Monkeypox virus (MPXV) is endemic in Western and Central Africa and, in May 2022, a clade IIb lineage (B.1) caused a global outbreak outside Africa, resulting in its detection in 116 countries/territories. To understand the global phylogenetics of MPXV, we analysed all available MPXV sequences, including 10,670 sequences from 65 countries collected between 1958 and 2024. Our analysis reveals high mobility of clade I viruses within Central Africa, sustained human-to-human transmission of clade IIb lineage A viruses within the Eastern Mediterranean region, and distinct mutational signatures that can distinguish sustained human-to-human from animal-to-animal transmission. Moreover, distinct clade I sequences from Sudan suggest local MPXV circulation in areas of Eastern Africa over the past four decades. Our study underscores the importance of genomic surveillance in tracking spatiotemporal dynamics of MXPV clades and the need to strengthen such surveillance, including in some parts of Eastern Africa.

猴痘病毒 （MPXV） 在西非和中非流行，2022 年 5 月，进化枝 IIb 谱系 （B.1） 在非洲以外引起了全球疫情，导致在 116 个国家/地区被发现。为了了解 MPXV 的全球系统发育学，我们分析了所有可用的 MPXV 序列，包括 1958 年至 2024 年间收集的来自 65 个国家的 10,670 个序列。我们的分析揭示了进化枝 I 病毒在中非地区的高流动性，进化枝 IIb 谱系 A 病毒在东地中海地区持续的人际传播，以及可以区分持续的人际传播和动物间传播的独特突变特征。此外，来自苏丹的不同分支 I 序列表明过去四十年来 MPXV 在东非地区局部传播。我们的研究强调了基因组监测在跟踪 MXPV 进化枝的时空动态方面的重要性，以及加强这种监测的必要性，包括在东非的一些地区。