Oxford Nanopore Technologies (ONT) offers ultrahigh-throughput multi-sample sequencing but only provides barcode kits that enable up to 96-sample multiplexing. We present TDFPS-Designer, a new toolkit for nanopore sequencing barcode design, which creates significantly more barcodes: 137 with a length of 20 base pairs, 410 at 24 bp, and 1779 at 30 bp, far surpassing ONT’s offerings. It includes GPU-based acceleration for ultra-fast demultiplexing and designs robust barcodes suitable for high-error ONT data. TDFPS-Designer outperforms current methods, improving the demultiplexing recall rate by 20% relative to Guppy, without a reduction in precision.

中文翻译：

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TDFPS-Designer：纳米孔测序中用于条形码设计和选择的高效工具包


Oxford Nanopore Technologies （ONT） 提供超高通量多样品测序，但仅提供支持多达 96 个样品多路复用的条形码试剂盒。我们推出了 TDFPS-Designer，这是一种用于纳米孔测序条形码设计的新工具包，可创建更多的条形码：137 个长度为 20 个碱基对，410 个为 24 bp，1779 个为 30 bp，远超 ONT 的产品。它包括基于 GPU 的加速，可实现超快速多路复用，并设计适用于高错误 ONT 数据的强大条码。TDFPS-Designer 的性能优于当前方法，相对于 Guppy 将解复用召回率提高了 20%，而精度没有降低。