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异双功能降解剂诱导的 PTPN2/N1 复合物的机制见解
Communications Chemistry ( IF 5.9 ) Pub Date : 2024-08-16 , DOI: 10.1038/s42004-024-01263-7 Qi Hao 1 , Manoj K Rathinaswamy 1 , Kelly L Klinge 2 , Matthew Bratkowski 1 , Amirhossein Mafi 1 , Christina K Baumgartner 2 , Keith M Hamel 2 , Gesine K Veits 3 , Rinku Jain 2 , Claudio Catalano 4 , Mark Fitzgerald 3 , Alexander W Hird 3 , Eunice Park 3 , Harit U Vora 3 , James A Henderson 3 , Kenton Longenecker 2 , Charles W Hutchins 2 , Wei Qiu 2 , Giovanna Scapin 4 , Qi Sun 2 , Vincent S Stoll 2 , Chaohong Sun 2 , Ping Li 3 , Dan Eaton 1 , David Stokoe 1 , Stewart L Fisher 3 , Christopher G Nasveschuk 3 , Marcia Paddock 1 , Michael E Kort 2
Affiliation
PTPN2(2 型蛋白酪氨酸磷酸酶非受体,或 TC-PTP)和 PTPN1 是有吸引力的免疫肿瘤学靶点, Ptpn1和Ptpn2的缺失可改善疾病模型中对免疫治疗的反应。靶向蛋白质降解已成为解决磷酸酶等药物挑战性靶点的一种有前途的方法。我们开发了有效的 PTPN2/N1 双异双功能降解剂(Cmpd-1 和 Cmpd-2),可促进与 E3 泛素连接酶 CRL4 CRBN的有效复合物组装,并介导细胞和小鼠中有效的 PTPN2/N1 降解。为了提供对降解剂引入的合作复合物形成的机制见解,我们采用了结构方法的组合。我们的晶体结构揭示了降解剂的三取代噻吩部分如何识别 PTPN2。我们使用单颗粒冷冻电子显微镜 (cryo-EM) 进一步确定了 DDB1-CRBN/Cmpd-1/PTPN2 的高分辨率结构。这种结构揭示了降解剂诱导 CRBN 和 PTPN2 之间的接近,尽管这种三元复合物的构象异质性很大。基于冷冻电镜结构构建的分子动力学(MD)模拟显示了 PTPN2 的大刚体运动,并说明了 PTPN2 和 CRBN 之间的动态相互作用。总之,我们的研究证明了 PTPN2/N1 异双功能降解剂的开发在癌症免疫治疗中的潜在应用。此外,开发的结构工作流程可以帮助理解降解剂诱导的合作三元复合物的动态性质。
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