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Defining context-dependent m6A RNA methylomes in Arabidopsis
Developmental Cell ( IF 10.7 ) Pub Date : 2024-07-17 , DOI: 10.1016/j.devcel.2024.06.012 Bin Zhang 1 , Songyao Zhang 2 , Yujin Wu 3 , Yan Li 2 , Lingyao Kong 4 , Ranran Wu 5 , Ming Zhao 3 , Wei Liu 6 , Hao Yu 3
N 6 -Methyladenosine (m6 A) prevalently occurs on cellular RNA across almost all kingdoms of life. It governs RNA fate and is essential for development and stress responses. However, the dynamic, context-dependent m6 A methylomes across tissues and in response to various stimuli remain largely unknown in multicellular organisms. Here, we generate a comprehensive census that identifies m6 A methylomes in 100 samples during development or following exposure to various external conditions in Arabidopsis thaliana . We demonstrate that m6 A is a suitable biomarker to reflect the developmental lineage, and that various stimuli rapidly affect m6 A methylomes that constitute the regulatory network required for an effective response to the stimuli. Integrative analyses of the census and its correlation with m6 A regulators identify multiple layers of regulation on highly context-dependent m6 A modification in response to diverse developmental and environmental stimuli, providing insights into m6 A modification dynamics in the myriad contexts of multicellular organisms.
中文翻译：
在拟南芥中定义上下文依赖性的 m6A RNA 甲基化组
N6-甲基腺苷 （m6A） 普遍存在于几乎所有生命界的细胞 RNA 上。它控制 RNA 的命运，对发育和应激反应至关重要。然而，在多细胞生物中，跨组织和响应各种刺激的动态、环境依赖性 m6A 甲基化组在很大程度上仍然未知。在这里，我们生成了一个全面的普查，在拟南芥的发育过程中或暴露于各种外部条件后，在 100 个样品中鉴定了 m6A 甲基化组。我们证明 m6A 是反映发育谱系的合适生物标志物，并且各种刺激会迅速影响 m6A 甲基化组，这些甲基化组构成了对刺激有效反应所需的调节网络。对人口普查及其与 m6A 调节因子的相关性的综合分析确定了响应各种发育和环境刺激的高度依赖性 m6A 修饰的多层调节，从而深入了解多细胞生物体的无数背景下的 m6A 修饰动态。
更新日期：2024-07-17
Developmental Cell ( IF 10.7 ) Pub Date : 2024-07-17 , DOI: 10.1016/j.devcel.2024.06.012 Bin Zhang 1 , Songyao Zhang 2 , Yujin Wu 3 , Yan Li 2 , Lingyao Kong 4 , Ranran Wu 5 , Ming Zhao 3 , Wei Liu 6 , Hao Yu 3
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中文翻译：
在拟南芥中定义上下文依赖性的 m6A RNA 甲基化组
N6-甲基腺苷 （m6A） 普遍存在于几乎所有生命界的细胞 RNA 上。它控制 RNA 的命运，对发育和应激反应至关重要。然而，在多细胞生物中，跨组织和响应各种刺激的动态、环境依赖性 m6A 甲基化组在很大程度上仍然未知。在这里，我们生成了一个全面的普查，在拟南芥的发育过程中或暴露于各种外部条件后，在 100 个样品中鉴定了 m6A 甲基化组。我们证明 m6A 是反映发育谱系的合适生物标志物，并且各种刺激会迅速影响 m6A 甲基化组，这些甲基化组构成了对刺激有效反应所需的调节网络。对人口普查及其与 m6A 调节因子的相关性的综合分析确定了响应各种发育和环境刺激的高度依赖性 m6A 修饰的多层调节，从而深入了解多细胞生物体的无数背景下的 m6A 修饰动态。
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