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Genomic signals of adaptation to a natural CO2 gradient over a striking microgeographic scale
Marine Pollution Bulletin ( IF 5.3 ) Pub Date : 2024-11-07 , DOI: 10.1016/j.marpolbul.2024.117225 Sara González-Delgado, Rocío Pérez-Portela, Olga Ortega-Martínez, Beatriz Alfonso, Ricardo T. Pereyra, José Carlos Hernández
Marine Pollution Bulletin ( IF 5.3 ) Pub Date : 2024-11-07 , DOI: 10.1016/j.marpolbul.2024.117225 Sara González-Delgado, Rocío Pérez-Portela, Olga Ortega-Martínez, Beatriz Alfonso, Ricardo T. Pereyra, José Carlos Hernández
Our study explores genomic signs of adaptation in A. lixula to different water pH conditions. To achieve this, we analysed the genomics variation of A. lixula individuals living across a natural pH gradient in Canary Islands, Spain. We use a 2b-RADseq protocol with 74 samples from sites with varying pH levels (from 7.3 to 7.9 during low tide) and included a control site. We identified 14,883 SNPs, with 432 identified as candidate SNPs under selection to pH variations through redundancy analysis. While all SNPs indicated genomic homogeneity, the 432 candidate SNPs under selection displayed genomic differences among sites and along the pH gradient. Out of these 432 loci, 17 were annotated using published A. lixula transcriptomes, involved in biological functions such as growth. Therefore, our findings suggest local adaptation in A. lixula populations to acidification in CO2 vents, even over short distances of 75 m, underscoring their potential resistance to future Ocean Acidification.
中文翻译:
在引人注目的微地理尺度上适应自然 CO2 梯度的基因组信号
我们的研究探讨了 A. lixula 适应不同水 pH 条件的基因组迹象。为了实现这一目标,我们分析了生活在西班牙加那利群岛自然 pH 梯度上的 A. lixula 个体的基因组学变异。我们使用 2b-RADseq 方案,其中包含来自不同 pH 值水平(退潮时从 7.3 到 7.9)的地点的 74 个样品,并包括一个对照地点。我们鉴定了 14,883 个 SNP,其中 432 个被鉴定为通过冗余分析根据 pH 变化选择的候选 SNP。虽然所有 SNP 都表明基因组同质性,但所选择的 432 个候选 SNP 在位点之间和 pH 梯度上表现出基因组差异。在这 432 个基因座中,有 17 个使用已发表的 A. lixula 转录组进行注释,涉及生长等生物学功能。因此,我们的研究结果表明,A. lixula 种群对 CO2 喷口酸化的局部适应,即使在 75 m 的短距离内也是如此,这强调了它们对未来海洋酸化的潜在抵抗力。
更新日期:2024-11-07
中文翻译:
在引人注目的微地理尺度上适应自然 CO2 梯度的基因组信号
我们的研究探讨了 A. lixula 适应不同水 pH 条件的基因组迹象。为了实现这一目标,我们分析了生活在西班牙加那利群岛自然 pH 梯度上的 A. lixula 个体的基因组学变异。我们使用 2b-RADseq 方案,其中包含来自不同 pH 值水平(退潮时从 7.3 到 7.9)的地点的 74 个样品,并包括一个对照地点。我们鉴定了 14,883 个 SNP,其中 432 个被鉴定为通过冗余分析根据 pH 变化选择的候选 SNP。虽然所有 SNP 都表明基因组同质性,但所选择的 432 个候选 SNP 在位点之间和 pH 梯度上表现出基因组差异。在这 432 个基因座中,有 17 个使用已发表的 A. lixula 转录组进行注释,涉及生长等生物学功能。因此,我们的研究结果表明,A. lixula 种群对 CO2 喷口酸化的局部适应,即使在 75 m 的短距离内也是如此,这强调了它们对未来海洋酸化的潜在抵抗力。