonstrated reduced messenger RNA (mRNA) expression of MYC, MYB, CDK4/6, PIM1, and CCND1 but increased mRNA levels of CDKN1A and BCL2L1. Mass spectrometry of SY-5609–treated MPN-sAML cells also demonstrated reduced c-Myc, c-Myb, PIM1, and CDK4/6 but increased p21, caspase 9, and BAD protein levels. CRISPR-mediated CDK7 depletion also reduced the viability of HEL cells. CyTOF analysis of SY-5609–treated PD post-MPN sAML stem/progenitor cells showed reduced c-Myc, CDK6, and PU.1 but increased protein levels of CD11b, p21, and cleaved caspase 3. Cotreatment with SY-5609 and ruxolitinib was synergistically lethal in HEL, SET2, and PD post-MPN sAML cells. A CRISPR screen in SET2 and HEL cells revealed BRD4, CBP, and p300 as codependencies with SY-5609 treatment. Accordingly, cotreatment with SY-5609 and the BETi OTX015 or pelabresib or with the CBP/p300 inhibitor GNE-049 was synergistically lethal in MPN-sAML cells (including those exhibiting TP53 loss). Finally, in the HEL-Luc/GFP xenograft model, compared with each agent alone, cotreatment with SY-5609 and OTX015 reduced post-MPN sAML burden and improved survival without inducing host toxicity. These findings demonstrate promising preclinical activity of the CDK7i-based combinations with BETi or HATi against advanced MPNs, including post-MPN sAML.

中文翻译：

---

基于 CDK7 抑制剂的联合治疗转化为 AML 的骨髓增生性肿瘤的临床前疗效


骨髓增生性肿瘤 （MPN） 的原始细胞百分比上升或继发性急性髓系白血病 （sAML） 转化导致 JAK 抑制剂 （JAKi） 治疗耐药和生存率低。在这里，我们证明用 CDK7 抑制剂 （CDK7i） SY-5609 治疗会消耗表型特征的 MPN 后 sAML 干细胞/祖细胞。在培养的 MPN 后 sAML SET2 和 HEL 以及患者来源 （PD） 的 MPN 后 sAML 细胞中，SY-5609 处理抑制生长并诱导致死，同时保留正常细胞。SY-5609 处理后的 RNA 测序分析显示 MYC 、 MYB 、 CDK4/6 、 PIM1 和 CCND1 的信使 RNA （mRNA） 表达降低，但 CDKN1A 和 BCL2L1 的 mRNA 水平升高。SY-5609 处理的 MPN-sAML 细胞的质谱分析也显示 c-Myc 、 c-Myb 、 PIM1 和 CDK4/6 降低，但 p21 、 caspase 9 和 BAD 蛋白水平增加。CRISPR 介导的 CDK7 耗竭也降低了 HEL 细胞的活力。SY-5609 处理的 PD MPN 后 sAML 干细胞/祖细胞的 CyTOF 分析显示 c-Myc、CDK6 和 PU.1 降低，但 CD11b、p21 和裂解的 caspase 3 的蛋白水平增加。SY-5609 和 ruxolitinib 的共同治疗在 HEL 、 SET2 和 PD 后 MPN sAML 细胞中具有协同致死性。SET2 和 HEL 细胞中的 CRISPR 筛选显示 BRD4 、 CBP 和 p300 与 SY-5609 处理相互依赖。因此，与 SY-5609 和 BETi OTX015 或 pelabresib 或与 CBP/p300 抑制剂 GNE-049 的共处理在 MPN-sAML 细胞（包括那些表现出 TP53 丢失的细胞）中具有协同致死性。最后，在 HEL-Luc/GFP 异种移植模型中，与单独使用每种药物相比，SY-5609 和 OTX015 的共处理减少了 MPN 后 sAML 负担并提高生存率，而不会诱导宿主毒性。 这些发现表明，基于 CDK7i 的联合 BETi 或 HATi 对晚期 MPN（包括 MPN 后 sAML）的临床前活性很有希望。