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Next-generation Drosophila protein interactome map and its functional implications
Developmental Cell ( IF 10.7 ) Pub Date : 2024-06-28 , DOI: 10.1016/j.devcel.2024.06.002 Guruharsha Bhat 1 , Kejie Li 2 , George Locke 3 , Marina Theodorou 4 , Krishna Kilambi 5 , Kazuya Hori 6 , Diana Ho 7 , Robert Obar 7 , Leah Williams 7 , Hannah Parzen 7 , Noah Dephoure 7 , Craig Braun 7 , Marc Muskavitch 7 , Susan E Celniker 8 , Steven Gygi 7 , Spyros Artavanis-Tsakonas 7
Developmental Cell ( IF 10.7 ) Pub Date : 2024-06-28 , DOI: 10.1016/j.devcel.2024.06.002 Guruharsha Bhat 1 , Kejie Li 2 , George Locke 3 , Marina Theodorou 4 , Krishna Kilambi 5 , Kazuya Hori 6 , Diana Ho 7 , Robert Obar 7 , Leah Williams 7 , Hannah Parzen 7 , Noah Dephoure 7 , Craig Braun 7 , Marc Muskavitch 7 , Susan E Celniker 8 , Steven Gygi 7 , Spyros Artavanis-Tsakonas 7
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We describe a next-generation Drosophila protein interaction map—“DPIM2”—established from affinity purification-mass spectrometry of 5,805 baits, covering the largest fraction of the Drosophila proteome. The network contains 32,668 interactions among 3,644 proteins, organized into 632 clusters representing putative functional modules. Our analysis expands the pool of known protein interactions in Drosophila , provides annotation for poorly studied genes, and postulates previously undescribed protein interaction relationships. The predictive power and functional relevance of this network are probed through the lens of the Notch signaling pathway, and we find that newly identified members of complexes that include known Notch modifiers can also modulate Notch signaling. DPIM2 allows direct comparisons with a recently published human protein interaction network, defining the existence of functional interactions conserved across species. Thus, DPIM2 defines a valuable resource for predicting protein co-complex memberships and functional associations as well as generates functional hypotheses regarding specific protein interactions.
中文翻译：
下一代果蝇蛋白相互作用组图谱及其功能意义
我们描述了下一代果蝇蛋白质相互作用图谱——“DPIM2”——根据 5,805 个诱饵的亲和纯化-质谱法建立，涵盖了果蝇蛋白质组的最大部分。该网络包含 3,644 种蛋白质之间的 32,668 次相互作用，分为 632 个簇，代表推定的功能模块。我们的分析扩大了果蝇中已知蛋白质相互作用的池，为研究不足的基因提供了注释，并假设了以前未描述的蛋白质相互作用关系。该网络的预测能力和功能相关性是通过 Notch 信号通路的镜头进行探测的，我们发现包含已知 Notch 修饰因子的复合物的新鉴定成员也可以调节 Notch 信号传导。DPIM2 允许与最近发表的人类蛋白质相互作用网络直接比较，从而定义跨物种保守的功能相互作用的存在。因此，DPIM2 定义了一种有价值的资源，用于预测蛋白质共复合物隶属关系和功能关联，以及生成有关特定蛋白质相互作用的功能假设。
更新日期：2024-06-28
中文翻译：
下一代果蝇蛋白相互作用组图谱及其功能意义
我们描述了下一代果蝇蛋白质相互作用图谱——“DPIM2”——根据 5,805 个诱饵的亲和纯化-质谱法建立，涵盖了果蝇蛋白质组的最大部分。该网络包含 3,644 种蛋白质之间的 32,668 次相互作用，分为 632 个簇，代表推定的功能模块。我们的分析扩大了果蝇中已知蛋白质相互作用的池，为研究不足的基因提供了注释，并假设了以前未描述的蛋白质相互作用关系。该网络的预测能力和功能相关性是通过 Notch 信号通路的镜头进行探测的，我们发现包含已知 Notch 修饰因子的复合物的新鉴定成员也可以调节 Notch 信号传导。DPIM2 允许与最近发表的人类蛋白质相互作用网络直接比较，从而定义跨物种保守的功能相互作用的存在。因此，DPIM2 定义了一种有价值的资源，用于预测蛋白质共复合物隶属关系和功能关联，以及生成有关特定蛋白质相互作用的功能假设。
京公网安备 11010802027423号