Unscheduled R-loops usually cause DNA damage and replication stress, and are therefore a major threat to genome stability. Several RNA processing factors, including the conserved THO complex and its associated RNA and DNA-RNA helicase UAP56, prevent R-loop accumulation in cells. Here we investigate the function of ALYREF, an RNA export adapter associated with UAP56 and the THO complex, in R-loop regulation. We demonstrate that purified ALYREF promotes UAP56-mediated R-loop dissociation in vitro, and this stimulation is dependent on its interaction with UAP56 and R-loops. Importantly, we show that ALYREF binds DNA-RNA hybrids and R-loops. Consistently, ALYREF depletion causes R-loop accumulation and R-loop-mediated genome instability in cells. We propose that ALYREF, apart from its known role in RNA metabolism and export, is a key cellular R-loop co-regulator, which binds R-loops and stimulates UAP56-driven resolution of unscheduled R-loops during transcription.

中文翻译：

---

分子伴侣 ALYREF 促进 R 环分辨率并维持基因组稳定性。


计划外的 R 环通常会导致 DNA 损伤和复制应激，因此是基因组稳定性的主要威胁。几种 RNA 加工因子，包括保守的 THO 复合物及其相关的 RNA 和 DNA-RNA 解旋酶 UAP56，可防止 R 环在细胞中积累。在这里，我们研究了 ALYREF 的功能，ALYREF 是一种与 UAP56 和 THO 复合物相关的 RNA 输出接头，在 R 环调节中的作用。我们证明纯化的 ALYREF 在体外促进 UAP56 介导的 R 环解离，这种刺激取决于它与 UAP56 和 R 环的相互作用。重要的是，我们表明 ALYREF 结合 DNA-RNA 杂交体和 R 环。一致地，ALYREF 耗竭导致细胞中 R 环积累和 R 环介导的基因组不稳定。我们提出 ALYREF 除了在 RNA 代谢和输出中的已知作用外，还是一种关键的细胞 R 环共调节因子，它结合 R 环并刺激转录过程中 UAP56 驱动的计划外 R 环的分辨率。